基因ID转换


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1. 功能:帮助用户解决常见研究物种的基因ID在不同数据库之间的ID转换,并且提供基因的常见注释信息,为用户研究基因提供方便。

 

2. 适用物种:拟南芥(Arabidopsis thaliana)、牛(Bos taurus)、山羊(Capra hircus)、秀丽线虫(Caenorhabditis elegans)、果蝇(Drosophila melanogaster)、斑马鱼(danio rerio)、鸡(gallus gallus)、人(homo sapiens)、猕猴(Macaca mulatta)、小鼠(mus musculus)、籼稻(oryza indica)、水稻(oryza sativa)、大鼠(rattus norvegicus)、酵母(Saccharomyces cerevisiae)、番茄(Solanum lycopersicum)、猪(Sus scrofa)、小麦(Triticum aestivum)、玉米(Zea mays)

 

3. 输入文件:

一行一个基因ID,文件格式支持txt/csv/xls/xlsx格式

如:

 A1BG 
 NAT1 
 SERPINA3 
 …… 

 

4. 参数选项:

物种选择:选择输入ID的物种类型

 

输入ID类型:选择要转换的ID类型,默认可读取4种类型之一,分别是 Gene_stable_ID (Ensembl gene ID) / Gene_name (Gene Symbol) / NCBI_gene_ID (NCBI Entrez Gene ID) / Gene_Synonym

注:4种ID类型的示例文件可点击输入文件旁边的“示例文件”查看

 

输入文件是否有列名:/

 

输出ID类型:可选择输出多种ID类型,或者选择输出多种数据库的基因功能注释信息,帮助您快速了解该基因功能信息。

 

5. 输出文件:

xls格式

示例文件:

小鼠的ensembl ID

 

参数设置:

 

输出文件:

 

第一列:用户输入的ID,symbol 号

第二列:小鼠的ensembl ID

第三列:NCBI ID号,通常是数值

第四列:基因同义名

第五列:基因的注释信息,如基因功能,表达某蛋白

第六列:KEGG A分类,一般有7大类

第七列:KEGG B分类,比A分类的信息更详细

第八列:通路ID,即ko号,还有通路详细名称,如TGFβ信号通路

第九列:K号,可用与KEGG富集分析

第十列:GO注释细胞组分

第十一列:GO注释分子功能

第十二列:GO注释生物学途径

Q1. 为什么输出没有结果,如下图?

 

没有输出结果可能原因:

①物种选错了;

②上传的文件中,基因ID类型跟参数选择不对应。

 

 

Q2. 为什么输出结果,数目比我提交时多?

 

比如 一个NCBI_gene_ID可能对应多个Gene Synonym(如:3804对应Gene Synonym有CD158B2、p58、NKAT2),工具会把所有结果输出。

 

 

Q3:为什么有部分基因没有结果?

 

如果有部分基因没有数据,有可能是该基因类型选错了。

比如下图中"CD89""103AS"类型是Gene_Synonym,在分析时选了”Gene_name“则比对不上,无结果了。

 

 

 

Q4. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

 

案例1

 

发表期刊:Journal of Hainan Medical College

发表时间:2020

 

引用方式:

to obtain the Gene ID of the target, and then convert it into the Ensembl Gene ID through the Ensembl genome database, and import it into the OmicShare cloud platform

 

参考文献:

Zhou M Q, Yang L P, Ma H J, et al. Network pharmacological study of Qingfei Paidu Decoction intervening on cytokine storm mechanism of COVID-19[J]. Journal of Hainan Medical College, 2020, 26(10).