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主要实操内容:1)表型的异常值去除、描述性统计图表的获得、BLUP值的求取、min-max和z-score标准化;2)基于VCF的基因型筛选实操,包括按质量值进行标记过滤、按分型完整度对标记进行过滤、按第二等位基因频率进行标记过滤、按哈迪温伯格平衡进行标记过滤等。

请问 绘制频率分布直方图的时候 线超出了图片怎么办呢HPHTEM`7$KS]``3{4NTT{EQ.png

850天前
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Xia Hui

同学,视频里讲的好像是可以设置图像各边距的

#1 847天前 回复

xiek 回复 emptyname

绘图语句改成如下代码试试
## calculate frequecy and fit to density axis
freq <- round(pos * length(na.omit(trait2009\%OH$Brix)) * with(hist\%data, breaks[2] - breaks[1]))
## replot histogram without y axis
density\%data <- density(na.omit(trait2009\%OH$Brix))
ymax <- max(hist\%data$density, density\%data$y)
ymax <- ymax + 0.01*ymax
graphics:::plot.histogram(hist\%data, freq = FALSE, col=\"grey\", main=\"\",
xlab = \"Brix\", ylab=\"Frequeny\", cex.lab = 2.0,
border=\"black\", yaxt=\'n\', cex.axis=1.5, ylim = c(0, ymax))
## add y axis
Axis(side = 2, at = pos, labels = freq, cex.axis=1.5, cex.lab = 2.0)
## add density line
lines(density\%data, col=\"blue\", lwd = 2)

#2 839天前 回复

jinyuxi 回复 xiek

老师,修改后,还是报错,错误: unexpected input in \"freq <- round(pos * length(na.omit(trait2009\\\\%OH$Brix)) * with(hist\\\\%data, breaks[2] - breaks[1]))\n

#3 179天前 回复

jinyuxi 回复 xiek

用下面的代码可以啦,谢谢老师^o^\n

#4 179天前 回复

老师,请问对于多点试验的材料,比如几百个半同胞家系分别在A/B/C三个地点种植,虽然可以通过求BLUP值减少环境因素对性状的影响,但是拿去测序的材料该怎么选择,从这三个地点选一个还是都拿去?都拿去好像不太现实,选一个好像没代表性?还是说选一个各家系表型性状变异系数大的地点呢?

847天前
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xiek 回复 Xia Hui

如果已经是稳定的自交系的话,任选一点就可以;如果还在分离,无论表型和基因型都只能选择一个点去做,且表型和基因型用的材料对应,表型只能当代考察使用。

#1 839天前 回复

Xia Hui 回复 xiek

老师,根据视频里提的,在百度上找的教程装完Window下的linux子系统Ubuntu后,不知道怎么操作,脚本复制进去也无法像视频里那样运行,是不是还需要下载些其他东西,能不能录个简单的视频告诉我们这些小白怎么搭好操作需要的这个环境,不然根本没法跟着学,万分请求,谢谢了!

#2 833天前 回复

总是卡机,咋回事??????

841天前
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xiek 回复 emptyname

问题解决了吗?

#1 839天前 回复

## calculate frequecy and fit to density axis
freq <- round(pos * length(na.omit(trait2009_OH$Brix)) * with(hist_data, breaks[2] - breaks[1]))
## replot histogram without y axis
density_data <- density(na.omit(trait2009_OH$Brix))
ymax <- max(hist_data$density, density_data$y)
ymax <- ymax + 0.01*ymax
graphics:::plot.histogram(hist_data, freq = FALSE, col="grey", main="",
                          xlab = "Brix", ylab="Frequeny", cex.lab = 2.0,
                          border="black", yaxt='n', cex.axis=1.5, ylim = c(0, ymax))
## add y axis
Axis(side = 2, at = pos, labels = freq, cex.axis=1.5, cex.lab = 2.0)
## add density line
lines(density_data, col="blue", lwd = 2)

以上代码应该可以解决曲线超出图形的问题。

839天前
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我安装不了R软件的那几个包。能具体指导下吗。

834天前
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xiek 回复 李大姐

可能是您的网络问题(可能被防火墙屏蔽了),对于cran上的包,可以打开R软件(不是Rstudio),点击第五个菜单项(程序包)--安装程序包--提示选择镜像时,选China(Lanzhou)[https]镜像,然后选择你想要安装的软件包。对于GitHub上的包,安装并加载devtools以后,可以把GitHub上的源代码下载下来,使用install\%local()函数安装。

#1 834天前 回复

李大姐 回复 xiek

已经安装好了, 感谢老师

#2 831天前 回复

2-1打开就是1-2的内容,这是怎么回事呢


829天前
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admin 回复 李大姐

2-1是表型处理与标记筛选实操没错的

#1 828天前 回复

关于动物方面的现在有补充材料了吗

816天前
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你好  关于标记筛选 ,怎么用vcftools?


