秩和检验


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功能:
利用Wilcoxon秩和检验进行两组样本的差异分析。Wilcoxon秩和检验,也称Mann-Whitney U检验,是一种非参数检验,在不需要假设两个样本空间都为正态分布的情况下,测试它们的分布是否完全相同。使用R语言进行秩和检验。

 

 

输入:

注意:输入的表格文件,支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

(1) 差异检验表格文件:输入的文件第一行为样本名称,第一列为差异检验变量名称,表中的数值为结果变量数值。每个分组内至少要有3个重复样品,多组样品进行两两分组比较。

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(2) 组间比较文件:列出要进行差异分析的比较组的文件。有两列,在进行差异分析时是第二列比上第一列。如第一列是A(组),第二列是B(组),则为B组比上A组。一行为一个比较组。

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(3) 分组信息文件:定义分组信息。第一列为样本名,第二例为所在的组名。

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参数:

(1)检验值:用来判断差异显著性的秩和检验值,可选择P值或Q值。Q值是P值经过多重检验校正得到的。在流程结果中将会提供Q值(FDR值)。

(2) 检验阈值:即上面所选P值或Q值的阈值,通常选择0.05,也可以根据实验具体情况适当降低或提高阈值,如0.01、0.001等。

(3)差异倍数:利用秩和检验的P值进行筛选的同时,也可以加上组间差异倍数来进行进一步的筛选。默认1,也就是不考虑差异倍数。

 

(4)输出图表:默认输出excel结果、柱状图,可选择输出热图。

输出结果

diff_stat.xls: 差异变量统计表
diff_stat.pdf/png: 差异变量统计柱状图矢量图/标量图
A-vs-B.wilcox.all.xls: 差异检验结果
A-vs-B. Wilcox.filter.xls: 显著检验差异结果
A-vs-B.DE.heat map.pdf/png: 差异结果热图矢量图/标量图

 

例子: 差异检验表格文件   组间比较文件    分组信息文件   



结果展示:(作图时勾选了热图会有相应的图表生成)

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部分结果图片:

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Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。