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主要实操内容:1)基于VCF格式的基因型格式转换(转换为STRUCTURE、ADMIXTURE、smartpca格式);2)STRUCTURE(windows、linux)、ADMIXTURE(linux)的使用及结果解释与处理。
视频不能最大化???看不清!!!!
admin 回复 ljljlxh12 :
可以最大化的,播放页面右下角
表型处理与标记筛选实操经常打不开呀
admin 回复 李大姐 :
已经优化了,请大家重新打开观看~
fzy 回复 admin :
我可以看
李大姐 回复 fzy :
为什么我现在一打开实操第一节就是理论第二节的内容呢?难道只有我有这个问题吗\n
这个视频怎么看不了了?
admin 回复 故事在城外 :
有时候加载的慢一些,请耐心等待下~
第一个问题是:plink过滤snp的时候,--indep-pairwise 100 50 0.2中的100kb,50个snp以及0.2的LD强度具体是怎么用的呢?是指每100kb中大于50个snp的才进行0.2的LD过滤的意思吗?
第二个问题是:structure 的linux操作中,K=10重复3次是为了干啥呢?类似进化树的bootstrap抽样吗? 以及linux下跑structure是不是3*10=30次要重复跑30次?
xiek 回复 Liuxiaohao :
第一个问题,是的。\n第二个问题,K=10重复3次(其实是每个K值都重复3次)是为了看似然值的变化,用于后面计算deltaK。linux下是3*10=30,对于标记量少的情况,我们建议重复更多的次数,如每个K值5-10次重复,以便使用似然值进行最优K值选择的时候更为准确
> devtools::install_github('royfrancis/pophelper=T')
Error: HTTP error 404.
Not Found
Rate limit remaining: 55/60
Rate limit reset at: 2018-12-16 08:29:24 UTC
> install.packages("pophelper")
Warning in install.packages :
package ‘pophelper’ is not available (for R version 3.4.4)
包安不上
jianxia 回复 ljljlxh12 :
怎么解决的,用哪个版本安装,我是4.0,不行
已经解决
lioh 回复 ljljlxh12 :
怎么解决的啊?
用group信息画structure图的时候,k_order调整好之后,为什么出的图的顺序还是错的?如图,
另外,因为popID有点儿长,可不可以把这些label斜着标注?谢谢
xiek 回复 charleslywang :
这个比较麻烦,自己用ai或者ps什么的编辑一下更快些。如果想在R里修改,可以参考https://royfrancis.github.io/pophelper/,到我没看到倾斜popID的相关操作。
admixture结果里面的sample_order怎么排序?
xiek
样本顺序务必与admixture输入基因型文件中的顺序完全一致。
老师,运行之后怎么没有你说的那两个文件
翱翔小马驹 回复 米开朗基罗 :
这个包更新了,没有clumpp的作用了,需要自己下载clumpp软件
clumppExport(qlist = qlist, parammode = 3, prefix = "pop", useexe = F) # run clumpp
是不是版本升级后有差异,
运行完之后没有merged和aligned两个文件,以至于后续分析都无法继续?
a329594827 回复 Dawn\%wang :
您好,这个问题我也遇到了,您有解决了吗
hai178912522 回复 a329594827 :
2.3.0 把CLUMPP.exe 删除了。 手动复制CLUMPP.EXE进文件夹。
biexiaomin98_163_com 回复 hai178912522 :
请问要把CLUMPP.EXE放到哪个文件夹中?R中才能正常运行啊
请问示例数据从哪里下载?
基迪奥-miko 回复 hamlet909 :
示例数据在本系列课程第一节课的资料下载中有哦
同样的问题clumppExport(qlist = qlist, parammode = 3, prefix = "pop", useexe = F) # run clumpp
运行完之后没有merged和aligned两个文件,以至于后续分析都无法继续?这是什么原因啊
视频里代码,老师用代码:le lecture06_genotype.vcf 查看文件,数据很整齐,我用这个 le 命令打不开,我是缺少什么东西吗?求告知
布鲁blue 回复 w10166810 :
老师是将less -S设置为le的快捷方式,你用less -S(大写)的效果是一样的
老师您好:我的数据筛选后,SNP太多,跑structure运行时间太长,如何对SNP进行随机挑选?请问有详细的教程吗?
基迪奥-周煌凯 回复 俏皮小丫头 :
全基因组平均挑选大概1万个足够分析了。
jianxia 回复 基迪奥-周煌凯 :
pophelper安装不上
用自己的数据怎末得到分群信息呀老师
视频中没有提到,但是我用示例数据做了一下,没有分群信息差异挺大的
structure linux 版安装不成功怎么办?
请问:老师您在讲structure的输入文件时说可以不加分群信息,但是pophelper的输入文件需要把每个样本的分群信息写明,我做了尝试,不加 pophelper的分群信息与加时有显著差异,请问在编辑pophelper的输入文件时,是一定严格要加分群信息吗
请问若在检测中心做划群,结果显示分了n个群,但是我做structure得到的最佳k值不是n,这种情况pophelper的输入文件该怎么写呢?