782天前
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xiek 回复 wheat stress

课程里有代码吧

#1 611天前 回复

请问老师,在进行表型BLUP时,如果没有重复,那表型文件Rep那一列怎么处理,是直接删除那一列,还是标上NA,还有R代码,如果sample_id_col<-1,repeat_col <- NA,那接了下来的years_col是赋值2还是3呢?以上情况我都试了,结果提示Error in as.formula(form) : object 'form' not found,这个问题怎样解决。


780天前
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xiek 回复 SHELL

在输入数据里面删掉列,repeat\%col不要给,years\%col在第几列给第几列

#1 611天前 回复

例子数据下不到啊


773天前
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视频还是卡的不行,15分钟内卡3次,老师讲的好,视频播放总是断掉,网络没问题,电脑是新机器,建议贵公司找找自己网络或服务器原因,找不到原因就换掉管网络维护的不负责人员,太影响心情了。以前听贵公司周老师等高人课堂学过不少知识,对贵公司印象很好,现在这个视频的播放问题让我怀疑贵公司的网管就是个渣渣。

751天前
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admin 回复 ljljlxh12

非常抱歉,我们立刻优化该问题。

#1 750天前 回复

卡卡卡卡卡卡卡卡卡卡卡!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

751天前
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admin 回复 ljljlxh12

今天公司开工了,已经优化了播放器,你再播放看下, 应该不会出现卡顿的问题。如果出现,麻烦联系我们。谢谢您的反馈

#1 750天前 回复

看到主管回复的邮件后,来尝试听听,基本不再卡机,不错!!!其实谢老师讲的真好,感谢老师详细讲解。好评!!!!

746天前
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我做出来的vcf只有GT:PL怎么办求指导,谢谢

712天前
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xiek 回复 生物笔记

你原来的里面有吗?

#1 611天前 回复

老师你好,请问有GATK3.8的安装包吗?官网更新到4.0,找不到旧版本的安装包了。谢谢!

708天前
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xiek 回复 mjiang0502

https://software.broadinstitute.org/gatk/download/archive

#1 611天前 回复

请问,如果样本不符合正态分布,非常偏怎么办?

669天前
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xiek 回复 静默浩然

照做就行,只要能算过去不报错,结果导向,但要警惕结果可能是假阳性,gwas只为你的下一步工作提供个参考,需要其他证据证实或证伪,从这个意义上说,不用太在意原始数据是怎么分布的,只要是正确的、不存在严重极端值(极端值可能导致模型结果异常)就可以

#1 611天前 回复

老师请问您一下,下载的课件里怎么没有lecture06_07这个文件

490天前
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fengshiguo

抱歉,第一次没有完整下载,找到了

#1 490天前 回复

我想问一下 这个PPT可以下载吗

427天前
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基迪奥-miko 回复 专抢小孩棒棒糖

PPT不开放下载的哦

#1 421天前 回复

想请教老师一下,如何将多个性状同时分析同时输出

394天前
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请问实操里的数据是个文献里的?

389天前
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请教老师:

> source("lecture06_04_remove_outlier_function.r")错误: 节点堆叠上溢收捲时出错: 节点堆叠上溢
这个是什么原因啊

343天前
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请教一下老师,vcftools和plink在过滤的时候是二选一使用吗?还是需要结合使用?

320天前
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wt141643

已解决

#1 320天前 回复

pdf导出不了数据


304天前
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请问lecture06_07_add_id.pl这个染色体文件是公司会给呢还是需要自己去网上下载呢

223天前
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我给vcf文件加ID 运行后

打开文件是空白的,请问是哪里出问题了啊

199天前
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我运行vcftools --vcf lecture06_genotype.id.vcf --max-missing 0.8 --maf 0.05 --min-alleles 2 --max-alleles 2 --recode --recode-INFO-all --out lecture06_genotype.

和vcftools --vcf lecture06_genotype.id.vcf --max-missing 0.8 --maf 0.05 --recode --recode-INFO-all --out lecture06_genotype.

两种结果一致。我重测序材料是水稻,min-alleles 和max-alleles该如何设置

184天前
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lizecong 回复 dddong

你好,我也遇到一些问题,可以交流一下吗,这个是我邮箱,可以联系我一下吗?429111109@qq.com

#1 14天前 回复

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