主要实操内容:1)使用gcta、ldak、tassel计算样本间的亲缘关系和进行PCA分析;2)使用spagedi计算样本间的亲缘关系;3)使用smartpca进行PCA分析;4)亲缘关系结果的整理与展示。
老师:ldak如何安装??
找到了,解决ldak问题
请问:PCA分析时,lecture08.pca.pop文件怎么来的?
xiek 回复 oilseed :
经验分群
chmathew 回复 xiek :
老师请问 lecture08.pca.pop文件具体如何得来?如果没有经验分群信息,还可以做吗?
@小白 回复 xiek :
老师,你这个分群咋分的,我看群体结构也没讲啊
@小白 回复 chmathew :
你解决了吗‘
几个软件讲的特别详细。PCA的两个脚本超赞,会对着好好学习学习具体代码写法。赞!!
请问购买了课程后,脚本在哪里下载?
ldak如何安装??
ldak前面把路径写下就可以用了。。。
GCTA是不是只能计算常染色体不超过22的物种,我输入--autosome-num 26报错了,计算不了
Ewan 回复 kingwang :
解决办法:把染色体/contig替换成数字1toN,然后在gcat里指定参数--chr-set ** no-xy(**写染色体/contig的个数);我也遇到了这个问题,烧脑很久。。。。。
请问,用tassel的PCA功能可以得到矩阵,但就是画不出pca图是什么原因呢
老师,请问POP文件的分群信息怎么来的?
@小白 回复 A1543274736 :
同问啊,我也没搞懂pop文件哪来的,你解决了
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老师:ldak如何安装??
找到了,解决ldak问题
请问:PCA分析时,lecture08.pca.pop文件怎么来的?
几个软件讲的特别详细。PCA的两个脚本超赞,会对着好好学习学习具体代码写法。赞!!
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ldak如何安装??
ldak前面把路径写下就可以用了。。。
GCTA是不是只能计算常染色体不超过22的物种,我输入--autosome-num 26报错了,计算不了
请问,用tassel的PCA功能可以得到矩阵,但就是画不出pca图是什么原因呢


老师,请问POP文件的分群信息怎么来的?