动态赛跑条形图


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以目标基因在不同时间样本的基因表达量变化为例子:

 

1. 示例数据

 

基因表达矩阵

 

 

2. 参数设置

 

 

3. 结果输出

 

 

1. 功能:条形图竞赛是一系列动画的条形图,显示不同时间点的数据值。条形图在每个时间点都会重新排序,以便保持升序或降序。

 

 

2. 使用范围:展示不同样本在不同年份、季度、月份、日期、小时等时间点数据变化情况,可在PPT汇报时方便展示数据,例如展示几个候选基因在不同样本或时间点的表达量变化,或者几个候选基因在WGCNA模块中的表达量变化等。

 

3. 输入:数据第一列为样本分类,第一行为不同时间点,数据变化以第二列数据到最后一列数据逐一变化。

 

gene 3d 5d 7d 9d 11d 21d …………
gene1 0.13 5.43 16.34 21.47 20.35 22.40 …………
gene2 12.76 34.21 50.34 50.34 33.35 33.37 …………
gene3 0.43 30.62 22.57 22.57 29.54 108.87 …………
gene4 4.82 21.43 28.35 28.35 20.16 23.49 …………
gene5 7.98 2.43 15.79 15.79 38.72 39.93 …………
………… ………… ………… ………… ………… ……… ………… …………

 

4. 参数

(1)在动态交互页面,点击设置按钮,可在线调整图形大小、颜色、字体、图例、坐标等参数,实现图表交互功能。点击下载按钮可导出个性化修改后的动态赛跑条形图,支持的下载格式有某一时间点的静态svg/png/pdf或所有变化的动态html格式,下载html格式后还可以继续进行个性化修改及利用录屏工具保存为gif动态格式。

 

(2)特殊参数功能:

动画速率:调整每个时间展示数据的时间,时间越长,变化越慢,反之,变化越快。

 

排序方式:调整赛跑图数据展示方式,升序表示从小到大,降序表示从大到小。

 

显示前n个柱子:输入显示前几个柱子的数量,例如有15个样本,显示前10个柱子的变化。

 

播放按钮:动画播放或暂停按钮。

 

(3)其余参数根据字面意思很容易理解,不多解释。

 

5. 输出

 

在结果展示窗口调整好后,下载所需格式,该工具提供3种静态图形格式,分别是svgpngpdf,可用于展示某一时间点的基因表达丰度(图1),还提供了一个动态图形格式html,可用于在浏览器继续修改动态图形,并且可以使用录制动态图形的工具进行gif的动态图形录制(图2)。

 

                            图1 9小时的前10个基因的表达量丰度 

 

                            图2 目标基因在不同时间样本的基因表达量丰度

 

gif动图录制工具点击此处下载

 

下载方式:鼠标右键点击蓝色字体,然后点击“链接另存为”即可下载工具。

 

注意:该工具无需解压,直接在压缩包中双击“ScreenToGif 2.exe”,即可对动图录制,使用方便简单,对任何动图都制作为gif格式。

 

 

 

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。

结果展示