ljljlxh12

视频不能最大化？？？看不清！！！！

1989天前
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admin 回复 ljljlxh12 ：

可以最大化的，播放页面右下角

#1 1902天前 回复
李大姐

表型处理与标记筛选实操经常打不开呀

1982天前
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admin 回复 李大姐 ：

已经优化了，请大家重新打开观看~

#1 1982天前 回复

fzy 回复 admin ：

我可以看

#2 1981天前 回复

李大姐 回复 fzy ：

为什么我现在一打开实操第一节就是理论第二节的内容呢？难道只有我有这个问题吗\n

#3 1980天前 回复
故事在城外

这个视频怎么看不了了？

1975天前
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admin 回复 故事在城外 ：

有时候加载的慢一些，请耐心等待下~

#1 1975天前 回复
Liuxiaohao

第一个问题是：plink过滤snp的时候，--indep-pairwise 100 50 0.2中的100kb，50个snp以及0.2的LD强度具体是怎么用的呢？是指每100kb中大于50个snp的才进行0.2的LD过滤的意思吗？

第二个问题是：structure 的linux操作中，K=10重复3次是为了干啥呢？类似进化树的bootstrap抽样吗？ 以及linux下跑structure是不是3*10=30次要重复跑30次？

1964天前
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xiek 回复 Liuxiaohao ：

第一个问题，是的。\n第二个问题，K=10重复3次（其实是每个K值都重复3次）是为了看似然值的变化，用于后面计算deltaK。linux下是3*10=30，对于标记量少的情况，我们建议重复更多的次数，如每个K值5-10次重复，以便使用似然值进行最优K值选择的时候更为准确

#1 1937天前 回复
ljljlxh12

> devtools::install_github('royfrancis/pophelper=T')

Error: HTTP error 404.

  Not Found


  Rate limit remaining: 55/60

  Rate limit reset at: 2018-12-16 08:29:24 UTC


  

> install.packages("pophelper")

Warning in install.packages :

  package ‘pophelper’ is not available (for R version 3.4.4)

包安不上

1962天前
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jianxia 回复 ljljlxh12 ：

怎么解决的，用哪个版本安装，我是4.0,不行

#1 1454天前 回复
ljljlxh12

已经解决

1961天前
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lioh 回复 ljljlxh12 ：

怎么解决的啊？

#1 1299天前 回复
charleslywang

用group信息画structure图的时候，k_order调整好之后，为什么出的图的顺序还是错的？如图，

另外，因为popID有点儿长，可不可以把这些label斜着标注？谢谢


1942天前
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xiek 回复 charleslywang ：

这个比较麻烦，自己用ai或者ps什么的编辑一下更快些。如果想在R里修改，可以参考https://royfrancis.github.io/pophelper/，到我没看到倾斜popID的相关操作。

#1 1937天前 回复
charleslywang

admixture结果里面的sample_order怎么排序？


1939天前
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xiek

样本顺序务必与admixture输入基因型文件中的顺序完全一致。

#1 1937天前 回复
米开朗基罗

老师，运行之后怎么没有你说的那两个文件


1716天前
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翱翔小马驹 回复 米开朗基罗 ：

这个包更新了，没有clumpp的作用了，需要自己下载clumpp软件

#1 1106天前 回复
Dawn_wang

clumppExport(qlist = qlist, parammode = 3, prefix = "pop", useexe = F) # run clumpp

是不是版本升级后有差异，

运行完之后没有merged和aligned两个文件，以至于后续分析都无法继续？

1705天前
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a329594827 回复 Dawn\%wang ：

您好，这个问题我也遇到了，您有解决了吗

#1 1644天前 回复

hai178912522 回复 a329594827 ：

2.3.0 把CLUMPP.exe 删除了。 手动复制CLUMPP.EXE进文件夹。

#2 1408天前 回复

biexiaomin98_163_com 回复 hai178912522 ：

请问要把CLUMPP.EXE放到哪个文件夹中？R中才能正常运行啊

#3 1267天前 回复
hamlet909

请问示例数据从哪里下载？

1656天前
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基迪奥-miko 回复 hamlet909 ：

