功能:
把CDS fasta序列转换成蛋白序列
输入:
输入或者上传fasta格式的CDS序列
参数:
选择密码子表,目前只能选择1号或11号密码子表
输出:
程序将输出fasta格式的蛋白序列结果
一.输入DNA序列(CDS蛋白编码序列),选择密码子表1
>NF53_0002 ATGCGTTTTACAATACAAAAAGACTATCTTGTAAGAGGTGTACAAGATGTAATGAAGGCA GTTTCTTCTCGTACAACAATCCCCATCCTTACGGGAATTAAAGTTGTAGCTACTGAAGAA GGGGTTACATTAACAGGAAGCGATGCTGATATTTCTATTGAATCGTTTATTCCAGTCGAA GAAGATGGAAAAGAAATCGTAGAAATTGCTCAATCAGGAAGCATTGTTTTACAGGCAAAA TATTTTAGTGAGATTGTAAAAAAACTACCTAAAGACACTGTCGAAATTTCTGTAGAAAAT CATTTTATGACAAAAATAAAATCTGGAAAATCAGAGTTTAACTTAAATGGTTTAGATTCT GCAGAATATCCGTTATTGCCACAGATTGAAGAACATCATGTATTTAAGATACCAACAGAT TTACTTAAGCATATGATCAGACAAACTGTATTTGCAGTTTCTACTTCTGAAACAAGACCG ATCTTGACAGGTGTAAACTGGAAGGTATATAACAGCGAGTTAACTTGTATTGCAACAGAT AGTCATAGACTGGCACTTCGAAAAGCAAAAATTGAAGGACATAACATTGCAGATGAATTC CAAGCTAATGTTGTTATTCCAGGTAAGAGCTTAAATGAATTAAGTAAAATTTTAGATGAG TCTGAAGAAATGGTAGATATCGTTATTACGGAGTATCAAGTATTATTCCGTACAAAACAT TTATTATTCTTCTCAAGATTGTTAGAAGGAAATTATCCTGATACGACACGTTTAATTCCA GCAGAGAGTAAAACGGATATTTTTGTAAATACAAAAGAATTCCTACAAGCAATTGATCGT GCTTCACTATTAGCAAGAGATGGCCGCAATAACGTTGTTAAATTATCAACTTTAGAGCAA GAAATGCTAGAGATTTCTTCGAATTCACCAGAAATCGGAAAAGTTGTCGAAGAAGTACAA TGCGAAAAAGTAGATGGAGAAGAGTTAAAAATATCTTTTAGTGCAAAATATATGATGGAT GCATTAAAAGCTTTGGATAGTACAGAGATTAAAGTTAGCTTTACTGGGGCAATGAGACCG TTCTTAATTCGTACAGTAAATGATGATTCAATTATTCAATTAATTTTACCGGTTCGTACT TACTAG
二.下载结果
在“我的项目”中下载结果。
输出蛋白序列结果为:
>NF53_0002 MRFTIQKDYLVRGVQDVMKAVSSRTTIPILTGIKVVATEEGVTLTGSDADISIESFIPVE EDGKEIVEIAQSGSIVLQAKYFSEIVKKLPKDTVEISVENHFMTKIKSGKSEFNLNGLDS AEYPLLPQIEEHHVFKIPTDLLKHMIRQTVFAVSTSETRPILTGVNWKVYNSELTCIATD SHRLALRKAKIEGHNIADEFQANVVIPGKSLNELSKILDESEEMVDIVITEYQVLFRTKH LLFFSRLLEGNYPDTTRLIPAESKTDIFVNTKEFLQAIDRASLLARDGRNNVVKLSTLEQ EMLEISSNSPEIGKVVEEVQCEKVDGEELKISFSAKYMMDALKALDSTEIKVSFTGAMRP FLIRTVNDDSIIQLILPVRTY
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?
核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。
文件名可由英文和数字构成,文件名不可以有空格,文件拓展名没有限制,可以是“.fasta”等。
Q2. 提交时报错常见问题:
1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开?
OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。
图片文件:
为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。
文本文件:
文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?
提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。