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ljljlxh12

第二节课大约12分钟以后视频总是卡死，

1989天前

xiek 回复 ljljlxh12 ：

现在解决了吗？我这里看比较顺畅的

#1 1987天前回复

shengxinren 回复 xiek ：

我也遇到一样的问题

#2 1907天前回复

admin 回复 shengxinren ：

这个问题已经优化了，请再试试看~

#3 1893天前回复

Liuxiaohao

我觉得老师还是有没讲清楚的地方，比如填补是基于什么样的理论支持？LD衰减还是某种统计模型还是随机填？？BLUP到底是个什么指标，我听完还是不太懂。是指合并不同年限样本的一种表型均值吗？？

1987天前

xiek 回复 Liuxiaohao ：

1）基因型填补不推荐了，所以不做重点讲解，非人类数据针对called genotype常用的方是KNN（就是根据附近K个位点的信息进行填补），最近用在低深度重测序中的方法是stitch（https://github.com/rwdavies/STITCH），想了解具体原理可以看对应的文献。一般填补是用在大样本极地深度的测序项目中，现在测序一般都能测5-10X，这个深度对于比较纯的自交系来说，这个深度已经不算低了，对于杂合位点比例比较高的群体材料，这个深度可能不够，但是填补也不准确。2）BLUP（best linear unbiased prediction）在这里是指根据多次观测的结果，使用线性无偏估计的方法，去掉环境差异的影响，估计出由遗传因子决定部分，估计出的值我们常称为育种值（Estimated breeding value，EBVs），相比于均值，EBVs去除了环境差异导致的差异，所以更能代表该性状。但如果我们需要考虑基因型与环境互作时（G by E），则应该用多年多点观测的结果分别分析然后综合比较。

#1 1982天前回复