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课程-重测序系列课程

随着二代测序价格各种跳楼，全基因组重测序已经越来越趋于白菜价了。所以，重测序也越来越广泛应用到遗传学研究的方方面面。从动植物QTL定位到群体遗传研究，从人类孟德尔病到复杂疾病，重测序（或者外显子测序、简化基因组测序等相关技术）在多个领域大显身手。重测序数据分析的流程，从原始数据到后续高级分析，实际要经历中间的若干重要步骤。本系列课程将会带你从原始数据到后续高级分析，解决重测序数据分析的流程中每个步骤可能出现的问题。

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随着二代测序价格各种跳楼，全基因组重测序已经越来越趋于白菜价了。所以，重测序也越来越广泛应用到遗传学研究的方方面面。从动植物QTL定位到群体遗传研究，从人类孟德尔病到复杂疾病，重测序（或者外显子测序、简化基因组测序等相关技术）在多个领域大显身手。重测序数据分析的流程，从原始数据到后续高级分析，实际要经历中间的若干重要步骤。本系列课程将会带你从原始数据到后续高级分析，解决重测序数据分析的流程中每个步骤可能出现的问题。

本系列课程由基迪奥金牌讲师周老师、小张张、Jusser主讲，课程将根据需要不时更新，目前主要内容如下：

重测序比对与变异检测（上）——比对篇：主要介绍NGS数据比对的挑战、选择比对软件（NGS数据比对的原理）、比对输入和输出文件的格式、比对的常见错误和偏差、比对质量控制；

重测序比对与变异检测（下）——变异检测篇：介绍背景概念如MAF、SNP vs SNV、测序深度分布的原理；SNP和基因型（genotype）检出，通俗解释基于贝叶斯模型的SNP检出原理；测序深度与SNP（SNV）检测，解释为什么不同的应用目的，需要不同的测序深度；

遗传图谱构建与QTL定位技术详解：介绍遗传图谱构建的原理、遗传图谱构建过程中的问题、QTL定位常用的方法和QTL定位的难点；

混合分组分析（BSA）专题——用好BSA并没那么简单： BSA分析常见策略的介绍和优缺点比较，介绍各方法的适用范围，以及使用BSA方法的经验探讨；

基因定位——选择压力分析：主要介绍选择压力分析的基本原理与方法，以及所需材料与数据，结合案例解析分析步骤和优缺点，总结最适合的选择；挖掘物种与特定环境适应性相关的基因；

全基因组关联分析(GWAS)：主要介绍针对全体个体的全基因组关联分析原理、分析思路和方案设计，并总结最适合的选择；

核酸突变速率与物种分化时间预估：介绍物种分化时间的计算逻辑、影响物种变异速率的因素，并列举一些应用实例；

有效群体大小与物种进化史研究：介绍有效群体大小的定义，通过PSMC技术分析有效群体大小，讨论PSMC方法的优缺点及后续相关的分析方法优化；

探索新型热门分子——环状DNA研究思路解析：介绍环状DNA的类型、形成机制，检测环状DNA的常用方法优缺点对比，以及研究思路和应用；

动植物重测序中的ROH个性化分析策略：介绍ROH定义、检测的软件及参数设置、ROH的常见分析内容及研究思路，并结合案例进行解析；

遗传图谱联合转录组的基因定位思路探讨：主要从遗传图谱和转录组入手，分析两种技术的优缺点，并结合相关案例为大家解析两者的关联分析应用和意义；

如何联合图谱与GWAS提高QTL定位的精度：从图谱定位和GWAS技术入手，对两种技术进行简要的介绍。并且结合相关案例，解析两种技术关联分析的意义和研究思路；

eQTL分析——从基因型，转录组到表型的多维度分析：主要介绍eQTL的定义和分析内容、eQTL研究的实验设计及影响因素，结合案例解析eQTL研究发文套路；

QTL定位的方法与实操实现：主要介绍QTL分析的基本原理、所需材料与数据、复合区间作图算法与关键参数解析，并结合Omicsmart平台展示QTL分析作图；

如何简单实现多年多点数据的图谱定位：主要介绍QTL定位的原理和分析内容、阈值的选择和定位区间基因的筛选，并以Omicsmart在线报告为工具，展示遗传图谱与QTL定位交互分析；

基因组浏览器（IGV）使用教程：介绍IGV软件与安装启动方法，文件格式要求与数据导入及案例数据练习。

第1章重测序基础—比对与变异检测

第2章重测序技术个性分析

第3章重测序多组学研究思路

第4章重测序研究数据挖掘实操

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971294014qq 开始学习基因组浏览器（IGV）使用教程

fengshiguo 开始学习 QTL定位的方法与实操实现

姜志浩开始学习如何联合图谱与GWAS提高QTL定位的精度

峭涯开始学习如何简单实现多年多点数据的图谱定位

mini 开始学习基因组浏览器（IGV）使用教程

tanran-zhang 开始学习重测序比对与变异检测（上）——比对篇

mcttxdys 开始学习重测序比对与变异检测（上）——比对篇

yedie 已完成基因组浏览器（IGV）使用教程

luzk 开始学习全基因组关联分析(GWAS)

1099952969_qq_com 开始学习基因组浏览器（IGV）使用教程

CC456 开始学习 QTL定位的方法与实操实现

Axing 开始学习基因组浏览器（IGV）使用教程

Axing 开始学习如何简单实现多年多点数据的图谱定位

xzgaogenedenovo 开始学习基因组浏览器（IGV）使用教程

ynafwt 已完成 eQTL分析——从基因型，转录组到表型的多维度分析

ynafwt 已完成基因组浏览器（IGV）使用教程

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