Xia Hui

同学，视频里讲的好像是可以设置图像各边距的

xiek 回复 emptyname ：

绘图语句改成如下代码试试
## calculate frequecy and fit to density axis
freq <- round(pos * length(na.omit(trait2009\%OH$Brix)) * with(hist\%data, breaks[2] - breaks[1]))
## replot histogram without y axis
density\%data <- density(na.omit(trait2009\%OH$Brix))
ymax <- max(hist\%data$density, density\%data$y)
ymax <- ymax + 0.01*ymax
graphics:::plot.histogram(hist\%data, freq = FALSE, col=\"grey\", main=\"\",
xlab = \"Brix\", ylab=\"Frequeny\", cex.lab = 2.0,
border=\"black\", yaxt=\'n\', cex.axis=1.5, ylim = c(0, ymax))
## add y axis
Axis(side = 2, at = pos, labels = freq, cex.axis=1.5, cex.lab = 2.0)
## add density line
lines(density\%data, col=\"blue\", lwd = 2)

jinyuxi 回复 xiek ：

老师，修改后，还是报错，错误: unexpected input in \"freq <- round(pos * length(na.omit(trait2009\\\\%OH$Brix)) * with(hist\\\\%data, breaks[2] - breaks[1]))\n

jinyuxi 回复 xiek ：

用下面的代码可以啦，谢谢老师^o^\n

xiek 回复 Xia Hui ：

如果已经是稳定的自交系的话，任选一点就可以；如果还在分离，无论表型和基因型都只能选择一个点去做，且表型和基因型用的材料对应，表型只能当代考察使用。

Xia Hui 回复 xiek ：

老师，根据视频里提的，在百度上找的教程装完Window下的linux子系统Ubuntu后，不知道怎么操作，脚本复制进去也无法像视频里那样运行，是不是还需要下载些其他东西，能不能录个简单的视频告诉我们这些小白怎么搭好操作需要的这个环境，不然根本没法跟着学，万分请求，谢谢了！

xiek 回复 emptyname ：

问题解决了吗？

xiek 回复 李大姐 ：

可能是您的网络问题（可能被防火墙屏蔽了），对于cran上的包，可以打开R软件（不是Rstudio），点击第五个菜单项（程序包）--安装程序包--提示选择镜像时，选China(Lanzhou)[https]镜像，然后选择你想要安装的软件包。对于GitHub上的包，安装并加载devtools以后，可以把GitHub上的源代码下载下来，使用install\%local()函数安装。

李大姐 回复 xiek ：

已经安装好了， 感谢老师

admin 回复 李大姐 ：

2-1是表型处理与标记筛选实操没错的

xiek 回复 wheat stress ：

课程里有代码吧

xiek 回复 SHELL ：

在输入数据里面删掉列，repeat\%col不要给，years\%col在第几列给第几列

admin 回复 ljljlxh12 ：

非常抱歉，我们立刻优化该问题。

admin 回复 ljljlxh12 ：

今天公司开工了，已经优化了播放器，你再播放看下， 应该不会出现卡顿的问题。如果出现，麻烦联系我们。谢谢您的反馈

xiek 回复 生物笔记 ：

你原来的里面有吗？

xiek 回复 mjiang0502 ：

https://software.broadinstitute.org/gatk/download/archive

xiek 回复 静默浩然 ：

照做就行，只要能算过去不报错，结果导向，但要警惕结果可能是假阳性，gwas只为你的下一步工作提供个参考，需要其他证据证实或证伪，从这个意义上说，不用太在意原始数据是怎么分布的，只要是正确的、不存在严重极端值（极端值可能导致模型结果异常）就可以

fengshiguo

抱歉，第一次没有完整下载，找到了

基迪奥-miko 回复 专抢小孩棒棒糖 ：

PPT不开放下载的哦

wt141643

已解决

lizecong 回复 dddong ：

你好，我也遇到一些问题，可以交流一下吗，这个是我邮箱，可以联系我一下吗？429111109@qq.com