视频不能最大化???看不清!!!!

1035天前
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admin 回复 ljljlxh12

可以最大化的,播放页面右下角

#1 948天前 回复

表型处理与标记筛选实操经常打不开呀

1029天前
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admin 回复 李大姐

已经优化了,请大家重新打开观看~

#1 1028天前 回复

fzy 回复 admin

我可以看

#2 1027天前 回复

李大姐 回复 fzy

为什么我现在一打开实操第一节就是理论第二节的内容呢?难道只有我有这个问题吗\n

#3 1027天前 回复

这个视频怎么看不了了?

1021天前
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admin 回复 故事在城外

有时候加载的慢一些,请耐心等待下~

#1 1021天前 回复

第一个问题是:plink过滤snp的时候,--indep-pairwise 100 50 0.2中的100kb,50个snp以及0.2的LD强度具体是怎么用的呢?是指每100kb中大于50个snp的才进行0.2的LD过滤的意思吗?

第二个问题是:structure 的linux操作中,K=10重复3次是为了干啥呢?类似进化树的bootstrap抽样吗? 以及linux下跑structure是不是3*10=30次要重复跑30次?

1011天前
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xiek 回复 Liuxiaohao

第一个问题,是的。\n第二个问题,K=10重复3次(其实是每个K值都重复3次)是为了看似然值的变化,用于后面计算deltaK。linux下是3*10=30,对于标记量少的情况,我们建议重复更多的次数,如每个K值5-10次重复,以便使用似然值进行最优K值选择的时候更为准确

#1 983天前 回复

> devtools::install_github('royfrancis/pophelper=T')

Error: HTTP error 404.

  Not Found


  Rate limit remaining: 55/60

  Rate limit reset at: 2018-12-16 08:29:24 UTC


  

> install.packages("pophelper")

Warning in install.packages :

  package ‘pophelper’ is not available (for R version 3.4.4)

包安不上

1008天前
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jianxia 回复 ljljlxh12

怎么解决的,用哪个版本安装,我是4.0,不行

#1 500天前 回复

已经解决

1007天前
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lioh 回复 ljljlxh12

怎么解决的啊?

#1 346天前 回复

用group信息画structure图的时候,k_order调整好之后,为什么出的图的顺序还是错的?如图,

另外,因为popID有点儿长,可不可以把这些label斜着标注?谢谢


988天前
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xiek 回复 charleslywang

这个比较麻烦,自己用ai或者ps什么的编辑一下更快些。如果想在R里修改,可以参考https://royfrancis.github.io/pophelper/,到我没看到倾斜popID的相关操作。

#1 983天前 回复

admixture结果里面的sample_order怎么排序?


985天前
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xiek

样本顺序务必与admixture输入基因型文件中的顺序完全一致。

#1 983天前 回复

老师,运行之后怎么没有你说的那两个文件


762天前
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翱翔小马驹 回复 米开朗基罗

这个包更新了,没有clumpp的作用了,需要自己下载clumpp软件

#1 153天前 回复

clumppExport(qlist = qlist, parammode = 3, prefix = "pop", useexe = F) # run clumpp

是不是版本升级后有差异,

运行完之后没有merged和aligned两个文件,以至于后续分析都无法继续?

751天前
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a329594827 回复 Dawn\%wang

您好,这个问题我也遇到了,您有解决了吗

#1 690天前 回复

hai178912522 回复 a329594827

2.3.0 把CLUMPP.exe 删除了。 手动复制CLUMPP.EXE进文件夹。

#2 454天前 回复

biexiaomin98_163_com 回复 hai178912522

请问要把CLUMPP.EXE放到哪个文件夹中?R中才能正常运行啊

#3 313天前 回复

请问示例数据从哪里下载?

702天前
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基迪奥-miko 回复 hamlet909

示例数据在本系列课程第一节课的资料下载中有哦

#1 696天前 回复

同样的问题clumppExport(qlist = qlist, parammode = 3, prefix = "pop", useexe = F) # run clumpp


是不是版本升级后有差异,


运行完之后没有merged和aligned两个文件,以至于后续分析都无法继续?这是什么原因啊


690天前
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视频里代码,老师用代码:le  lecture06_genotype.vcf  查看文件,数据很整齐,我用这个 le 命令打不开,我是缺少什么东西吗?求告知

682天前
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布鲁blue 回复 w10166810

老师是将less -S设置为le的快捷方式,你用less -S(大写)的效果是一样的

#1 678天前 回复

老师您好:我的数据筛选后,SNP太多,跑structure运行时间太长,如何对SNP进行随机挑选?请问有详细的教程吗?

529天前
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基迪奥-周煌凯 回复 俏皮小丫头

全基因组平均挑选大概1万个足够分析了。

#1 507天前 回复

jianxia 回复 基迪奥-周煌凯

pophelper安装不上

#2 500天前 回复

用自己的数据怎末得到分群信息呀老师


449天前
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视频中没有提到,但是我用示例数据做了一下,没有分群信息差异挺大的


449天前
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structure  linux 版安装不成功怎么办?

346天前
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请问:老师您在讲structure的输入文件时说可以不加分群信息,但是pophelper的输入文件需要把每个样本的分群信息写明,我做了尝试,不加 pophelper的分群信息与加时有显著差异,请问在编辑pophelper的输入文件时,是一定严格要加分群信息吗

333天前
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请问若在检测中心做划群,结果显示分了n个群,但是我做structure得到的最佳k值不是n,这种情况pophelper的输入文件该怎么写呢?

333天前
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老师您好,请问使用ubuntu,structure软件安装不成功怎么办?运行时显示: cannot execute binary file: Exec format error,请问怎么解决这个问题?您能否告知软件编译的办法,或分享一下您编译后的软件?

324天前
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pophelper这个R包,现在怎么在R的安装包中找不到呢?


314天前
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image.png一直显示没有这个函数,但明明pophelper又显示安装成功,这怎么办?

image.png

229天前
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刚刚说错了,不是没有这个函数,是没有这个参数useexe =T;改成False才能运行,不知道原因。

image.png

229天前
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xm1185369825 回复 woli

为什么我修改为F还是显示参数不能用啊。。

#1 178天前 回复

翱翔小马驹 回复 woli

这个包更新了,没有这个功能了,你可以看看说明书,这个参数是用来运行clumpp的,现在要运行需要自己下载clumpp软件

#2 153天前 回复

我想请问一下你们下载的示列数据是完整的么

146天前
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为什么会出现这种情况呢

Error in plotQ(qlist_admix[k_order], imgoutput = "join", showindlab = T,  : 

  plotQ: Argument 'exportpath' not set. To use current working directory, set 'exportpath=getwd()'.


134天前
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liang951217_126_com 回复 fengshiguo

打扰一下,您的这个报错解决没有?\n

#1 19天前 回复

Error in evannoMethodStructure(smq, exportplot = T, writetable = T, imgtype = "pdf",  : 

  evannoMethodStructure: Argument 'exportpath' not set. To use current working directory, set 'exportpath=getwd()'.

怎么解决

19天前
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