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功能介绍：
CARD（Comprehensive Antibiotic Resistance Database）数据库是加拿大的一个生信团队在2013年发布的抗性基因数据库，它包含了ARDB数据库中所有的抗性信息，同时还每月更新，保证数据有效性。
CARD以Antibiotic Resistance Ontology (ARO)为分类单位的形式所构建，其中ARO是数据库所构建term，用于关联抗生素模块及其目标、抗性机制、基因变异等信息。同时，数据库还针对ARO的功能，专门开发了一款名为Resistance Gene Identifier (RGI)的软件程序， 用于基因组数据的抗性基因预测。
输入文件：
输入fasta格式的核酸或蛋白query序列文件
输出结果：
1. 序列注释结果总表
包含E value、 Score值、 描述信息的注释结果表。2.比对结果统计饼图
将比对上的与比对不上的序列数目进行统计并画饼图。
3. 比对结果E值分布图
结果范例：
1. 序列注释结果总表
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ORF_ID |
CONTIG |
STAR |
STOP |
Strand |
CUT_OFF |
PASS_EVALUE |
Best_Hit_evalue |
Best_Hit_ARO |
Best_Identities |
ARO |
ARO_name |
Model_type |
SNP |
Best_Hit_ARO_category |
ARO_category |
#结果表格说明：
· ORF_ID：所输入ORF的ID
· CONTIG：ORF所在contig
· START：ORF起始位点
· STOP：ORF终止位点
· Strand: 正负链
· CUT_OFF：RGI的筛选方法，有Perfect、Strict、和Loose三种
· PASS_EVALUE：过滤阈值，通过此阈值的所有ARO结果都被保留
· Best_Hit_evalue：最佳ARO预测结果的e值
· Best_Hit_ARO：最佳注释结果
· Best_Identities：：ORF与最佳注释结果的序列相似度
· ARO：通过过滤阈值的所有ARO的ID
· ARO_name：通过过滤阈值的所有ARO注释
· Model_type：RGI预测类型，分为protein variant与protein homolog两种
· SNP：ORF相比注释结果所对应的蛋白变异位点
· Best_Hit_ARO_category：最佳注释ARO所属抗性基因分类
· ARO_category：所有通过阈值的ARO所属抗性基因分类
2.比对结果统计饼图
将比对上的与比对不上的序列数目进行统计并画饼图。
表1. CARD比对结果数目统计表
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Total sequence number |
Annotation sequences |
Without annotation sequences |
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E值是指期望数据库中具有某一统计学意义配对序列的值，可理解为比对的假阳性率。E值越小，结果越可靠。对E值分为5个范围进行统计，并画饼图。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2.注释工具的任务一般要跑多久？
注释工具的任务时长一般与提交的序列条数成正比，且不同工具耗时也差异很大。例如GO功能注释近一年来所有任务平均时长约为2天，而NR注释工具近一年来所有任务平均时长约为3小时。一般情况下，如果任务耗时超出一周可联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。