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原理：
在生物体内，不同基因相互协调行使其生物学功能，基于Pathway的分析有助于更进一步了解基因的生物学功能。KEGG是有关Pathway的主要公共数据库。 Pathway显著性富集分析以KEGG Pathway为单位，应用超几何检验，找出与整个基因组背景相比，在差异表达基因中显著性富集的Pathway。
P的计算公式 ：

其中，N为所有基因（背景基因）的数量，n为差异基因（目的基因）的数量，M为所有基因中该pathway的数量，i为差异基因中注释到该pathway的数量，计算得到的pvalue通过FDR校正之后，以corrected-pvalue≤0.05为阈值，满足此条件的pathway定义为在差异表达基因中显著富集的pathway。

功能：

输入目的基因、代谢物列表（常见为差异基因或差异代谢物），通过预设定参数，进行KEGG富集分析并将分析结果进行精美图形可视化，输出图形有富集气泡图、富集条形图、富集圈图、z-score气泡图

适用范围：

可对18个常见物种的基因集进行富集分析，牛、斑马鱼、人、猕猴、小鼠、大鼠、猪、秀丽线虫、果蝇、拟南芥、水稻、番茄、小麦、玉米、酵母、山羊、鸡、籼稻，并且提供2个基因组版本；

也可以自行准备研究物种的背景基因进行富集分析。

 数 据 整 理 

数据类型：基因

1. 输入的表格文件，支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

2. 输入文件1——富集的目的基因列表，即想要研究的基因列表：

第一列为基因id（必填），第二列可以为差异表达倍数（可选输入，不包含log2fc则无法绘制富集差异z-score气泡图），具体请查看示例文件格式。

目的基因要包含在背景基因表中。需添加列名。

3.输入文件2——背景基因总表，即所有基因的列表:

①如果是平台有提供背景文件的上述18种常见物种，可以直接选用平台提供的背景；注意点击“预览背景基因”查看基因ID类型是否与平台一致，不一致，需要先进行转换。

②不是上述18种常见物种，或基因ID类型不一致且无法转换，需要选“其他物种”,上传自备的背景文件。背景文件第一列为基因id，第二列为用于获取pathway的一个id，类型有4：

类型1：KO号，例如K10942，必须为基因大K号（K number）

类型2：ncbi-geneid，例如18053，即ncbi上得到的geneid，一连串数字组成。

类型3：kegid，例如mmu:18053，即KEGG官网上的id，可以通过KEGG注释或者KEGG官网获得

类型4：kopath，为本公司提供的类型文件，第一列为基因id，第二列为KO号，第三列为通路编号，以“，”分隔，第4列为kegid。

数据类型：代谢物

①目的代谢物文件：格式同目的基因文件。

② 背景代谢物文件：

类型1：C number, 表格由代谢物id和C number（KEGG COMPOUND Database entry id,例如C00047）这两2组成。

类型2：pathway num,表格由代谢物id、C number和pathway number(5位数字，pathway id去掉前面的字母，如00020)。

注意，同样的数据，选择类型1会富集到更多的pathway条目，注意删除不属于当前物种的pathway。