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1.功能
包珠图（Circular Packing），是一种比较特殊的分类树状图，以气泡之间的包含关系展示层级关系，以气泡面积（或半径）展示数值的大小。例如，不同层级的气泡可以表示组织类型、细胞亚群、Marker基因，气泡的大小可表示基因的表达量。
2.应用范围
适合展示具有层级关系（例如，纲、目、科、属、种等）的分类数据。
3.输入文件
范例数据的表格至少需要2列（不建议超过5列，只有2列时绘制则绘制泡泡图），最后一列必须为数值型（注意：不能包含0和负数），对应气泡的大小；前几列数据为字符型，对应分类标签。为了便于调整根气泡的颜色，可以在最前面再插入1列（root列），如下图，单元格内容用同一字母表示即可。
注意：如果表格中无root列，则根气泡的填充颜色为白色。
4.主要参数
标签所在列（Label at）：指定气泡中所展示标签在原表格的位置，默认为原表格的第2列；
气泡大小依据（Size based on）：包含面积（area）、 半径（radius）两个选项，默认为面积，即气泡的面积与原始数据相对应；同样的数据，选择面积时气泡的大小较为均匀，而选择半径时，气泡的大小差异可能会很大；
排序方式（Arrange）: 包含无、降序、升序（None，Ascending，Describing）三个选项，默认无；例如，当用户选择降序时，大气泡位于“上级”气泡中心，气泡从大到小螺旋向外排列；反之，气泡则从小到大螺旋向外排列；
层级颜色（Fill Color）：为不同层级的气泡（由外向内）指定不同的颜色；
描边颜色（Edge Color）：为气泡指定描边颜色。
5.结果输出
以下是使用默认参数生成的包珠图。可通过修改其他选项对图形进行个性化调整，比如修改气泡的排序方式、气泡颜色、有无根气泡等。
例如，可以将根气泡对应的颜色设置为白色，将描边颜色也设置为白色，效果如下。
下载示例文件，点击选择文件按钮，上传范例数据，将描边颜色设为#555555，其他参数保持默认，然后提交任务。
在左侧导航栏中点击我的项目查看任务进度，任务完成后点击下载按钮可下载绘图结果文件。
结果文件夹中主要包含8个文件，最重要的是PDF和PNG格式的图片，以“.os”为拓展名的文件为大家上传的原始数据，其他文件为任务状态文件和绘图数据。
初始得到的绘图效果如下：
当然，我们也可以选择自定义配色方案，我们可以指定任意以#号开头的16进制色号，也可将气泡的描边颜色设置为白色。
绘制效果如下，清新多了！
在工具开发测试过程中，我自己也尝试过非常多的配色方案。除了默认配色，以下是一些我自己觉得比较好看的配色方案，大家可以试一试。
天青色：
#D7F3FD,#C4D2F7,#BFEAD0,#E9CBF2
叶绿色：
#DBE9C1,#B1D182,#C9E1A3,#A1CD64
暖黄色：
#F5E6BF,#FDEBDA,#F9CCA4,#FBDA5B
配色效果如下：
如果，不想展示根气泡，可以将描边颜色设置为白色，并将根气泡对应的颜色（第一个色号）设置为白色即可。当然也可以在整理数据的时候去掉root列，然后将描边颜色设置白色。绘图效果如下：
此外，如果原始数据差异较小，可以改变气泡大小与数值的映射方式，比如将面积改为半径，这样，气泡的大小差异更明显一些。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。