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课程-全基因组关联分析(GWAS)系列课程

基于NGS进行全基因组关联分析是当前QTL定位的最流行方法之一,目前关于动植物关联分析的系统课程较少。本课程将从原理、项目设计、分析方法和结果解读等方面全面讲授全基因组关联分析相关的内容,带领学员学习关联分析。

课程为基迪奥生信研发工程师开发,深入浅出,总课时12小时,其中实操8小时,理论4小时,并提供了课程相关的软件打包下载。

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基于NGS进行全基因组关联分析是当前QTL定位的最流行方法之一,关于动植物关联分析的系统课程较少,OS平台仅有一些简单的介绍。本课程将从原理、项目设计、分析方法和结果解读等方面全面讲授全基因组关联分析相关的内容,带领学员学习关联分析。

本程以实操为主(课程总时长12小时,实操时长8个小时,理论4小时)。并提供了课程系列相关的实操数据以及GWAS相关的附件下载。

 

 

课程内容:

 

课时1全基因组关联分析基本概念和材料选择

课程简介:主要介绍1)全基因组关联分析相关的基本概念;2)使用于关联分析的群体材料的选择,包括材料类型(自然群体材料、人工群体材料)、群体大小等。

 

课时2:表型考察处理与标记分型

课程简介:主要介绍1)不同类型表型的考察记录方法;2)表型的基本处理(正态性检验、异常值去除、多年多点表型的处理原则、表型数据的标准化、分类变量的哑变量赋值等);3)表型的基本分析(描述性统计分析、相关性分析、遗传力估计、BLUP);4)不同标记开发与分型方法简介与比较;5)基因型填补简介;6)基因型过滤的主要内容。 

 

 

课时3群体结构和亲缘关系分析

课程简介:主要介绍:1)群体结构的评估方法:系统发育树、STRUCTUREPCA2)亲缘关系的评估方法:基于系谱关系推断亲缘关系、基于标记基因型推断亲缘关系

 

 

课时4关联分析模型和软件介绍

课程简介:主要介绍:1)常见的关联分析方法:卡方检验、GLMMLMMLMM等;2)常用的关联分析软件的简要介绍。

 

 

课时5结果解读与典型案例介绍

课程简介:主要介绍:1)关联分析的主要结果、正常情况、异常情况及异常问题的常见处理方法;2)结合GWAS的高分文章解析

 

 

课时6表型处理与标记筛选实操

课程简介:主要实操内容:1)表型的异常值去除、描述性统计图表的获得、BLUP值的求取、min-maxz-score标准化;2)基于VCF的基因型筛选实操,包括按质量值进行标记过滤、按分型完整度对标记进行过滤、按第二等位基因频率进行标记过滤、按哈迪温伯格平衡进行标记过滤等。

 

课时7:群体结构分析实操

课程简介:主要实操内容:1)基于VCF格式的基因型格式转换(转换为STRUCTUREADMIXTUREsmartpca格式);2STRUCTUREwindowslinux)、ADMIXTURElinux)的使用及结果解释与处理。

 

课时8:亲缘关系与PCA分析实操

课程简介:主要实操内容:1)使用gctaldaktassel计算样本间的亲缘关系和进行PCA分析;2)使用spagedi计算样本间的亲缘关系; 3)使用smartpca进行PCA分析;4)亲缘关系结果的整理与展示。

 

课时9:关联分析实操

课程简介:主要实操内容:1)关联分析相关文件准备;2)使用plink进行case-control分析和逻辑回归(linux);3)使用tassel进行GLM/MLM/CMLM分析(windowslinux);4)其他软件如GAPITEMMAXFaST-LMM部分命令行解释(linux

 

课时10:结果筛选与展示

课程简介:主要实操内容:1FDR调整;2Bonferroni阈值的确定; 3)按给定阈值筛选显著位点;4manhattan plotquantile-quantile plot的绘制;5λ的计算与结果解释。

 

课时11LD衰减与LDblock分析

课程简介:主要实操内容:1plinkHaploview计算LD2PopLDdecay计算LD并绘制衰减距离图;3HaploviewLDheatmap计算并绘制LDblock

 

 

 

 

 

 


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最新学员

学员动态

罗尼库尔曼 开始学习 GWAS系列——表型处理与标记筛选实操

罗尼库尔曼 开始学习 GWAS系列——全基因组关联分析基本概念和材料选择

andong_6895 开始学习 GWAS系列——表型考察处理与标记分型

andong_6895 开始学习 GWAS系列——关联分析模型和软件介绍

澜朵 开始学习 GWAS系列——全基因组关联分析基本概念和材料选择

小废物 开始学习 GWAS系列——全基因组关联分析基本概念和材料选择

saulisen 已完成 GWAS系列——全基因组关联分析基本概念和材料选择

andong_6895 开始学习 GWAS系列——群体结构和亲缘关系分析

sky2515 开始学习 GWAS系列——群体结构和亲缘关系分析

fengshiguo 开始学习 GWAS系列——表型处理与标记筛选实操

andong_6895 开始学习 GWAS系列——表型处理与标记筛选实操

andong_6895 开始学习 GWAS系列——关联分析实操

sierjing_163_com 开始学习 GWAS系列——LD衰减与LDblock分析

zhanglei9995 开始学习 GWAS系列——群体结构分析实操

sky2515 开始学习 GWAS系列——表型考察处理与标记分型

fengshiguo 开始学习 GWAS系列——表型考察处理与标记分型

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