案例二

发布时间:
2015-10-30 10:14:22
作者:
admin

现有小白菜的转录组数据,想通过同源比对寻找与拟南芥NAC019同源的基因,并且拿到的NAC019序列是antisense的,需要先获取其反向互补序列。
运作过程:先使用序列格式化工具,获取NAC019的反向互补序列,在使用blast工具把NAC019序列比对到小白菜转录组。
①源文件: 文件一     文件二
②文件说明: 文件一是fasta格式的NAC019核酸序列,并且是antisense的,序列格式化工具的输入文件,获取NAC019的反向互补序列。
文件二是比对的subject序列,也就是小白菜转录组数据,注意必需是fasta格式
③使用工具: 序列格式化     Blast
1.利用“序列格式化”工具获取NAC019的反向互补序列:

1)将fasta格式的NAC019核酸序列输入数据框中,或者上传序列文件,并勾选“获取反向互补序列”,开始格式化

生物云平台

2).查看并下载数据结果

任务完成后到“我的任务”查看,并下载格式化后的fasta格式序列结果。

生物云平台
2.利用“Blast序列局部比对”将NAC019序列比对到小白菜转录组

①将刚才第一步fasta格式的反向互补结果输入数据框中,或上传序列文件。

②然后上传比对的subject序列,也就是小白菜转录组数据,注意必需是fasta格式。如果序列文件大小超过本地文件上传的限制(5M),就要先将序列文件上传到“我的文件”,然后再从云端文件选择.

③参数选择:
1)期望值(evalue):期望值越低,限制越严格,默认选择10;
2)输出格式:共有12种格式可供选择,每种格式的说明可在“案例演示”里查看;
3)程序:共有5种程序可选,选择某种程序后可在选择框的后面看到相应的说明,也可到“案例演示”里查看具体说明

生物云平台
3.点击“开始比对”,程序将开始运行,完成后到“我的任务”查看并下载,结果如下
生物云平台

本文版权所有归基迪奥生物科技有限公司所有