TCGA基因查询


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一.目标基因输入

‘示例文件’‘说明’面板中可查看所需基因输入格式。若输入基因数目较多,建议整理基因列表文档通过‘输入文件’方式上传;若输入基因数目较少,采用‘手动输入’方式更加便捷。输入需查询的基因列表后,点击‘提交’即可。

 

 

二.TCGA数据探索

同一页面直接下滑,在‘结果展示’页中切换对应项目编号,可切换到TCGA数据探索版块,默认进入泛癌(Pan-cancer)差异表达版块。

 

 

1) 表达量差异

在表达量差异探索版块中,下拉选择目标基因、选择感兴趣的癌症、切换不同的临床分组,可查看该基因在该癌症不同分组下的表达量差异。差异检验可选择T检验、秩和检验或单因素方差。

 

 

点击右上方‘修改参数’按钮,可按需对箱线图各项参数进行个性化调整,如标题、字体、字号、显示显著性标记、配色自定义等。

 

 

2) 生存分析

在生存分析探索版块中,下拉选择目标基因与感兴趣的癌症,可查看对应生存曲线和logrank差异检验结果表。

 

/低表达分组cutoff:中位数

生存时间:总生存期(OS

 

 

3) 单因素cox回归

在单因素cox比例风险回归探索版块中,下拉选择目标基因与感兴趣的癌症,可查看对应基因在选择癌症的单因素cox建模结果表,并绘制单因素风险森林图,森林图参数同样动态可调。

 

 

4) 相关性分析

在相关性分析探索版块中,下拉选择目标基因与感兴趣的癌症,可获得目标基因在选择癌症中,与表达矩阵中全部基因(低表达基因过滤标准:在该癌症50%以上样本中表达量为0)的相关性计算表,提供pearsonspearman两种相关性和显著性计算结果。区分癌和癌旁样本,支持筛选和排序。

 

 

三.帮助文档

通过工具右侧‘说明’和‘例子’处可查看工具概况和使用说明,详细说明可参考结果展示栏目右侧各版块对应帮助文档。

 

 

四.结果输出

各版块图表、统计检验结果都支持下载到本地,可按需探索与保存。

一.功能

输入目标基因,对TCGA数据库中33类癌症的RNA-seq和临床数据从四大分析层面(表达量差异、生存分析、单因素cox、相关性分析)进行探索和公共数据挖掘,可输出所需的图表或统计检验表格。