示例数据在本系列课程第一节课的资料下载中有哦

#1 1650天前 回复
a329594827

同样的问题clumppExport(qlist = qlist, parammode = 3, prefix = "pop", useexe = F) # run clumpp


是不是版本升级后有差异，


运行完之后没有merged和aligned两个文件，以至于后续分析都无法继续？这是什么原因啊


1644天前
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w10166810

视频里代码，老师用代码：le  lecture06_genotype.vcf  查看文件，数据很整齐，我用这个 le 命令打不开，我是缺少什么东西吗？求告知

1636天前
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布鲁blue 回复 w10166810 ：

老师是将less -S设置为le的快捷方式，你用less -S(大写)的效果是一样的

#1 1631天前 回复
俏皮小丫头

老师您好：我的数据筛选后，SNP太多，跑structure运行时间太长，如何对SNP进行随机挑选？请问有详细的教程吗？

1483天前
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基迪奥-周煌凯 回复 俏皮小丫头 ：

全基因组平均挑选大概1万个足够分析了。

#1 1461天前 回复

jianxia 回复 基迪奥-周煌凯 ：

pophelper安装不上

#2 1454天前 回复
天可yl

用自己的数据怎末得到分群信息呀老师


1403天前
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天可yl

视频中没有提到，但是我用示例数据做了一下，没有分群信息差异挺大的


1403天前
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lioh

structure  linux 版安装不成功怎么办？

1300天前
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天可yl

请问：老师您在讲structure的输入文件时说可以不加分群信息，但是pophelper的输入文件需要把每个样本的分群信息写明，我做了尝试，不加 pophelper的分群信息与加时有显著差异，请问在编辑pophelper的输入文件时，是一定严格要加分群信息吗

1287天前
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天可yl

请问若在检测中心做划群，结果显示分了n个群，但是我做structure得到的最佳k值不是n，这种情况pophelper的输入文件该怎么写呢？

1287天前
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LYL1994

老师您好，请问使用ubuntu，structure软件安装不成功怎么办？运行时显示： cannot execute binary file: Exec format error，请问怎么解决这个问题？您能否告知软件编译的办法，或分享一下您编译后的软件？

1277天前
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biexiaomin98_163_com

pophelper这个R包，现在怎么在R的安装包中找不到呢？


1268天前
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woli

image.png一直显示没有这个函数，但明明pophelper又显示安装成功，这怎么办？

image.png

1183天前
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woli

刚刚说错了，不是没有这个函数，是没有这个参数useexe =T;改成False才能运行，不知道原因。

image.png

1183天前
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xm1185369825 回复 woli ：

为什么我修改为F还是显示参数不能用啊。。

#1 1132天前 回复

翱翔小马驹 回复 woli ：

这个包更新了，没有这个功能了，你可以看看说明书，这个参数是用来运行clumpp的，现在要运行需要自己下载clumpp软件

#2 1106天前 回复
147金滚滚

我想请问一下你们下载的示列数据是完整的么

1100天前
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fengshiguo

为什么会出现这种情况呢

Error in plotQ(qlist_admix[k_order], imgoutput = "join", showindlab = T,  : 

  plotQ: Argument 'exportpath' not set. To use current working directory, set 'exportpath=getwd()'.


1088天前
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liang951217_126_com 回复 fengshiguo ：

打扰一下，您的这个报错解决没有？\n

#1 973天前 回复
liang951217_126_com

Error in evannoMethodStructure(smq, exportplot = T, writetable = T, imgtype = "pdf",  : 

  evannoMethodStructure: Argument 'exportpath' not set. To use current working directory, set 'exportpath=getwd()'.

怎么解决

973天前
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@小白

软件怎么下载啊？

907天前
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暂无下载

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