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eggNOG 数据库（evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups）是利用 Smith-Waterman 比对算法对构建的基因直系同源簇 (Orthologous Groups) 进行功能注释， eggNOG（v4.5）目前涵盖了2031个物种，覆盖了1,678种细菌,115种古细菌，238种真核物种以及352种病毒。构建了包含25个大类，约19万个直系同源簇。
利用DIAMOND比对软件将目标序列比对到eggNOG数据库。DIAMOND通过寻找两条序列之间的局部相似性，得到跟目标序列具有最高序列相似性的蛋白，从而推断序列的蛋白功能与进化关系。
输入：
输入fasta格式的核酸或蛋白query序列,或上传fasta格式的query序列文件.
输出结果：
1. 序列注释结果总表
包含E value、 Score值、 描述信息的注释结果表。表格可通过不同阈值筛选结果。
2.比对结果统计饼图
将比对上的与比对不上的序列数目进行统计并画饼图。
1. 序列注释结果总表
表头解释：
Query_id 基因序列的ID号
Query_length 基因序列的长度
Query_start 比对上的部分在 query序列上的起始位置
Query_end 比对上的部分在query序列上的终止位置
Subject_id 比对到 eggNOG数据库中序列名
Subject_length eggNOG序列的长度
Subject_start 比对上的部分在 eggNOG 序列上的起始位置
Subject_end 比对上的部分在 eggNOG 序列上的终止位置
Identity(%) 比对的相似性（百分比）
Gap Gap 的数目
Align_length 比对上的长度
Score 比对的打分（打分越高，可信度越高）
E_value 比对的 E值（E值越小，可信度越高）
Subject_annotation eggNOG的注释信息
NOGid eggNOG中的ID
description eggNOG中的描述信息
Class eggNOG的分类
2.比对结果统计饼图
将比对上的与比对不上的序列数目进行统计并画饼图。
表1. eggNOG比对结果数目统计表
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Total sequence number |
Annotation sequences |
Without annotation sequences |
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3. eggNOG分类统计柱状图
对eggNOG的分类进行统计，并绘制柱状图
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Code |
Functional-Categories |
Gene-Number |
Genes |
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A |
RNA processing and modification |
46 |
Unigene0003846,COG5180 Unigene0004454,COG5147 ... |
|
B |
Chromatin structure and dynamics |
99 |
Unigene0003587,COG2036 Unigene0003593,COG0123 ... |
|
C |
Energy production and conversion |
331 |
Unigene0003680,COG1819 Unigene0003731,COG1053 ... |
表头解释
Code eggNOG 功能代号
Functional-Categories eggNOG功能分类
Gene-Number 基因在各 eggNOG功能分类的数量
Genes Unigene 在各eggNOG功能分类的序列ID
eggNOG功能分类图
4. 比对结果E值分布
E值是指期望数据库中具有某一统计学意义配对序列的值，可理解为比对的假阳性率。E值越小，结果越可靠。对E值分为5个范围进行统计，并画饼图。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2.注释工具的任务一般要跑多久？
注释工具的任务时长一般与提交的序列条数成正比，且不同工具耗时也差异很大。例如GO功能注释近一年来所有任务平均时长约为2天，而NR注释工具近一年来所有任务平均时长约为3小时。一般情况下，如果任务耗时超出一周可联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。