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课程-全基因组关联分析(GWAS)系列课程

基于NGS进行全基因组关联分析是当前QTL定位的最流行方法之一,目前关于动植物关联分析的系统课程较少。本课程将从原理、项目设计、分析方法和结果解读等方面全面讲授全基因组关联分析相关的内容,带领学员学习关联分析。

课程为基迪奥生信研发工程师开发,深入浅出,总课时12小时,其中实操8小时,理论4小时,并提供了课程相关的软件打包下载。

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基于NGS进行全基因组关联分析是当前QTL定位的最流行方法之一,关于动植物关联分析的系统课程较少,OS平台仅有一些简单的介绍。本课程将从原理、项目设计、分析方法和结果解读等方面全面讲授全基因组关联分析相关的内容,带领学员学习关联分析。

本程以实操为主(课程总时长12小时,实操时长8个小时,理论4小时)。并提供了课程系列相关的实操数据以及GWAS相关的附件下载。

 

 

课程内容:

 

课时1全基因组关联分析基本概念和材料选择

课程简介:主要介绍1)全基因组关联分析相关的基本概念;2)使用于关联分析的群体材料的选择,包括材料类型(自然群体材料、人工群体材料)、群体大小等。

 

课时2:表型考察处理与标记分型

课程简介:主要介绍1)不同类型表型的考察记录方法;2)表型的基本处理(正态性检验、异常值去除、多年多点表型的处理原则、表型数据的标准化、分类变量的哑变量赋值等);3)表型的基本分析(描述性统计分析、相关性分析、遗传力估计、BLUP);4)不同标记开发与分型方法简介与比较;5)基因型填补简介;6)基因型过滤的主要内容。 

 

 

课时3群体结构和亲缘关系分析

课程简介:主要介绍:1)群体结构的评估方法:系统发育树、STRUCTUREPCA2)亲缘关系的评估方法:基于系谱关系推断亲缘关系、基于标记基因型推断亲缘关系

 

 

课时4关联分析模型和软件介绍

课程简介:主要介绍:1)常见的关联分析方法:卡方检验、GLMMLMMLMM等;2)常用的关联分析软件的简要介绍。

 

 

课时5结果解读与典型案例介绍

课程简介:主要介绍:1)关联分析的主要结果、正常情况、异常情况及异常问题的常见处理方法;2)结合GWAS的高分文章解析

 

 

课时6表型处理与标记筛选实操

课程简介:主要实操内容:1)表型的异常值去除、描述性统计图表的获得、BLUP值的求取、min-maxz-score标准化;2)基于VCF的基因型筛选实操,包括按质量值进行标记过滤、按分型完整度对标记进行过滤、按第二等位基因频率进行标记过滤、按哈迪温伯格平衡进行标记过滤等。

 

课时7:群体结构分析实操

课程简介:主要实操内容:1)基于VCF格式的基因型格式转换(转换为STRUCTUREADMIXTUREsmartpca格式);2STRUCTUREwindowslinux)、ADMIXTURElinux)的使用及结果解释与处理。

 

课时8:亲缘关系与PCA分析实操

课程简介:主要实操内容:1)使用gctaldaktassel计算样本间的亲缘关系和进行PCA分析;2)使用spagedi计算样本间的亲缘关系; 3)使用smartpca进行PCA分析;4)亲缘关系结果的整理与展示。

 

课时9:关联分析实操

课程简介:主要实操内容:1)关联分析相关文件准备;2)使用plink进行case-control分析和逻辑回归(linux);3)使用tassel进行GLM/MLM/CMLM分析(windowslinux);4)其他软件如GAPITEMMAXFaST-LMM部分命令行解释(linux

 

课时10:结果筛选与展示

课程简介:主要实操内容:1FDR调整;2Bonferroni阈值的确定; 3)按给定阈值筛选显著位点;4manhattan plotquantile-quantile plot的绘制;5λ的计算与结果解释。

 

课时11LD衰减与LDblock分析

课程简介:主要实操内容:1plinkHaploview计算LD2PopLDdecay计算LD并绘制衰减距离图;3HaploviewLDheatmap计算并绘制LDblock

 

 

 

 

 

 


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学员动态

水墨丹青 开始学习 GWAS系列——表型处理与标记筛选实操

曹豆豆 开始学习 GWAS系列——全基因组关联分析基本概念和材料选择

天可yl 开始学习 GWAS系列——表型处理与标记筛选实操

水墨丹青 开始学习 GWAS系列——群体结构分析实操

jyddx2008 开始学习 GWAS系列——亲缘关系与PCA分析实操

qinyuan 开始学习 GWAS系列——表型处理与标记筛选实操

qinyuan 开始学习 GWAS系列——全基因组关联分析基本概念和材料选择

jyddx2008 开始学习 GWAS系列——群体结构分析实操

jyddx2008 开始学习 GWAS系列——表型处理与标记筛选实操

superwheatman 开始学习 GWAS系列——表型处理与标记筛选实操

superwheatman 开始学习 GWAS系列——结果解读与典型案例介绍

superwheatman 开始学习 GWAS系列——关联分析模型和软件介绍

曹豆豆 开始学习 GWAS系列——结果筛选与展示

fengshiguo 开始学习 GWAS系列——表型考察处理与标记分型

fengshiguo 开始学习 GWAS系列——全基因组关联分析基本概念和材料选择

znnb 开始学习 GWAS系列——关联分析模型和软件介绍

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