豆荚图


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豆荚图中文说明文档

功能:
与分组小提琴图类似,把两组合并为一个小提琴图展示,便于直观比较两组之间的数据分布状态,适合展示多因素数据分布。

 

 

输入:
1. 文件必须是支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。表格名称以字母、数字、下划线组成,不可以有空格
2. 文件第一行a/b/c/d”为X轴参数,可以为不同样本、不同基因、不同cluster、不同时间梯度等;第一列为Y轴参数属性,可以为基因ID、细胞barcode、样本等,对应内容(数值)可以为基因表达量、细胞UMI、肿瘤体积等。
3. 两组文件中,每组文件列数对应列的名称需保持一致。 

示例文件如下:

Group1                              Group2

   

 

参数:

1. 输入文件,依次输入两个文件,文件1对应分组1,文件2对应分组2,可自定义分组名称及颜色,如未选择则为系统默认名称及颜色。

2. X轴标题:自定义

3. Y轴标题:自定义

4. 图形标题:自定义

5. 散点:展示或不展示

 

输出:
1.图:程序将输出PNGPDF格式的豆荚

2.表:程序将输出包含每组每样本平均值、最小值、最大值、上下四分位和中位数信息的.xls格式的表格。

 

结果说明:

1. 图形解读如下:

图中不同颜色代表不同组分,每个点代表一个数据;

黑色矩形中的白点代表中位数Q2组间白点相对位置越高,说明该组数据整体分布越靠上,对应生物学意义即为基因的表达量越高/检测到的细胞UMI数越多/肿瘤体积越大等;

黑色矩形长度代表这组数据中上下四分位数差值IQR矩形越长说明数据越分散,越短说明越集中;矩形上边缘为上四分位数Q3下边缘为下四分位数Q1
④豆荚图的轮廓代表数据分布的主要区间轮廓以外的数据为离散数据;轮廓的纵轴两端分别代表最小值最大值纵轴方向长度越长代表数据弥散程度越大;横轴方向长度代表数据分布密度,越长说明分布在对应纵坐标位置的数据越多。

2.表格解读如下:

 

表头属性:第一列对应豆荚图X轴内容;第二列为分组信息;第三列往后依次为平均值(mean)、最小值(min)、下四分位数(Q1)、中位数(Q2)、上四分位数(Q3)、最大值(max)、上下四分位间距(IRQ)。

豆荚图中文例子说明

输入:带有表头的文件,支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

第1列为基因ID,第2-6列为基因在各样本中的表达量

1)g1Group A

 

2)g2Group B

 

参数:

1)分组颜色:默认配色

2)X轴标题:无

3Y轴标题:gene expression

4)图片标题:无

5)散点:不展示

 

输出:

1)结果文件压缩包

 

包含两个OS工具源文件,PDFPNG格式结果图,excle统计结果表

 

2)结果图

 

3)结果表

 

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。