请问老师,在进行表型BLUP时,如果没有重复,那表型文件Rep那一列怎么处理,是直接删除那一列,还是标上NA,还有R代码,如果sample_id_col<-1,repeat_col <- NA,那接了下来的years_col是赋值2还是3呢?以上情况我都试了,结果提示Error in as.formula(form) : object 'form' not found,这个问题怎样解决。
<p>在Ubuntu的linux系统中输入这串代码</p><p>plink --vcf lecture06_genotype.id.vcf --make-bed --out snp --allow-extra-chr --snps-only</p><p>出现</p><p>PLINK v1.90p 64-bit (13 Feb 2023) www.cog-genomics.org/plink/1.9/</p><p>(C) 2005-2023 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3</p><p>Error: Failed to open snp.log. Try changing the --out parameter.</p><p>想请问老师,该怎么解决</p><p></p>
<p>在Ubuntu的linux系统中输入这串代码</p><p>plink --vcf lecture06_genotype.id.vcf --make-bed --out snp --allow-extra-chr --snps-only</p><p>出现</p><p>PLINK v1.90p 64-bit (13 Feb 2023) www.cog-genomics.org/plink/1.9/</p><p>(C) 2005-2023 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3</p><p>Error: Failed to open snp.log. Try changing the --out parameter.</p><p>想请问老师,该怎么解决</p><p></p>
请问 绘制频率分布直方图的时候 线超出了图片怎么办呢![1541509612525470.png HPHTEM`7$KS]``3{4NTT{EQ.png](/class/Public/dist/lib/ueditor/php/upload/image/20181106/1541509612525470.png)
老师,请问对于多点试验的材料,比如几百个半同胞家系分别在A/B/C三个地点种植,虽然可以通过求BLUP值减少环境因素对性状的影响,但是拿去测序的材料该怎么选择,从这三个地点选一个还是都拿去?都拿去好像不太现实,选一个好像没代表性?还是说选一个各家系表型性状变异系数大的地点呢?
总是卡机,咋回事??????
以上代码应该可以解决曲线超出图形的问题。
我安装不了R软件的那几个包。能具体指导下吗。
2-1打开就是1-2的内容,这是怎么回事呢
关于动物方面的现在有补充材料了吗
你好 关于标记筛选 ,怎么用vcftools?
请问老师,在进行表型BLUP时,如果没有重复,那表型文件Rep那一列怎么处理,是直接删除那一列,还是标上NA,还有R代码,如果sample_id_col<-1,repeat_col <- NA,那接了下来的years_col是赋值2还是3呢?以上情况我都试了,结果提示Error in as.formula(form) : object 'form' not found,这个问题怎样解决。
例子数据下不到啊
视频还是卡的不行,15分钟内卡3次,老师讲的好,视频播放总是断掉,网络没问题,电脑是新机器,建议贵公司找找自己网络或服务器原因,找不到原因就换掉管网络维护的不负责人员,太影响心情了。以前听贵公司周老师等高人课堂学过不少知识,对贵公司印象很好,现在这个视频的播放问题让我怀疑贵公司的网管就是个渣渣。
卡卡卡卡卡卡卡卡卡卡卡!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
看到主管回复的邮件后,来尝试听听,基本不再卡机,不错!!!其实谢老师讲的真好,感谢老师详细讲解。好评!!!!
我做出来的vcf只有GT:PL怎么办求指导,谢谢
老师你好,请问有GATK3.8的安装包吗?官网更新到4.0,找不到旧版本的安装包了。谢谢!
请问,如果样本不符合正态分布,非常偏怎么办?
老师请问您一下,下载的课件里怎么没有lecture06_07这个文件
我想问一下 这个PPT可以下载吗
想请教老师一下,如何将多个性状同时分析同时输出
请问实操里的数据是个文献里的?
请教老师:
这个是什么原因啊请教一下老师,vcftools和plink在过滤的时候是二选一使用吗?还是需要结合使用?
pdf导出不了数据
请问lecture06_07_add_id.pl这个染色体文件是公司会给呢还是需要自己去网上下载呢
我给vcf文件加ID 运行后
打开文件是空白的,请问是哪里出问题了啊
我运行vcftools --vcf lecture06_genotype.id.vcf --max-missing 0.8 --maf 0.05 --min-alleles 2 --max-alleles 2 --recode --recode-INFO-all --out lecture06_genotype.
和vcftools --vcf lecture06_genotype.id.vcf --max-missing 0.8 --maf 0.05 --recode --recode-INFO-all --out lecture06_genotype.
两种结果一致。我重测序材料是水稻,min-alleles 和max-alleles该如何设置
文献中对于数量性状hwe取值一般是1e-6?
谢老师,您这个GWAS课程里面提到的数据和代码在哪里下载呀
老师,希望课程代码可以解释一下,我做过都听不懂
<p>代码在哪里下载呀 老师</p><p><br/></p>
<p>代码在哪里下载呀 老师</p><p><br/></p>
<p>在Ubuntu的linux系统中输入这串代码</p><p>plink --vcf lecture06_genotype.id.vcf --make-bed --out snp --allow-extra-chr --snps-only</p><p>出现</p><p>PLINK v1.90p 64-bit (13 Feb 2023) www.cog-genomics.org/plink/1.9/</p><p>(C) 2005-2023 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3</p><p>Error: Failed to open snp.log. Try changing the --out parameter.</p><p>想请问老师,该怎么解决</p><p></p>
<p>在Ubuntu的linux系统中输入这串代码</p><p>plink --vcf lecture06_genotype.id.vcf --make-bed --out snp --allow-extra-chr --snps-only</p><p>出现</p><p>PLINK v1.90p 64-bit (13 Feb 2023) www.cog-genomics.org/plink/1.9/</p><p>(C) 2005-2023 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3</p><p>Error: Failed to open snp.log. Try changing the --out parameter.</p><p>想请问老师,该怎么解决</p><p></p>
<p>老师,广义遗传力的求取与BLUP值的计算(有动物模型的吗)</p>
<p>老师,广义遗传力的求取与BLUP值的计算(有动物模型的吗)</p>