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1.功能
应用于多组学关联分析，可展示组学内（热图）和组学间（网络图）的相关性结果。其中，组学内相关性热图，用于展示每两个元素（环境因子、代谢物、性状等）之间相关系数；组学间相关性网络图，可展示16S-OTU、宏基因组-物种、基因等丰度信息与相关性数据文件每个元素之间的相关性。
案例教程：https://www.omicshare.com/forum/thread-7543-1-1.html
点击查看图形含义解读:图形详细原理
应用情境示例：如微生物与环境因子、基因组与代谢物、转录组与性状等等。
情境1：微生物+环境因子
热图：两两环境因子间的相关性热图；
网络图：扩增子、宏基因组的丰度或者多样性指数与每个环境因子的相关性。
情境2：转录组+代谢物
热图：两两代谢物之间的相关性热图；
网络图：转录本丰度与每个代谢物的相关性。
情境3：转录组+表型
热图：表型性状之间的相关性热图；
网络图：基因丰度模块与每个性状的相关性。
2.适用范围
适用于微生物、转录组、代谢组、蛋白组等所有适合绘制热图和网络图的数据。
3.输入
1）相关性数据表格：此处输入的组学内每两列元素之间的相关性或者显著性表格，用于绘制热图；
2）关联数据表格：此处输入的组学间的关联性表格，用于绘制网络图；
3）输入文件格式：文件支持txt（制表符分隔）文本文件、csv（逗号分隔）文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls（Excel 97-2003 ）格式，文件名称只能以字母、数字、下划线组成。
4）输入文件示例：
相关性数据表格示例：
关联数据表格示例：
4.动态参数
a.方格修改:包括方格宽度、高度、形状（可修改为圆形）、方格边界（默认勾选）等基础修改。
b.线条修改：给出单一/渐变两种选择，可根据Pvalue、相关性系数修改线条颜色以及粗细。
c.图例修改：可对热图的图例精度、刻度数量、图例高度、图例宽度进行修改，同时可显示/隐藏线条图例。
5.结果输出-图形示例
结果解读：
1）右侧热图，横、纵轴分别代表各类与群落存在响应/互作关联的环境因子，热图中每个方格内色块颜色表示环境因子间相关性系数正负，色块大小表示相关系数绝对值大小。
2）左侧为16s与ITS等测序获得的各类微生物群落数据，通过连线将这些数据与各环境因子数据进行逐一关联。线条粗细表示相关性强弱，线条颜色表示显著性程度。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。
案例1：
发表期刊：Environmental Science & Technology
影响因子：11.4
发表时间：2023
Figure 4. RDA/CCA (A) and network heatmap (B) analysis of the relationship between microbial abundance and environmental factors (phylum level, top 15; Pearson correlation coefficient > 0.8 or < −0.8, P < 0.05).
引用方式：The OmicShare platform was used for clustering heatmaps, NMDS, and RDA analysis (https://www.omicshare.com/tools/).
参考文献：
Lai J, Li Z, Wang Y, et al. Tritium and Carbon-14 Contamination Reshaping the Microbial Community Structure, Metabolic Network, and Element Cycle in the Seawater Environment[J]. Environmental Science & Technology, 2023, 57(13): 5305-5316.
案例2：
发表期刊：Frontiers in Plant Science
影响因子：5.6
发表时间：2022
FIG 6. Correlations among the soil physicochemical properties, flavonoids root exudates, and bacterial community. (A) A network heatmap of correlations between soil physicochemical properties and root exudates and bacterial communities.
引用方式：
To clarify the correlation between root exudates, rhizosphere soil microorganisms, and soil physicochemical properties, a network heat map was drawn using https://www.omicshare.com.
参考文献
Dong Q, Zhao X, Zhou D, et al. Maize and peanut intercropping improves the nitrogen accumulation and yield per plant of maize by promoting the secretion of flavonoids and abundance of Bradyrhizobium in rhizosphere[J]. Frontiers in Plant Science, 2022, 13: 957336.
案例3：
发表期刊：The Science of the Total Environment
影响因子：9.8
发表时间：2022
Fig 4. (C) Mantel test revealed compositional shifts between bacterioplanktons and environmental drivers and PAHs. Edge width of lines refers to Mantel's r for statistic of corresponding distance correlations, and color of lines represents the statistical significances. Gradient color bar denotes Spearman's correlation coefficients for pairwise comparisons of environmental factors and PAHs.
引用方式：
The alluvial plot was visualized using the online OmicShare tools (https://www.omicshare.com/tools).
参考文献
Li H, Wang X, Peng S, et al. Seasonal variation of temperature affects HMW-PAH accumulation in fishery species by bacterially mediated LMW-PAH degradation[J]. The Science of the Total Environment, 2022: 158617-158617.