字母标识柱形图


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1. 功能:

1)利用方差分析LSD多重比较的方法进行比较组间差异分析;

2)在柱形图上添加显著性字母标记和误差棒;

3)可自由选择是否在图中叠加原始数据散点,直观展示数据分布。

 

(无散点样式)

2. 输入:

注意:输入的表格文件,支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

1)差异检验表格文件:输入表格文件,每组的数据在列方向排布。第一行是不同比较组的名称,之后每一行为该比较组的数据。文件可有或者没有行名都可以,但需要在下拉菜单中根据实际情况选择“有”或者“无”行名

2)每个分组内至少要有3次及以上重复。

 

 

 

3. 参数:

误差棒:选择误差棒的误差量(sd、se、ci)

图片标题:输入整个图表的名称

X/Y轴标题:输入横/纵坐标名称

标题/xy轴标题/坐标轴/标记字体大小:设置对应字体大小

散点样式:可选择是否在柱形图中添加元素散点,提供三种散点样式

散点颜色:可自定义散点颜色(单色)

散点不透明度:可自定义散点不透明度,不透明度为1时为实心散点

 

4. 添加散点样式参考:

1)抖动散点样式:

2)蜂群散点样式:

3)无抖动散点样式:

5. 结果输出:

cld. xls: 多重比较差异检验结果

cld_stat.pdf/png:字母标记柱形图

1 输入文件:

差异检验表格

注意:输入的表格文件,支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

示例表格:(每列为一个比较组/样本,列名即为比较组名称

suv subcompact pickup minivan compact 2seater
20 26 19 24 29 26
15 25 18 24 29 23
20 26 17 22 31 26
...... ...... ...... ...... ...... ......

 

2 输出结果:

1)差异分析表格

groups mean sd se ci max cld
2seater 24.8 1.30384048104053 1.30384048104053 1.14286657138968 26 ab
compact 28.29787234  3.781619699  0.551605925  1.081147614 44  a
minivan 26.25 2.923032269 0.405351643 0.794489221 32 b
pickup 16.87878788 2.274279773 0.395901292 0.775966532 22 c
subcompact 28.14285714 5.375012214 0.908542888 1.780744061 44 ab
suv 18.12903226 2.977973075 0.378202959 0.741277799 27 c

 

2)输出图片

 

注:

1)横坐标为比较组名称,纵坐标柱形图高度为各组数据均值;

2)存在相同字母的比较组间为无显著性差异,无相同字母的组别为差异显著(差异显著水平为0.05);

3)数据散点可按照个人需求在参数面板选择是否添加,以及不同散点样式(详见【说明】面板),当数据点较多是,更推荐使用蜂群散点样式。

 

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。