1. 功能：

网络图是生物信息学中常用的显示不同节点之间关联方向与关联程度的可视化方法。在富集分析中，网络图常被用于表示富集路径之间的相互作用关系，发现上下游信号通路，寻找核心通路，或者补充中断的通路，使用户从全局了解网络通路的关系，并且展示通路与基因的关系。在生物体内，不同基因相互协调行使其生物学功能，基于Pathway的分析有助于更进一步了解基因的生物学功能。

2. 应用范围：

适用于KEGG富集分析后，用网络图来呈现各个通路之间的关系，并且还将通路与基因的关系呈现出来，使用户从全局了解通路与通路、通路与基因的关系。

3. 输入：（格式如下，支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。）

（1）通路文件（必需）：展示各个通路及属性

第一列为kegg的map ID，即ko号

第二列属性用来渐变节点大小，第三列属性用来渐变节点颜色，其中数据的类型没有固定，您可以选择各种数据来渐变节点大小，只需将数据放在相应列即可。或者直接输入通路ko号，不添加节点属性也行。（注意：属性文件只能输入数值，不支持文本类）。

下表的示例中，用富集到该通路的基因数目来渐变节点大小，用富集分析后的检验值FDR取 -lg(FDR) 值来渐变节点颜色。如果您想用其他数据作为节点属性也行。

注意：输入格式可以为3列，也可以只输入第1列。

提示：建议输入10个通路左右，不然图形中的节点太多，影响图形美观；可以根据实验设计想要揭示的问题来选择与实验现象相关的通路或者重点关注的显著富集通路。

（2）通路ko号与基因ID关系文件(非必需)：用于在网络图中展示通路与基因的关系

第一列为想展示的基因所在的通路ko号

第二列为基因ID。可以自定义，或者使用symbol号。

建议：输入的基因节点也不要太多，不然影响整体布局。可以选择展示经过实验验证的重要基因，或查阅文献后得知的重要基因。

4. 参数设置：

（1）补充连接通路：选择”是/否“。在网络图中显示可以将输入的两个kegg通路连在一起的通路（这类通路不在输入的通路列表里，而是由KEGG连接通路数据库中补充得出，补充的通路是中间的，使得输入的孤立通路连接形成完整网络）。这类通路节点颜色默认为灰色，连接线用虚线连接。

（2）补充所有相邻通路：选择”是/否“。在网路图中显示与输入的KEGG通路相邻的所有补充通路。（这类通路不在输入的通路列表里，而是由KEGG连接通路数据库中得出，补充相邻通路，使得网络信息更加完整）。这类通路节点颜色默认为灰色，连接线用虚线连接。

（3）其他参数设置：如节点大小，颜色，性状，连接线的颜色，类型等可以根据需求设置。

5. 输出：

（1）节点文件：（Nodes）

注：type列pathway表示用户输入的通路，Add_link表示补充出来的连接通路，Add_Adjacent表示补充出来的相邻通路，gene表示用户输入的基因；由于补充通路和基因没有gene number、degree和FDR值，因此用“-”表示。

（2）关系文件：（Edge）

注：path-path表示用户输入的通路关系对；Path-link和Link-path表示补充出来的连接通路关系对；path-Adjacent表示所有相邻的补充通路关系对；path-gene表示通路与基因的关系。

（3）图形：

基础网络图：

图形解读及说明：

绿色八边形的节点表示基因，它的大小可以根据参数调整单一大小，没有渐变大小；颜色也可以调整单一颜色，没有渐变色。

其他不同颜色和大小的节点表示KEGG pathway，节点大小表示KEGG富集分析后富集到该通路的基因数量，节点的渐变颜色表示KEGG富集分析的Pvalue。

实线表示通路与通路或通路与基因之间有连接关系（说明：KEGG通路没有上下游的关系，只能说他们相互之间存在关系）。

图中孤立的节点表示各通路之间没有关系。

补充连接通路的网络图：

图形解读及说明：

天蓝色圆形的节点表示基因，它的大小可以根据参数调整单一大小，没有渐变大小；颜色也可以调整单一颜色，没有渐变色。

其他不同颜色和大小的节点表示KEGG pathway，节点大小表示KEGG富集分析后富集到该通路的基因数量，节点的渐变颜色表示KEGG富集分析的Pvalue，灰色节点表示从KEGG连接数据库中补充的通路，它的作用是为了连接孤立的通路，使KEGG显著富集的通路形成一个完整的网络，使我们从全局解释生物学问题，了解更多通路信息。

实线表示通路与通路或通路与基因之间有连接关系（说明：KEGG通路没有上下游的关系，只能说他们相互之间存在关系），虚线表示连接补充的通路与输入通路的连接线，形成一个关系网络。

补充相邻通路的网络图：

图形解读及说明：

天蓝色八边形的节点表示基因，它的大小可以根据参数调整单一大小，没有渐变大小；颜色也可以调整单一颜色，没有渐变色。红色加粗边框的天蓝色八边形的节点表示该基因在本研究比较重要，用颜色突出显示。

其他不同颜色和大小的节点表示KEGG pathway，节点大小表示KEGG富集分析后富集到该通路的基因数量，节点的渐变颜色表示KEGG富集分析的Pvalue，灰色节点表示从KEGG连接数据库中补充的相邻通路，它可以使我们了解KEGG显著富集的通路的相邻通路。

实线表示通路与通路或通路与基因之间有连接关系（说明：KEGG通路没有上下游的关系，只能说他们相互之间存在关系），虚线表示连接补充的通路与输入通路的连接线，形成一个关系网络。

根据您的经验或查阅文献发现，某通路或基因是与本研究非常相关或很重要，可以通过属性将该节点或连接线重点突出。

补充全部通路可能出现节点和连接线比较多，造成图形整体美观，可以根据自己的需求来做。