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一．功能
配对连线图（Paried_line plots），也称为前后配对图（Before-after plots），用直线连接配对型数据散点，并同时进行配对T检验或配对秩和（Wilcoxon）检验，直观展示配对数据的前后变化。支持两种图表类型，分别提供三种颜色数据匹配方案，以适配更多应用情景。
二．适用范围
适用于展示同一样本或具有配对关系的样本在处理/实验/治疗/干预等情景前后的变化。
如探究同一植株在实验处理前后某指标变化、探究同一受试者在治疗前后某指标或特征的变化、探究样本中目标基因在处理前后表达水平变化、患者基因在癌或癌旁组织表达水平变化等等。
三．输入
文件格式：支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
1. 单向配对表类型
*支持2到多分组（分组不宜过多，建议不超过4组），以3分组数据为例：
1.1 数据表格文件（需含列名，列名不重复）：
1） 第一列（配对id列）：相同的ID的数据根据分组进行配对连线
2） 第二列（分组列）：x轴分组信息
3） 第三列（数据列）：y轴数据信息
1.2 组间比较文件（指定配对检验的比较组，每行为一个比较组）：
1.3 配对顺序文件（用于指定X轴配对连线的顺序）
*该示例配对连线的顺序为WT→KO1→KO2
2. 双向配对表类型
2.1 表格数据文件（需含列名，列名不重复）：
1） 第一列（配对ID列）：相同的id的数据根据分组进行配对连线
2） 第二列（分组列1）：x轴分组信息1，该列仅支持2分组
3） 第三列（数据列1）：分组列1对应y轴数据信息
4） 第四列（分组列2）：x轴分组信息2，该列仅支持2分组
5） 第五列（数据列2）：分组列2对应y轴数据信息
2.2 组间比较文件（指定配对检验的比较组，每行为一个比较组，最多指定2个比较组）
*仅支持表格数据文件中同列分组间的比较组指定，即不能跨列指定分组列1中的Control与分组列2中的T1D、或分组列1中的Control+Insulin与分组列2中的T1D+Insulin等组合
2.3 配对顺序文件（用于指定X轴配对连线的顺序）
四．参数说明
1. 配对检验方法：根据自身所需选择配对T或配对秩和检验及P值矫正方法；
2. 标题类：使用英文输入法、英文字符，中文字符无法显示；
3. 颜色方案：根据需求选择配色方案，并添加对应的颜色数量。
*单色：添加单个颜色，用单色显示所有散点；
*分组配色：添加分组数量颜色，颜色展示不同分组；
*跟随配对ID：添加配对ID数量颜色，颜色展示不同ID
五．图表效果参考
1. 单向配对检验连线图：
1）二分组-单色
2）二分组-分组配色
3）二分组-颜色跟随配对ID
4）三分组-颜色跟随配对ID（配对顺序为WT→KO_1→KO_2）
2. 双向配对检验连线图：
1）单色
2）分组配色
3）颜色跟随配对ID
六．结果输出
1. 单向样式输出：
1） 单向配对检验连线图表（png/pdf）
2） 配对检验结果表（xls）
2. 双向样式输出：
1） 双向配对检验连线总图（png/pdf）
2） 两个单向配对检验连线图单独输出（png/pdf）
3） 配对检验结果表（xls）
一. 数据整理与上传
点击“配对表类型”切换所需配对检验连线图样式，通过“说明”和“示例文件”两处查看对应配对表类型所需的数据格式，严格按要求整理。点击“选择文件”上传整理好的数据。
二. 参数选择与提交
根据自身需求进行参数选择，详见“说明”部分，最后点击“提交”即可。
*注：双向可定义左右两个x轴标题，其余参数两种样式完全一致
三. 结果查看
在“我的项目”中可查看和下载分析结果。
单向样式本地文件包含：
1. 单向配对检验连线图表（.png/pdf） *提供2个画幅比
2. 配对检验结果表（.xls）
双向样式本地文件样式包含：
1. 双向配对检验连线总图（.png/pdf）
2. 两个单向配对检验连线图单独输出（.png/pdf）
3. 配对检验结果表（.xls）
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。