方差分析


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功能:

方差分析工具,支持Bartlett test方差齐性检验、单因素方差分析(one-way ANOVA),同时提供Fisher's LSDLeast Significant Difference)、Tukey's HSD (honest significant difference)Games-Howell 3种多重比较方法供用户选择。

输入:

1、 支持长数据(默认)、宽数据两种类型的表格。对于宽数据,一个分组对应一列,列名即分组名,而对于长数据,第1列为分组数据,第2列即每个分组对应的数值。注:数据至少包含2组,且每组至少包含3个样本的数据;对于组内样本数不同的数据,建议整理成长数据格式。

 

宽数据格式范例:


 

长数据格式范例:


 

2、输入文件支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excelxls(Excel 97-2003 )格式。

 

参数:

主要参数是关于均值比较的方法选择:

Tukey's HSD,即Tukey’s honestly significantly differenced test,用于均值的多重比较;

Fisher's LSD,即Least Significant Difference,最小显著差异法,用于均值的多重比较;

Games howell,用于均值的多重比较,当方差不齐和样本量不相等时,适合使用此检验方法。

 

输出:

在分析结果中,除了包含带显著性标记的柱状图,也直接给出均值、P value、星号标记、字母标记便于个性化作图。

 

结果说明:

Fisher-LSD Test结果为例,前两列为比较组,第3列为p value,第4列为显著性标记。

 signif codes: 0 “***” 0.001 “**” 0.01 “*” 0.05 “ ” 1

 

描述性统计主要是均值(mean)、标准差(sd)和字母标记(cld)。


 

参考文献:

1. Lee S, Lee D K. What is the proper way to apply the multiple comparison test?[J]. Korean journal of anesthesiology, 2018, 71(5): 353-360.

2. https://rpubs.com/aaronsc32/games-howell-test

 

下载示例文件,接着以“宽数据”的范例数据为例,点击选择文件按钮,上传范例数据,将数据类型设置为宽数据,均值比较方法这里设置为Fisher-LSD,添加坐标轴的标题,然后提交任务。

任务完成后,下载分析结果,结果文件夹中主要包含5个文件,以“.os”为拓展名的文件上传的原数据,而“anova.result.xls”为分析结果文件,用户可以查看详细的Bartlett test方差齐性检验、单因素方差分析(one-way ANOVA),Fisher's LSDLeast Significant Difference)、Tukey's HSD (honest significant difference)等结果。

结果解读:

通过组间(两两之间)的均值比较结果(如下表)来看,Activated T组 与NKNaive T两组之间差异显著(p value <0.05); 同样,HSC组 也与NKNaive T两组之间差异显著(p value <0.05);此外,Naive T组与pDC组的均值也差异显著(p value <0.05)。

 

柱状图的字母显著标记也可以直观展示组间的差异显著性(如下图),两个分组的标记中包含相同的字母,表示差异不显著(例如Naive T组与NK组);而两个分组的标记中无相同的字母,表示差异显著(例如HSC组与NK组)。

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。