表格合并


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功能:
把多个表格合并为一个表格。有内连接、左连接、全连接三种方式,将多个表格的信息根据需求合并到一个表格中。

 

输入:
上传拥有表头的数据文件,且表头位于第一行。

支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)

 

参数:
连接方式可选择:内连接、左连接、全连接三种

①内连接:将两个表的共有ID或共有名称的所有行合并输出;

②左连接:利用共有ID或共有名称,以左边表中的数据为基准,来提取右表的数据,若右表无相应数据则相应位置为空值;

③全连接: 输出多个表格中所有的行,当某行在另一个表中没有匹配行时,则另一个表返回缺省值

④缺省值: 没有对应的值用于填充的字符:——、X、N/A、空,也可自填缺省值。

 

 

输出:
程序将以txt的形式输出结果文档,第一行为表头数据

这里有三个表。 表1包含两个样品的基因表达信息,tabel2包含基因注释的信息,table3包含其他三个样品的基因表达数据。 所有表的第一列是基因ID。 通过表合并,所有的基因表达和注释信息将被合并到一个表中。

一 输入表格

表格1:
geneID root_exp leave_exp
Unigene01 16.4798 3.3122
Unigene02 44.5027 24.1932
Unigene03 86.9566 43.0663
表格2:
geneID KO_id ko_definition
Unigene02 K10592 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
Unigene03 K10592 NADH dehydrogenase I subunit 4
Unigene04 K05579 dehydrogenase I subunit 7
表格3:
geneID A_exp B_exp C_exp
Unigene01 16.4798 3.3122 5597
Unigene02 44.5027 24.1932 16261
Unigene03 86.9566 43.0663 25566
Unigene04 3.3821 2.4806 1595

二 参数选择

三 结果下载

在我的项目中可查看、下载结果。

内连接结果:
geneID root_exp leave_exp KO_id ko_definition A_exp B_exp C_exp
Unigene02 44.5027 24.1932 K10592 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 44.5027 24.1932 16261
Unigene03 86.9566 43.0663 K10592 NADH dehydrogenase I subunit 4 86.9566 43.0663 25566
左连接结果:
geneID root_exp leave_exp KO_id ko_definition A_exp B_exp C_exp
Unigene01 16.4798 3.3122 -- -- 16.4798 3.3122 5597
Unigene02 44.5027 24.1932 K10592 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 44.5027 24.1932 16261
Unigene03 86.9566 43.0663 K10592 NADH dehydrogenase I subunit 4 86.9566 43.0663 25566
全连接结果:
geneID root_exp leave_exp KO_id ko_definition A_exp B_exp C_exp
Unigene01 16.4798 3.3122 -- -- 16.4798 3.3122 5597
Unigene02 44.5027 24.1932 K10592 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 44.5027 24.1932 16261
Unigene03 86.9566 43.0663 K10592 NADH dehydrogenase I subunit 4 86.9566 43.0663 25566
Unigene04 -- -- K05579 dehydrogenase I subunit 7 3.3821 2.4806 1595

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。