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课程-重测序系列课程

随着二代测序价格各种跳楼,全基因组重测序已经越来越趋于白菜价了。所以,重测序也越来越广泛应用到遗传学研究的方方面面。从动植物QTL定位到群体遗传研究,从人类孟德尔病到复杂疾病,重测序(或者外显子测序、简化基因组测序等相关技术)在多个领域大显身手。重测序数据分析的流程,从原始数据到后续高级分析,实际要经历中间的若干重要步骤。本系列课程将会带你从原始数据到后续高级分析,解决重测序数据分析的流程中每个步骤可能出现的问题。

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随着二代测序价格各种跳楼,全基因组重测序已经越来越趋于白菜价了。所以,重测序也越来越广泛应用到遗传学研究的方方面面。从动植物QTL定位到群体遗传研究,从人类孟德尔病到复杂疾病,重测序(或者外显子测序、简化基因组测序等相关技术)在多个领域大显身手。重测序数据分析的流程,从原始数据到后续高级分析,实际要经历中间的若干重要步骤。本系列课程将会带你从原始数据到后续高级分析,解决重测序数据分析的流程中每个步骤可能出现的问题。

本系列课程由基迪奥金牌讲师周老师、小张张、Jusser主讲,课程将根据需要不时更新,目前主要内容如下:

 重测序比对与变异检测(上)——比对篇:主要介绍NGS数据比对的挑战、选择比对软件(NGS数据比对的原理)、比对输入和输出文件的格式、比对的常见错误和偏差、比对质量控制;

 

 

 重测序比对与变异检测(下)——变异检测篇:介绍背景概念如MAFSNP vs SNV、测序深度分布的原理;SNP和基因型(genotype)检出,通俗解释基于贝叶斯模型的SNP检出原理;测序深度与SNPSNV)检测,解释为什么不同的应用目的,需要不同的测序深度;

 遗传图谱构建与QTL定位技术详解:介绍遗传图谱构建的原理、遗传图谱构建过程中的问题、QTL定位常用的方法和QTL定位的难点;

 

 

 混合分组分析(BSA)专题——用好BSA并没那么简单: BSA分析常见策略的介绍和优缺点比较,介绍各方法的适用范围,以及使用BSA方法的经验探讨;

 基因定位——选择压力分析:主要介绍选择压力分析的基本原理与方法,以及所需材料与数据,结合案例解析分析步骤和优缺点,总结最适合的选择;挖掘物种与特定环境适应性相关的基因;

 

 

 全基因组关联分析(GWAS)主要介绍针对全体个体的全基因组关联分析原理、分析思路和方案设计,并总结最适合的选择;

 核酸突变速率与物种分化时间预估:介绍物种分化时间的计算逻辑、影响物种变异速率的因素,并列举一些应用实例;

 有效群体大小与物种进化史研究:介绍有效群体大小的定义,通过PSMC技术分析有效群体大小,讨论PSMC方法的优缺点及后续相关的分析方法优化;

 

 

 探索新型热门分子——环状DNA研究思路解析:介绍环状DNA的类型、形成机制,检测环状DNA的常用方法优缺点对比,以及研究思路和应用;

 动植物重测序中的ROH个性化分析策略:介绍ROH定义、检测的软件及参数设置、ROH的常见分析内容及研究思路,并结合案例进行解析;

 遗传图谱联合转录组的基因定位思路探讨:主要从遗传图谱和转录组入手,分析两种技术的优缺点,并结合相关案例为大家解析两者的关联分析应用和意义;

 如何联合图谱与GWAS提高QTL定位的精度:从图谱定位和GWAS技术入手,对两种技术进行简要的介绍。并且结合相关案例,解析两种技术关联分析的意义和研究思路;

 eQTL分析——从基因型,转录组到表型的多维度分析:主要介绍eQTL的定义和分析内容、eQTL研究的实验设计及影响因素,结合案例解析eQTL研究发文套路;

 

 

 QTL定位的方法与实操实现:主要介绍QTL分析的基本原理、所需材料与数据、复合区间作图算法与关键参数解析,并结合Omicsmart平台展示QTL分析作图;

 如何简单实现多年多点数据的图谱定位:主要介绍QTL定位的原理和分析内容、阈值的选择和定位区间基因的筛选,并以Omicsmart在线报告为工具,展示遗传图谱与QTL定位交互分析;

 基因组浏览器(IGV)使用教程:介绍IGV软件与安装启动方法,文件格式要求与数据导入及案例数据练习。

 

 


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