示例文件:热图柱状图组合图示例数据
1. 任务切换
2. 文本样式
3. 图例修改
包括图例字体大小、刻度数量、精确度等
4. 图形参数调整
包括方格修改、是否归一化及聚类等
5. 图形颜色修改
包括热图方格、柱状图颜色修改以及描边颜色等
1. 功能
热图+柱状图可以从两个维度展示数据特征,从而更加直观反映样本/组内或组间的差异。可利用一个带有表头的表格数据绘制热图和柱状图。其中,热图可用于展示丰度等数据在不同样本中的变化情况;柱状图可用于展示变量在两组或多组中的某一指标,比如:P值、log2FC值、差异/共有基因数、趋势占比值、VIP值等。
2. 应用范围
应用于转录组、代谢组、蛋白、16s、实验结果采集等适合于画热图和柱状图的数据。
3. 输入
1)变量表达量文件,该表格主要描述在不同样本中的表达量信息,丰度信息,如基因在不同样本、不同环境下微生物的丰度信息。表格最后一列可为变量的指标,可以是基因在两组样本中的差异倍数、代谢物在不同组样本中的VIP值、P值或微生物在不同环境中的差异值等。
可根据示例文档整理数据,也可将示例文件下载下来,然后将示例文件中的数据替换成自己的数据。表格中,第一列为变量名称,之后各列为样本信息或环境信息,最后一列为变量指标。
2)分组文件(可选),为矩阵第一行的分组信息,例如当矩阵第一行为样品名时,可根据实际情况将各样品分为若干组,也可不分组。
3)格式,输入文件为二维矩阵文件,文件格式支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003)格式。
示例文件
变量和表达量文件:上传的文件最后一列数据应用于绘制柱状图
示例1
热图:代谢物丰度表;柱状图:VIP值
示例2
热图:基因表达量表;柱状图:两组的差异倍数
分组文件(可选):
定义样本分组信息。如有需要,输入时注意去掉表头,否则会出现绘图错误。
4. 输出
程序将按默认参数输出热图,使用者可根据个人需求进行参数调整,提供SVG格式下载。
5. 参数调整
基本设置
1)文本样式:可对图形、标题、图例字体样式和文字大小进行自定义调整。标题名称可自定义命名;
2)图例:可对图例字体大小、样式、刻度数量及图例大小进行修改。
图形设置
1)图形参数:
方格修改,包括方格形状(可选择矩形/圆形)、尺寸、不透明度,以及是否显示方格数值;
其他参数,包括选择是否折叠轴标签(若行名称太长可折叠展示)、对数据进行归一化处理,一般选择行,也可以选择列、行和列和无、对列进行聚类,距离相近的将呈现在图片的相邻区域,横坐标或纵坐标的名称顺序将发生变化,视实际需要选择聚类等;柱状图,柱子宽度及柱子边框调整。
2)图形颜色:
改变图形整体配色,提供4种经典配色,或视实际需要调整低点密度颜色(min)、平均密度颜色(average)或高点密度颜色(max)确定渐变的颜色方案,还可对柱状图颜色进行自定义调整。
6. 输出图形示例
结果解读:
图形整体解释了变量在不同样本中的变化情况,以及指标的参数信息。左侧为热图、右侧为柱状图。
1)热图(示例):横坐标表示样本(及分组),纵坐标表示基因,热图中每个方格颜色表示基因在样本中的丰度情况;
2)柱状图(示例):横坐标表示所对应的差异倍数大小,柱子越高,表示差异倍数越大。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。
文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题:
1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开?
OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。
图片文件:
为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。
文本文件:
文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?
提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。