plantTFdb注释


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功能介绍:


PlantTFDBv4.0)收录了165个物种的58个转录因子(TF)家族,共包含320,370个转录因子。对每个TF都有详尽的注释,包括功能结构域、3D结构、GO功能、植物本体(PO)、表达信息、功能描述、结合序列信息、调控信息、以及可链接到其他的数据库如UniProt, RefSeq, STRINGEntrez Gene


输入文件:

上传fasta格式的蛋白query序列文件。


输出结果:

1. 序列注释结果总表

2. 注释结果统计饼图

3. TF家族统计表及柱状图


输出结果:

1. 序列注释结果总表


表格第一列为基因ID,第二列为TF家族



2. 注释结果统计饼图

将注释上的与注释不上的序列数目进行统计并画饼图。

1. 注释结果数目统计表

Total sequence number

Annotation sequences

Without annotation sequences


3. TF家族统计表及柱状图

对TF家族所包含的基因数目进行统计,并画柱状图。

2. TF家族统计表



表格第一列为TF家族,第二列为该TF家族所包含的基因数目,第三列为具体的基因ID。


TF家族统计柱状图(只画数量最多的前10个家族):



Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2.注释工具的任务一般要跑多久?

注释工具的任务时长一般与提交的序列条数成正比,且不同工具耗时也差异很大。例如GO功能注释近一年来所有任务平均时长约为2天,而NR注释工具近一年来所有任务平均时长约为3小时。一般情况下,如果任务耗时超出一周可联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。