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主要介绍1)不同类型表型的考察记录方法;2)表型的基本处理(正态性检验、异常值去除、多年多点表型的处理原则、表型数据的标准化、分类变量的哑变量赋值等);3)表型的基本分析(描述性统计分析、相关性分析、遗传力估计、BLUP);4)不同标记开发与分型方法简介与比较;5)基因型填补简介;6)基因型过滤的主要内容。

第二节课大约12分钟以后视频总是卡死,

841天前
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xiek 回复 ljljlxh12

现在解决了吗?我这里看比较顺畅的

#1 839天前 回复

shengxinren 回复 xiek

我也遇到一样的问题

#2 759天前 回复

admin 回复 shengxinren

这个问题已经优化了,请再试试看~

#3 745天前 回复

我觉得老师还是有没讲清楚的地方,比如填补是基于什么样的理论支持?LD衰减还是某种统计模型还是随机填??BLUP到底是个什么指标,我听完还是不太懂。是指合并不同年限样本的一种表型均值吗??

839天前
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xiek 回复 Liuxiaohao

1)基因型填补不推荐了,所以不做重点讲解,非人类数据针对called genotype常用的方是KNN(就是根据附近K个位点的信息进行填补),最近用在低深度重测序中的方法是stitch(https://github.com/rwdavies/STITCH),想了解具体原理可以看对应的文献。一般填补是用在大样本极地深度的测序项目中,现在测序一般都能测5-10X,这个深度对于比较纯的自交系来说,这个深度已经不算低了,对于杂合位点比例比较高的群体材料,这个深度可能不够,但是填补也不准确。2)BLUP(best linear unbiased prediction)在这里是指根据多次观测的结果,使用线性无偏估计的方法,去掉环境差异的影响,估计出由遗传因子决定部分,估计出的值我们常称为育种值(Estimated breeding value,EBVs),相比于均值,EBVs去除了环境差异导致的差异,所以更能代表该性状。但如果我们需要考虑基因型与环境互作时(G by E),则应该用多年多点观测的结果分别分析然后综合比较。

#1 834天前 回复

kingwang 回复 xiek

是否这个BLUP值应该称作估计育种值,BLUP只是一种方法?这种方法是否只考虑基因的加性效应?

#2 690天前 回复

xiek 回复 kingwang

这里的BLUP值是指去除环境效应以后估计出来的部分(遗传因素决定的部分),你可以理解为育种值。

#3 611天前 回复

还是卡死,另外老师能不能把讲课的ppt也放上来,有时候视频不太懂,可以反复看看

837天前
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觉得对一些基础知识还是缺乏介绍:

变异标记和基因型分型具体指什么,如何应用?

557天前
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为什么老是打不开?


495天前
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这些课程有PPT吗

487天前
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声音有点小啊,

309天前
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老师,如果没法确定表型的是质量性状还是数量性状怎么办?


191天前
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