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功能：输入蛋白序列，根据序列或结构差异关系绘制进化树，序列比对使用 Muscle 工具，最大似然法构树使用 iqtree 工具，比邻法构树使用 fastme 工具。
序列文件：只允许输入蛋白序列（fasta格式，最多100条蛋白序列，单个蛋白序列长度不超过5000个氨基酸）
>AtSWEET1
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提示：假如输入36条蛋白序列，每条长度600个氨基酸，ML法构树大概要运行30-60分钟，而NJ法大概需要3-10分钟，大家把握时间，耐心等待；如果运行时间超过1.5个小时，可联系客服。
参数:
建树方法： 建树需要根据自己的研究内容选择合适的建树方法。一般来说，若有合适的分子进化模型可供选择，则用最大似然法构树获得的结果较好；对于远缘物种序列，一般使用邻接法或最大似然法。
Bootstrap: 即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。
输出：
1. 分别生成png/svg格式的圈图和无根进化树
图1 圈图进化树
图2 无根进化树
2. nwk文件，方便用户用其他工具进行个性化修改，如利用iTOL （https://itol.embl.de/）对进化树美化。
3. 如果选择邻接法的输出文件如下：
result.msa.boot.txt 是bootstrap的每棵树的记录
result.msa.dist.xls 是每棵树的距离矩阵
result.msa.fa 是比对后的fasta格式（重要文件）
result.msa.nwk 是软件输出来的原始结果，不重要，可忽略
result.msa.phy 是比对后的fasta格式（重要文件）
result.nwk 是最终结果，方便用户用.nwk文件利用其他工具美化进化树
4. 如果选择最大似然法的输出文件如下：
result.msa.fa 是比对结果（重要文件）
result.msa.phy 是比对结果（重要文件）
result.msa.phy.bionj 是起始树，用BioNJ的方法构建的
result.msa.phy.ckp.gz 是构建ML树的软件的checkpoint文件，就是记录进行到哪一步了
result.msa.phy.contree 是bootstrap的一致树
result.msa.phy.iqtree 是用文本的形式展示了进化树的结构
result.msa.phy.log 是软件运行的日志文件
result.msa.phy.mldist 是ML距离矩阵
result.msa.phy.splits.nex 是bootstrap支持度的细化展示
result.msa.phy.treefile 是最终结果
result.nwk 是.treefile的拷贝文件，方便用户用.nwk文件利用其他工具美化进化树
5. 其他文件可以忽略，是程序运行文件。
注：对于进化树的美化，推荐使用iTOL （https://itol.embl.de/）美化，该工具功能齐全，也可以使用mega美化进化树，但功能有限。
例子：对拟南芥SWEET家族蛋白进行构树分析
1. 输入：
下面展示部分，详情点击示例文件链接
>AtSWEET1
MNIAHTIFGVFGNATALFLFLAPSITFKRIIKNKSTEQFSGIPYPMTLLNCLLSAWYGLPFVSKDNTLVSTINGTGAVIETVYVLIFLFYAPKKEKIKIF
GIFSCVLAVFATVALVSLFALQGNGRKLFCGLAATVFSIIMYASPLSIMRLVVKTKSVEFMPFFLSLFVFLCGTSWFVYGLIGRDPFVAIPNGFGCALGT
LQLILYFIYCGNKGEKSADAQKDEKSVEMKDDEKKQNVVNGKQDLQV
>AtSWEET6
MVHEQLNLIRKIVGILGNFISLCLFLSPTPTFIHIVKKKSVEKYSPLPYLATLLNCLVRALYGLPMVHPDSTLLVTISGIGITIEIVFLTIFFVFCGRQQ
HRLVISAVLTVQVVFVATLAVLVLTLEHTTDQRTISVGIVSCVFNAMMYASPLSVMKMVIKTKSLEFMPFLLSVVGFLNAGVWTIYGFVPFDPFLAIPNG
IGCVFGLVQLILYGTYYKSTKGIMEERKNRLGYVGEVGLSNAIAQTEPENIPYLNKRVSGV
>AtSWEET9
MFLKVHEIAFLFGLLGNIVSFGVFLSPVPTFYGIYKKKSSKGFQSIPYICALASATLLLYYGIMKTHAYLIISINTFGCFIEISYLFLYILYAPREAKIS
TLKLIVICNIGGLGLLILLVNLLVPKQHRVSTVGWVCAAYSLAVFASPLSVMRKVIKTKSVEYMPFLLSLSLTLNAVMWFFYGLLIKDKFIAMPNILGFL
FGVAQMILYMMYQGSTKTDLPTENQLANKTDVNEVPIVAVELPDVGSDNVEGSVRPMK
2. 参数设置：
建树方法：选择“最大似然法”
bootstrap：默认“1000”
3. 结果输出：
图1 无根树
图2 圆形进化树
如果觉得该图形单调，可以使用iTOL（https://itol.embl.de/），美化结果如下图：
图2 输入.nwk文件，在iTOL中美化的圈图进化树
因为SWEET家族有4个亚家族，图中用4种不同的颜色来区分4个亚家族。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。