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1. 功能
计算两个表格之间所有元素的两两相关性，并绘制相关性热图。
2. 输入
1）两个表格可以为两个组学数据，例如基因表达量表、代谢物丰度表、微生物丰度表等；也可以是表型数据，例如升高体重等生理指标。
2）表格需要带表头和列名，每一列代表样本，行代表各种元素，例如OUT、基因、cell type等。
3）输入文件支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
备注：该工具计算两个表格间每行数据的相关性。
文件1eg：
文件2eg：
3. 参数
1）分析类型：包含两种，pearson和spearman； pearson系数，通常用于计算连续数据的相关性，spearman系数，专门用于计算等级数据的相关性
2）颜色：可根据数据量大小、相关性系数波动范围等选择2种或3种渐变色，支持自定义
3）字体大小：默认为10
4）在格子上显示数字：默认为no，不显示
5）画出格子边界：默认为no,不显示
6）结果是否显示行名：默认为yes,显示
7）结果是否显示列名：默认为yes,显示
4. 输出
输出相关性计算结果表及相关性热图，具体如下：
1）all.cor.matrix.xls：相关系数矩阵，绘制热图的数据格式
2）all.pvalue.matrix.xls：相关显著性p值矩阵
3）all.cor_pvalue.list.xls：相关系数及p值列表，云平台工具绘制网络图的数据格式（网络图链接 )
4）all.cor_heatmap.png/pdf: 默认输出两种格式的相关性热图
5. 结果说明
相关系数为正表示正相关，为负表示负相关。常用的相关性强弱判断标准如下：
相关显著性p <0.05，代表显著相关；p <0.01，代表极显著相关
1. 输入数据
详见示例文件及说明页。
2. 参数
3. 输出
all.cor.matrix.xls：
all.pvalue.matrix.xls：
all.cor_pvalue.list.xls：
all.cor_heatmap.png/pdf：
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。
引用OmicShare Tools的参考文献为：
Mu, Hongyan, Jianzhou Chen, Wenjie Huang, Gui Huang, Meiying Deng, Shimiao Hong, Peng Ai, Chuan Gao, and Huangkai Zhou. 2024. “OmicShare tools: a Zero‐Code Interactive Online Platform for Biological Data Analysis and Visualization.” iMeta e228. https://doi.org/10.1002/imt2.228案例1：
发表期刊：Horticulturae
影响因子：3.1
发表时间：2022
Figure 1. Tomato pedicels, AZ size, and transcriptome analysis between different development stages. (c) Principal component analysis of the transcriptome samples. (d) Correlation analysis between the twelve samples.
引用方式：This analysis was performed using the OmicShare tool, a free online platform for data analysis (https://www.omicshare.com/tools, accessed on 8 June 2022).
参考文献：
Dong X, Wang Y, Yan Y, et al. Transcriptome Analysis of the Development of Pedicel Abscission Zone in Tomato[J]. Horticulturae, 2022, 8(10): 865.
案例2：
发表期刊：LWT
影响因子：6.0
发表时间：2023
Fig. 9. Correlation analysis between flavors and microorganisms of PXDB in the three processes. (A) MTFF; (B) TPPF; (C) TPOM; (D) Kinds of flavor compounds related to microorganisms.
引用方式：The correlation index was calculated by Spearman’s correlation method using the OmicShare tools, a free online platform for data analysis (http://www.omicshare.com/tools).
参考文献：
Ye X, Liu Y, Peng C, et al. Contribution of microbial communities to flavors of Pixian Douban fermented in the closed system of multi-scale temperature and flow fields[J]. LWT, 2023, 173: 114188.
案例3：
发表期刊：LWT
影响因子：6.0
发表时间：2023
Fig. 4. Correlation map of antioxidant activity, total phenolic content (TPC), total flavonoid content (TFC), and tested phenolic compounds. *Correlation is significant between 0.01 and 0.05, ** Correlation is significant between 0.001 and 0.01, and ***correlation is significant at the 0.001 level for Pearson correlation coefficient.
引用方式：Principal component (PC) analysis (PCA) and correlation assay were applied to data set to draw chemical differences of phenolic compounds with the help of OmicShare tools, a free online platform for data analysis (http://www.omicshare.com/tools).
参考文献：
Wang Z, Mei X, Chen X, et al. Extraction and recovery of bioactive soluble phenolic compounds from brocade orange (Citrus sinensis) peels: Effect of different extraction methods thereon[J]. LWT, 2023, 173: 114337.