功能:使用蜂群图展示样本间数据情况。使用带有表头的txt格式表格绘制蜂群图。
应用范围:适用于转录组、代谢组、蛋白、16S、实验结果采集等所有适合绘制蜂群图的数据,适用相对较少的数据量。
输入文件
1)文件需要带表头和列名,例如基因表达量表、代谢物丰度表、微生物丰度表等。也可以是表型数据,例如株高、体重等生理指标。
2)输入的文件支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。表格名称以字母、数字、下划线组成,不可以有空格。
示例文件如下:
参数
参数
1) 图形名称:自定义
2) X轴标题:自定义
3) Y轴标题:自定义
4)分组颜色:输入文件后点击后方颜色框实现分组颜色自定义,如未选择则为默认配色;
附加图:默认输出蜂群图附加三分位数线。
输出:程序按照要求输出蜂群图和蜂群图附加三分位数线图,结果生成PNG/PDF格式的图片
结果说明:
1)蜂群图:属于一维散点图,将单个数据显示为点。显示一组数据分散情况的统计图,反映原始数据的特征;
2)图中每个点代表一个数据,点的不同形状或不同颜色代表不同分组;
3)三分位数线:从下到上展示该组数据的下四分位数、中位数和上四分位数。
输入:带有表头的文件。支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
第一列是样本名;
第一行是分组名,制图时将以第一行为X轴,因此第一行的分组信息为必填选项;
示例参数:
图形标题:图形名称设置为:蜂群图
X轴标题:设置为sample
Y轴标题:设置为gene expression
输出:
1)结果文件压缩包
包含一个OS工具源文件,PDF和PNG格式结果图
2)结果图
蜂群图
蜂群图附加三位分数线
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。
文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题:
1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开?
OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。
图片文件:
为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。
文本文件:
文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?
提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。