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课程-微生物群落扩增子测序分析

微生物包括病毒、细菌、真菌、藻类等,作用广泛。针对微生物的16S rRNA基因、18S rRNA基因或者ITS(Internal Transcribed Spacer,转录间隔区)序列,使用对应引物扩增这些基因的目标片段,获得的扩增产物即称为扩增子。

通过扩增子测序,可以开展微生物不同分类层级的物种分析,已广泛应用于人、动植物共生微生物,环境微生物的物种分析,初步探讨微生物在各领域发挥的重要作用以及简要的微生物影响机制。

该系列课程围绕扩增子测序相关的概念含义、软件原理、研究思路、文献应用等方面开展分享交流。

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微生物包括病毒、细菌、真菌、藻类等,作用广泛。针对微生物的16S rRNA基因、18S rRNA基因或者ITSInternal Transcribed Spacer,转录间隔区)序列,使用对应引物扩增这些基因的目标片段,获得的扩增产物即称为扩增子。

通过扩增子测序,可以开展微生物不同分类层级的物种分析,已广泛应用于人、动植物共生微生物,环境微生物的物种分析,初步探讨微生物在各领域发挥的重要作用以及简要的微生物影响机制。

本系列课程围绕扩增子测序相关的概念含义、软件原理、研究思路、文献应用等方面开展分享交流,由基迪奥经验丰富的金牌讲师小师兄、小鱼儿、阿拉雷主讲,更有特邀嘉宾华南农业大学程代凤老师、张庆老师的讲课,课程将根据需要不时更新,目前主要内容如下:

16S/ITS引物选择经验分享,介绍16S/ITS初相识、PCR的前世今生和16S/ITS扩增子测序引物的讨论;

 

 

Beta多样性排序分析方法介绍与比较,介绍Beta多样性排序分析法,包括PCA PCoA NMDSCCA,并比较四种方法的优缺点;

微生物组间差异分析方法,介绍3种专业分析软件MetastatsLEfSeSTAMP的特点和使用,以及结合案例具体分析和对比;

 

 

群落功能预测新软件- Picrust2的原理及应用,介绍群落功能分析的意义、结合案例对比解析PicrustPicrust2功能预测软件和在线平台操作介绍;

 

 

 微生物多样性测序在昆虫学研究中的应用,由特邀嘉宾程代凤老师授课,介绍昆虫化学生态学的概念、昆虫与微生物互作化学生态学、微生物信息释放和分享老师的实验室研究、个人感想;

 

 

 16S微生物多样性数据挖掘经验分享,由特邀嘉宾张庆老师授课,分享了微生物多样性研究数据挖掘经验与发文套路,包括新技术的尝试、新材料的实用、进一步的探索、数据整合分析以及不可或缺的灵感;

 

16S测序分析进阶策略,结合案例介绍大数据时代多样性测序的新思路、新方法,主要介绍功能预测、影响因素关联分析、宏基因组联合分析和其他组学关联分析思路;

 

 

 

 


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基迪奥-小师兄 金牌讲师
基迪奥-小鱼儿 金牌讲师
基迪奥-阿拉雷 金牌讲师
张庆 特邀嘉宾
程代凤 特邀嘉宾

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