文字云


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1.功能

文字云(Word Cloud),类似于泡泡图,不同的词条代表不同的类别,字号大小对应数值的大小(如词条的出现次数)。用文献关键词绘制而成的词云图在文献综述中比较常见。

 

 

2.应用范围

常用于展示关键词条的属性数值大小(如频数、表达量、基因数等),词条可以是文献关键词、基因Symbol号、GO term等。

 

3.输入文件

数据的整理必须严格按照示例文件的格式进行整理,表格仅需2列,第1列为文字词条(word),第2列为词频(词条数量),如下图。

 

 

 

4.主要参数

 

颜色:包含默认颜色、random-darkrandom-light、自定义4个选项;

词条方向:包含水平、垂直和自动3种。默认自动,即部分词条有一定的倾斜;

显示的最大词条数:可以自定义显示较大词条的个数,默认显示所有词条;

椭圆率(ellipticity:图形区域的偏心度,0.1~1之间,当数值为1时图形区域为正圆,默认0.9

随机种子(seed:随机整数,便于复现图形,每次填入相同的数字可确保配色和样式一致。

 

5.结果输出

 

结果文件夹中主要包含6个文件,最重要的是PDFPNG格式的图片,而以“.os”为拓展名的文件为大家上传的原数据,其他文件为任务状态文件。绘图效果如下:

 

 

当然,你也可以将词条方向设置为“水平”,重新绘图的效果如下。

 

 

如果将词条方向设置为“垂直”,则有近一半词条的方向变成垂直,效果如下。

 

 

首先,点击选择文件按钮,上传范例数据。颜色选择“默认”,词条方向选择“自动”,显示的最大词条数这里自定义为80,椭圆率保持默认的0.9,随机种子设置为7,然后提交任务。

 

 

 

任务提交后,在左侧导航栏中点击我的项目查看任务进度,任务完成后点击下载按钮可下载分析结果文件。

 

 

 

结果文件夹中主要包含6个文件,最重要的是PDFPNG格式的图片,以“.os”为拓展名的文件为大家上传的原数据,其他文件为任务状态文件。

 

 

 

绘制效果如下,方向选择自动时词条方向有较小角度的倾斜。

 

 

当然,你也可以词条方向设置为“水平”,重新绘图的效果如下。

 

 

如果将词条方向设置为“垂直”,则有近一半词条的方向变成垂直,效果如下。

 

 

更改随机种子,即使在默认的配色方案下也可对词条的颜色进行随机调整,如下图。

 

 

当然,除了我个人比较喜欢的默认配色方案,大家也可以尝试工具自带的random-darkrandom-light配色方案,甚至也可以选择自定义配色方案(将16进制色号用逗号分隔),如下。

 

 

 

 

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。