动态散点-盒形图


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 一.数据整理与上传

‘示例文件’‘说明’面板中可查看所需数据格式。点击‘选择文件’上传数据表格,最后点击‘提交’

 

 

二.个性化参数调整

同一页面直接下滑,在‘结果展示’页中切换不同项目编号,可对图表的各项参数实时调整。

 

1) 基本设置

基本设置面板中,可展开文本样式、图形标题、X/Y轴标题、坐标轴系、图例有关参数,按需自行调整。

 

2) 图形设置

在图形设置面板,可对图形相关参数颜色相关参数进行调整。

 

2.1图形参数

通过盒子宽度、散点大小,可按需调整箱线图的宽窄和散点大小到满意的尺度;在区域形状中选择外围连线/外围椭圆,便于更直观展示分组的同时创造不同样式的美观图表。

 

2.2 图形颜色

图形颜色中,提供各类色板可直接选择,也可按需自行定义颜色;不同分组散点可选择不同的样式形状。


 

三.结果输出

参数修改完成后,点击右上方‘图片下载’按钮,选择目标图片格式(svgpngpdf),点击下载图形即可将图表输出到本地。

 

若对当前图表的尺寸(或长宽比例)不满意,可调整图形高度/宽度数值,点击‘图形预览’查看效果,满意后再输出图表。

一.功能

边际图,一种x轴(顶部)和y轴(右侧)边际上叠加直方图、箱线图、核密度曲线图等图表的散点型组合图表,常用于评估两个变量之间的关系,同时展示数据分布情况;散点-盒型图为边际图的其中一种样式。

  

 

二.适用范围

适用于各类常规实验、转录组、代谢组、蛋白组、16S、单细胞、空间转录组等所有适合绘制散点图的数据,特别适用于想要同步展示变量关系和数据分布情况。

 

三.输入

文件格式:支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excelxls(Excel 97-2003 )格式。

数据格式:需提供散点数据分组信息两个文件。

 

1) 输入文件:三列数据格式,第一列为散点/变量名称(样本名,基因id等),第二列为X轴坐标数据,第三列为Y轴坐标数据,必须含表头(列名)。

 

2) 分组文件:两列数据格式,第一列为散点/变量名称,需和输入文件的名称完全一致,第二列为分组信息,必须含表头(列名)。

 

四.重点图形参数说明

盒子宽度:数值越大盒形图越宽,数值越小则越窄;

散点大小:散点大小控制;

区域形状:默认无外围填充,选择“外围连线”,将分组内最外围散点连接成多边形区域;选择“外围椭圆”,则绘制置信区间椭圆;

区域不透明度:外围连线/外围椭圆围合区域的不透明度调整;

样本名称:默认关闭,打开则在图中显示每个散点的id名称;

质心:默认关闭,打开则仅在图中显示质心点,可添加质心的名称和误差棒。

 

五.结果输出

提供svgpdfpng三种格式的散点-盒形图下载。

 

六.图表效果参考

*通过调整不同的参数组合,可绘制多种样式的散点-盒形图,部分可绘制样式参考如下:

 

1)样式一:网格线关,原点辅助线关,不显示外围

 

2)样式二:网格线开,原点辅助线开,外围连线,区域不透明度25%

 

3) 样式三:网格线开,原点辅助线开,外围椭圆,区域不透明度25%

 

4)样式四:网格线关,原点辅助线开,外围椭圆,区域不透明度0%

 

5)样式五:网格线关,原点辅助线开,外围椭圆,质心开,误差棒开

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。

结果展示