功能:
根据基因的COG/KOG ID或COG/KOG code绘制柱状统计图
“COG/KOG”是 Cluster of Orthologous Groups of proteins(蛋白相邻类的聚簇)的缩写。构成每个 COG/KOG 的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是 orthologs 或者是 paralogs.
Orthologs 是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.
Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可能会进化出新的与原来有关的功能.
输入:
输入的表格文件,支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
格式有三种,缩略图如下,文件类型分别为code,genecode,id
类型1:code
类型2:genecode
类型3:id
参数:
①文件前缀:即最后的结果文件的前缀,可自行定义。
②类型:KOG/COG.
③输入文件类型:code/genecode/id.
④文件是否包含表头:含有表头选择是,不含有表头则选择否。
输出:
COG/KOG图 : 有png格式和pdf格式两种结果。
一. 数据整理与上传
通过“说明”和“示例文件”两处查看对应配对表类型所需的数据格式,其中提供了 code / id / genecode 三种文件类型示例。
严格按要求整理。点击“选择文件”上传整理好的数据。
二. 参数选择与提交
根据自身需求进行参数选择,详见“说明”部分,最后点击“提交”即可
“输入文件类型”按实际表格类型选择
“是否有表头”指文件有否有以下列名,有则选择“是”。
三. 结果查看
在“我的项目”中可查看和下载分析结果。
输出COG/KOG图 ,提供png格式和pdf格式两种结果。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。
文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题:
1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开?
OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。
图片文件:
为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。
文本文件:
文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?
提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。