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一. 数据整理与上传
①通过“说明”和“示例文件”两处查看所需的数据格式，严格按要求整理。
②输入分组文件。注意：需要以表达量文件/样本坐标文件中的样本为分组（即对应文件第一列）。
点击“选择文件”上传整理好的数据。
二. 参数选择与提交
根据自身需求进行参数选择，详见“说明”部分，其中PCA算法和partial_PCA算法不可同时使用。最后提交任务即可。
三. 结果查看与动态调整
①动态工具点击“预览”或“跳转查看”小图标进入调整界面，进行图形个性化及下载。
②当前工具页下拉选择选择项目编号亦可进入。
初步图形如下：
文字样式、颜色修改：
轴线修改：
图形样式、配色修改：
四. 结果下载
动态工具在动态调整界面进行下载，可以选择png/svg/pdf格式下载。
其中svg、pdf为矢量图形，可无限放大不模糊。
tSNE图是指经过非线性降维算法t分布随机邻接嵌入（t-distributed Stochastic Neighbor Embedding, tSNE）将高纬度数据投影到二维坐标系中绘制完成的图。tSNE图可以克服线性降维聚类效果差的缺点，夸大样本间的距离关系，使相似度高的样本更为集中，相似度的低的样本更为分散，使数据呈现更好的聚类结果。
（1）模块功能：通过tSNE图动态展示不同样本之间的聚类关系
（2）注意事项：如果使用单细胞转录组数据进行绘图，必须上传分组文件，且保证细胞数目小于10000个
（3）文件输入：
支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv” 等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
示例文件1：
（4）分析与操作：
①线性降维：线性降维是对数据的预处理。利用主成分对数据进行tSNE降维，可以有效提高tSNE算法的运算速度。使用partial_PCA算法后运算速度最快，但降维后的精确度最低，建议仅大型数据时使用。PCA算法和partial_PCA算法不可同时使用；
②归一化：我们利用z-score进行数据的归一化，即将每个基因的表达量减去这个基因在所有样本中表达量的均值，然后除以其标准差。对数据进行归一化，可消除表达量异常高的基因的影响，减少数据间的“贫富差距”。我们推荐对数据进行归一化；
③点密度为预设的数据复杂程度，决定了每个点附近最多相邻点的数量，在样本较多时，可适当降低点密度使聚类效果更清晰；在样本较少时，可提高点密度使分群内部的点更集中；
④选择行列绘图：选择行时以一行的数据为一个降维数据点进行绘图，选择列是以一列的数据为一个降维数据点进行绘图，当选择项与分组文件的样本名称不同时会导致绘图失败；
⑤修改不同样本点的颜色、大小和透明度；
⑥自定义坐标轴范围；
⑦选择是否在图形中显示分组名称；
（5）图形解读：图中一个点代表一个样本，以样本在二维平面的聚集程度反映样本间的相似性，样本越聚集在一起，说明样本越相似。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。