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主要实操内容:1)plink、Haploview计算LD;2)PopLDdecay计算LD并绘制衰减距离图;3)Haploview和LDheatmap计算并绘制LDblock。
不能全屏好难受,还看不清
遇说还休 回复 Xia Hui :
可以小窗口播放再最大化
这一节的资料和脚本在哪?
admin 回复 Xia Hui :
还是在第一章第一节和第二章第一节
上面显示 错误:视频类型不受支持或文件路径无效
admin 回复 kps123 :
谢谢反馈,已经优化了,请重新观看~
怎么播放到第10秒钟就自动停了,看不了了
这节的脚本在哪?
第一章的第一节以及第二章的第一节资料下载那里下载
没有讲述单倍型分析啊,能否增加单倍型分析这一章节?
admin 回复 杜丰平 :
您好,您的意见我们已看到,后面会更新推出的~
xiek 回复 杜丰平 :
不知你想要的单倍型分析是想了解到什么程度,单倍型分析的内容很多,如果只是想看每个block中的单倍型数目,Haploview里面的haplotype就可以看出来。如果是想看基因中的功能单倍型,已经超出LDblock的范畴
杜丰平 回复 xiek :
GWAS一套下来还应该有一些进化的分析吧,例如Π、tajimiD、FST等,希望能追加,十分感谢
杜丰平 回复 admin :
会在今年7-8月份上下,不追加,另售
哪位好心人能告诉我 ppt在哪里下载?
fzy 回复 bluekirby :
每个章节的第一节那里有整章课程的资料
bluekirby 回复 fzy :
我看了一下 第一节哪里没有本节课程的ppt,主要我想要ppt中的命令行
ppt好像没提供下载啊。。。
老师,
您好,我不知道为什么Haploview会报这个错误Pedigree file input error: invalid genotype on line 3
xiek 回复 Ali\%19 :
输入格式有问题
希望增加SNP注释及后续postGWAS相关分析内容。
xiek 回复 taolin :
注释需要各种库,有些库还不是免费的,所以心有余力不足
老师讲的很好,期待后续再说关于一些下游postGWAS分析的课程!
setwd("D:/lecture11")
bin=c("all.in.one.total", "all.in.one.subpop1", "all.in.one.subpop2")
name <- c("total", "subpop1", "subpop2")
for (i in 1:length(bin)) {
temp_df <- read.table(bin[i], header = T, stringsAsFactors = F, comment.char = "")
temp_df$pop <- name[i]
if(i == 1){
mydf <- temp_df
} else {
mydf <- rbind(mydf, temp_df)
}
这个代码我是直接粘贴的但运行到这里就开始报错了
做Block的基因型数据需要过滤标记杂合度,缺失值吗
请问老师做ld的vcf文件是怎么来的呢,是要自己排版吗,还是通过什么软件进行筛选排版呢
老师你好,玉米做LD衰减时用PopLDdeacy MaxDist用多少合适
老师你好,玉米做LD衰减时MaxDist用多少合适
没有翻墙打不开那个网址,请问老师有没有可以把散点图换成折线图的方法,如果可以在一LD热图中的上面加上多个环境的折线图最好
LD block相关的图形,建议用这个软件绘制
https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow
这个软件怎么安装呢?poplddecay
脚本在哪里,没有呀?
资料显示没有???
eeedk 回复 翱翔小马驹 :
资料在第一章的第一节以及第二章的第一节资料下载那里下载\n
<p>只购买这一节就下载不了本节的资料吗</p>
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不能全屏好难受,还看不清
这一节的资料和脚本在哪?
上面显示 错误:视频类型不受支持或文件路径无效
怎么播放到第10秒钟就自动停了,看不了了
这节的脚本在哪?
没有讲述单倍型分析啊,能否增加单倍型分析这一章节?
哪位好心人能告诉我 ppt在哪里下载?
老师,
您好,我不知道为什么Haploview会报这个错误Pedigree file input error: invalid genotype on line 3
希望增加SNP注释及后续postGWAS相关分析内容。
老师讲的很好,期待后续再说关于一些下游postGWAS分析的课程!
setwd("D:/lecture11")
bin=c("all.in.one.total", "all.in.one.subpop1", "all.in.one.subpop2")
name <- c("total", "subpop1", "subpop2")
for (i in 1:length(bin)) {
temp_df <- read.table(bin[i], header = T, stringsAsFactors = F, comment.char = "")
temp_df$pop <- name[i]
if(i == 1){
mydf <- temp_df
} else {
mydf <- rbind(mydf, temp_df)
}
}
这个代码我是直接粘贴的但运行到这里就开始报错了
做Block的基因型数据需要过滤标记杂合度,缺失值吗
请问老师做ld的vcf文件是怎么来的呢,是要自己排版吗,还是通过什么软件进行筛选排版呢
老师你好,玉米做LD衰减时用PopLDdeacy MaxDist用多少合适
老师你好,玉米做LD衰减时MaxDist用多少合适
没有翻墙打不开那个网址,请问老师有没有可以把散点图换成折线图的方法,如果可以在一LD热图中的上面加上多个环境的折线图最好
LD block相关的图形,建议用这个软件绘制
https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow
这个软件怎么安装呢?poplddecay
脚本在哪里,没有呀?
资料显示没有???
<p>只购买这一节就下载不了本节的资料吗</p>