老师您好,请问使用ubuntu,structure软件安装不成功怎么办?运行时显示: cannot execute binary file: Exec format error,请问怎么解决这个问题?您能否告知软件编译的办法,或分享一下您编译后的软件?
pophelper这个R包,现在怎么在R的安装包中找不到呢?
一直显示没有这个函数,但明明pophelper又显示安装成功,这怎么办?
刚刚说错了,不是没有这个函数,是没有这个参数useexe =T;改成False才能运行,不知道原因。
xm1185369825 回复 woli :
为什么我修改为F还是显示参数不能用啊。。
翱翔小马驹 回复 woli :
这个包更新了,没有这个功能了,你可以看看说明书,这个参数是用来运行clumpp的,现在要运行需要自己下载clumpp软件
我想请问一下你们下载的示列数据是完整的么
为什么会出现这种情况呢
Error in plotQ(qlist_admix[k_order], imgoutput = "join", showindlab = T, :
plotQ: Argument 'exportpath' not set. To use current working directory, set 'exportpath=getwd()'.
liang951217_126_com 回复 fengshiguo :
打扰一下,您的这个报错解决没有?\n
Error in evannoMethodStructure(smq, exportplot = T, writetable = T, imgtype = "pdf", :
evannoMethodStructure: Argument 'exportpath' not set. To use current working directory, set 'exportpath=getwd()'.
怎么解决
软件怎么下载啊?
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视频不能最大化???看不清!!!!
表型处理与标记筛选实操经常打不开呀
这个视频怎么看不了了?
第一个问题是:plink过滤snp的时候,--indep-pairwise 100 50 0.2中的100kb,50个snp以及0.2的LD强度具体是怎么用的呢?是指每100kb中大于50个snp的才进行0.2的LD过滤的意思吗?
第二个问题是:structure 的linux操作中,K=10重复3次是为了干啥呢?类似进化树的bootstrap抽样吗? 以及linux下跑structure是不是3*10=30次要重复跑30次?
> devtools::install_github('royfrancis/pophelper=T')
Error: HTTP error 404.
Not Found
Rate limit remaining: 55/60
Rate limit reset at: 2018-12-16 08:29:24 UTC
> install.packages("pophelper")
Warning in install.packages :
package ‘pophelper’ is not available (for R version 3.4.4)
包安不上
已经解决
用group信息画structure图的时候,k_order调整好之后,为什么出的图的顺序还是错的?如图,
另外,因为popID有点儿长,可不可以把这些label斜着标注?谢谢
admixture结果里面的sample_order怎么排序?
老师,运行之后怎么没有你说的那两个文件
clumppExport(qlist = qlist, parammode = 3, prefix = "pop", useexe = F) # run clumpp
是不是版本升级后有差异,
运行完之后没有merged和aligned两个文件,以至于后续分析都无法继续?
请问示例数据从哪里下载?
同样的问题clumppExport(qlist = qlist, parammode = 3, prefix = "pop", useexe = F) # run clumpp
是不是版本升级后有差异,
运行完之后没有merged和aligned两个文件,以至于后续分析都无法继续?这是什么原因啊
视频里代码,老师用代码:le lecture06_genotype.vcf 查看文件,数据很整齐,我用这个 le 命令打不开,我是缺少什么东西吗?求告知
老师您好:我的数据筛选后,SNP太多,跑structure运行时间太长,如何对SNP进行随机挑选?请问有详细的教程吗?
用自己的数据怎末得到分群信息呀老师
视频中没有提到,但是我用示例数据做了一下,没有分群信息差异挺大的
structure linux 版安装不成功怎么办?
请问:老师您在讲structure的输入文件时说可以不加分群信息,但是pophelper的输入文件需要把每个样本的分群信息写明,我做了尝试,不加 pophelper的分群信息与加时有显著差异,请问在编辑pophelper的输入文件时,是一定严格要加分群信息吗
请问若在检测中心做划群,结果显示分了n个群,但是我做structure得到的最佳k值不是n,这种情况pophelper的输入文件该怎么写呢?
老师您好,请问使用ubuntu,structure软件安装不成功怎么办?运行时显示: cannot execute binary file: Exec format error,请问怎么解决这个问题?您能否告知软件编译的办法,或分享一下您编译后的软件?
pophelper这个R包,现在怎么在R的安装包中找不到呢?
刚刚说错了,不是没有这个函数,是没有这个参数useexe =T;改成False才能运行,不知道原因。
我想请问一下你们下载的示列数据是完整的么
为什么会出现这种情况呢
Error in plotQ(qlist_admix[k_order], imgoutput = "join", showindlab = T, :
plotQ: Argument 'exportpath' not set. To use current working directory, set 'exportpath=getwd()'.
Error in evannoMethodStructure(smq, exportplot = T, writetable = T, imgtype = "pdf", :
evannoMethodStructure: Argument 'exportpath' not set. To use current working directory, set 'exportpath=getwd()'.
怎么解决
软件怎么下载啊?