BLAST序列局部比对





1:



输入源文件
选择文件 *


2:
选择文件 *

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功能:
输入原始序列和目标序列来进行Blast序列比对,并输出比对结果


输入:

①原始序列:可以选在文件上传和在线文档两种方式,数据格式为fasta格式

②目标序列:只有选择文件上传的方式,数据格式为fasta格式


参数:

①期望值:期望数据库中具有某一统计学意义配对序列的值。默认值为:10,期望值越低,限制越严格,甚至会导致无随机配对序列

②输出格式:多种输出格式任你选择

③不同blast程序说明和要求见下表:


程序模式:
程序 源序列类型 目标序列类型 介绍
blastn 核酸序列 核酸序列 对核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询
blastp 蛋白序列 蛋白序列 对蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询
blastx 核酸序列 蛋白序列 对核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询
tblastn 蛋白序列 核酸序列 将核酸序列翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询
tblastx 核酸序列 核酸序列 将核酸序列翻译成蛋白质序列,然后再将两种翻译结果从蛋白质水平进行查询

输出:
程序提供11种文件类型输出blast分析结果

示例文件:DNA原序列

>gi|397824|dbj|D17397.1|DOGCYP2D Canis lupus familiaris CYP2D mRNA for P-450 2D, complete cds
GAGCACCCTGGCTGGCCAGCCCCAGGTCCCTGGTGTGGTGAGGGACACCGGCGTGCCCCACGAGCCCAGC
GGGCACTGAGACAGCTATGGGGCTGCTGACCGGGGACACGCTGGGGCCCCTGGCCGTAGCCGTGGCCATC
TTCCTGCTCCTGGTAGACCTGATGCACCGGCGCAGGCGCTGGGCCACACGCTACCCGCCAGGCCCCACGC
CAGTGCCCATGGTGGGCAACCTGCTGCAGATGGACTTCCAGGAACCAATCTGCTACTTCAGCCAGCTGCA
AGGCCGCTTCGGAAACGTGTTCAGCCTGGAGCTGGCCTGGACGCCGGTGGTCGTGCTCAACGGCCTGGAG
GCGGTGCGCGAGGCCCTGGTGCACCGCAGCGAGGACACTGCCGACCGCCCACCTATGCCGATCTATGACC
ACCTGGGTTTGGGGCCAGAATCCCAAGGGTTGTTCCTGGCGCGCTACGGGCGCGCGTGGCGCGAGCAGCG
GCGCTTCTCGCTGTCCACCCTGCGCAACTTCGGCCTGGGCAGGAAGTCCCTGGAGCAGTGGGTGACCGAG
GAGGCCTCGTGCCTCTGCGCGGCCTTCGCCGAGCAGGCGGGCCGCCCCTTCGGCCCCGGCGCGCTGCTGA
ACAAGGCGGTGAGCAACGTGATCTCGTCGCTCACCTACGGGCGCCGCTTCGAGTACGACGACCCGCGGCT
GCTCCAGCTGCTGGAGCTCACCCAGCAGGCGCTGAAGCAGGACTCCGGCTTCCTGCGTGAGGCCCTGAAC
TCCATCCCCGTGCTCCTGCACATCCCGGGACTGGCCAGCAAGGTCTTCTCCGCGCAGAAGGCCATCATAA
CCCTGACAAATGAAATGATCCAGGAGCACAGGAAGACCCGGGACCCCACCCAGCCACCCCGACACCTGAT
CGACGCCTTCGTGGATGAGATAGAAAAAGCCAAAGGGAACCCCAAGACCAGCTTCAATGAGGAGAACCTG
TGCATGGTGACCTCTGACCTGTTCATCGCTGGGATGGTGTCCACCTCAATCACGCTGACCTGGGCCCTCC
TGCTCATGATCCTGCACCCGGACGTGCAGCGACGTGTCCAGCAGGAGATAGATGAGGTGATAGGGCGGGA
GCAGCTACCAGAGATGGGAGACCAGACCCGTATGCCCTTCACCGTGGCCGTGATCCATGAGGTGCAGCGT
TTTGGGGACATCGTCCCACTCGGTGTGCCCCACATGACGTCCCGAGACACTGAAGTGCAGGGCTTCCTCA
TCCCCAAGGGGACGACACTCATCACCAACCTGTCGTCAGTGCTAAAGGACGAGAAGGTCTGGAAGAAGCC
CTTCCGCTTCTACCCCGAGCACTTCCTGGACGCCCAGGGCCACTTCGTCAAGCATGAGGCCTTCATGCCC
TTCTCTGCAGGCCGCCGCGTCTGCCTCGGGGAGCCCCTGGCCCGCATGGAGCTCTTCCTCTTCTTCACCT
GCCTCCTGCAGCGCTTCAGCTTTTCAGTGCCTGCGGGGCAGCCCCGGCCCAGCGACCACGGGGTCTTCAC
CTTCCTGAAGGTTCCAGCCCCCTTCCAGCTCTGTGTGGAGCCTCGCTAGGGGCAGGAACCACCACCCCCC
GCCGCCCGGCTCCTCAGCAGGGGCCCGAGGTACAATAAACCAGTTTGGTGGCTCC

选择目标序列:JX678711.1.fasta

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输出结果信息:
blast结果