gcta64 --make-grm --out snp.gcta --bfile lecture09cc.maf0.05.hwe6.miss0.2.ind0.2 --autosome-num 22

出现错误

*******************************************************************
* Genome-wide Complex Trait Analysis (GCTA)
* version 1.26.0
* (C) 2010-2016, The University of Queensland
* MIT License
* Please report bugs to: Jian Yang <jian.yang@uq.edu.au>
*******************************************************************
Analysis started: Thu Dec 20 15:59:50 2018

Options:
--make-grm
--out snp.gcta
--bfile lecture09cc.maf0.05.hwe6.miss0.2.ind0.2
--autosome-num 22

Note: This is a multi-thread program. You could specify the number of threads by the --thread-num option to speed up the computation if there are multiple processors in your machine.

Reading PLINK FAM file from [lecture09cc.maf0.05.hwe6.miss0.2.ind0.2.fam].
600 individuals to be included from [lecture09cc.maf0.05.hwe6.miss0.2.ind0.2.fam].
Reading PLINK BIM file from [lecture09cc.maf0.05.hwe6.miss0.2.ind0.2.bim].
19638 SNPs to be included from [lecture09cc.maf0.05.hwe6.miss0.2.ind0.2.bim].
Reading PLINK BED file from [lecture09cc.maf0.05.hwe6.miss0.2.ind0.2.bed] in SNP-major format ...
Genotype data for 600 individuals and 19638 SNPs to be included from [lecture09cc.maf0.05.hwe6.miss0.2.ind0.2.bed].

Error: this option is for the autosomal SNPs only. Please check the option --autosome.

Analysis finished: Thu Dec 20 15:59:51 2018
Computational time: 0:0:1


如何解决????

1004天前
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xiek 回复 ljljlxh12

我的数据应该是 --autosome-num 19

#1 983天前 回复

用的数据是老师提供的

1004天前
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谢谢老师

948天前
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Fatal Error : Expected a Chromosome in the form of an integer from 0-26 in file [fastlmm_in.tped] near line 277594:1.  Found [91]

老师,请问这个错误是什么意思?

943天前
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Ali_19

老师,我明白是怎么回事了,是不是只要替换成0-26之内的数字或者X,Y之类的就可以了。FastLMM软件不接受这些字符以外的染色体序号是不是?

#1 943天前 回复

xiek 回复 Ali\%19

有参数可以接受超过这个范围的,-MaxChromosomeValue

#2 809天前 回复

 plink --bfile lecture09.case.control --maf 0.05 --hwe 1e-6 --geno 0.2 --mind 0.2 --make-bed --out lecture09cc.maf0.05.hwe6.miss0.2.ind0.2
plink: unknown option "--bfile"
plink: unknown option "--maf"

这个是怎么回事呢?


719天前
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请问case-control的ped 和map数据是从哪里下载的呢?

717天前
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您好,请问tassel-5-standalone/run_pipeline.pl -SortGenotypeFilePlugin 是给那一行样品,从小到大排序吗?


660天前
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老师您好!我用自己的数据在表型+Q+基因型数据的皮时候合并不了

539天前
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老师 ,我做的全基因组关联分析,基因型文件vcf大约有10个G,在tassel中打不开 ,请问有什么解决办法吗?

463天前
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@小白 回复 李有光

我的也是,你解决了吗

#1 303天前 回复

Error in source("http://www.zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt") : 

  http://www.zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt:282:0: unexpected end of input

280: 

281: GWAS=cbind(GM,mySUPERFaST$ps,mySUPERFaST

    ^

有解决方法吗


394天前
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