普氏分析中文例子说明

输入：带有表头的文件，支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

1）文件1：样本--环境，第一行为样本名，第一列为环境因子，第二列往后为各环境因子在各样本中的含量。示例文件1

2）文件2：样本--物种，第一行为样本名，第一列为物种名，第二列往后为各物种在各样本中的丰度。示例文件2

3）分组文件：第一列为样本名，第二列为分组名。分组文件

参数：

1.文件名：文件1（environments）、文件2（species）

2.降维方式：PCA

3.点大小：4

4.线粗细：1.5

5.图片标题：relationship

6.分组颜色：#FF0000，#0000ff，#ff6600

输出：

结果文件压缩包，同时输出了带样本标签（procrusters.lab）和不带标签（procrusters）的两种类型结果图，包括PDF和PNG两种格式，其他文件为OS平台源文件。

结果解读：

1）图中不同颜色代表不同的分组；

2）映射在主正交轴中的点是来自环境变量PCA的样方点，用圆形表示，映射在斜向正交轴中的点是来自物种组成PCA的样方点，用三角形表示；

3）连线指示了二者中配对的样方，线段的长短为二者之间残差值，线段越短，残差值越小；

4）M²为残差值的平方和，M²值越小，表明两组数据的一致性越好，从图形结果中可以看出，环境和物种的潜在关系表现出较好的一致性（P<0.05）。

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。

文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。

Q2. 提交时报错常见问题：

1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

Q4.下载的结果文件用什么软件打开？

OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。

图片文件：

为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。

文本文件：

文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？

提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。

Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。