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1.数据输入
2. 基本设置
3. 图形设置
4.图形标签遮挡调节方法
5.返回原始图形
6.图片下载
1.功能
饼图通过扇形面积动态展示变量的整体占比情况，可用于转录组，微生物、代谢、蛋白等分析中。在微生物中可探讨不同处理组（或者同处理的不同样本）的物种或者是功能的整体分布情况；在转录组中可以研究某一覆盖度范围的基因所占的比例，或者是研究复杂的SNP/InDel突变型统计等。设置了单层和双层的饼图类型，当输入的数据比较简单，想从宽泛的角度进行分析时，可以选择单层饼图；而双层饼图则增加了可表达数据的维度，当想展现细分维度的比例时，可以将大类放内层，更详细的分类放外层。
2. 应用范围
应用于转录组、代谢组、蛋白、微生物等适合于画饼图的数据。
3. 文件输入格式
输入文件格式支持txt（制表符分隔）文本文件、csv（逗号分隔）文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls（Excel 97-2003）格式。
4.示例文件
单层饼图示例文件：转录组基因覆盖范围表格示例1
一定带有表头
双层饼图示例文件：转录组SNP 突变型统计表格示例2
说明：与单层饼图相比，双层饼图的数据是三列，第一列信息对应饼图的内层，第二列信息对应的饼图的外层，并且，第二列信息从属于第一列，例如第二列的T->C、A->G、G->A、C->T属于第一列的transition，第三列的数据会被转化成百分比的形式出现在饼图中。
一定带有表头
5. 参数调整
程序是按默认参数进行图形输出饼图，使用者可根据个人需求进行参数调整（详见例子）。
提醒：在图形中如出现标签遮挡的情况（上图1），可对标签进行拖拽调整（下图2）。
上图1
下图2
基本设置
1）文本样式：可对图形、标题、图例字体样式和文字大小进行自定义调整。标题名称可自定义命名；
2）图例：可对图例字体大小、样式及图例大小进行修改。
图形设置
1）图形参数：
饼图种类、内径占比（%）、内径标注、圆角半径、扇形间隔、描边粗细 、标签位置 等参数进行自定义。
2）图形颜色：
可对描边、内径文字的颜色进行自定义，同时也给除了外层和内层的配色方案+自定义。
6. 图形输出
6.1基础饼图：适用于就是反映某个部分占整体的比重，比如在转录组中，各样品的基因覆盖度情况。
单层基础饼图
双层基础饼图
6.2 百分比饼图：可更加明显的突出不同类别的差异，将每个扇形的半径进行调整，角度越大的扇形，相应的半径也更长（也就是百分比越大，半径越大）。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，不可以有空格。文件拓展名没有限制。
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。
引用OmicShare Tools的参考文献为：
Mu, Hongyan, Jianzhou Chen, Wenjie Huang, Gui Huang, Meiying Deng, Shimiao Hong, Peng Ai, Chuan Gao, and Huangkai Zhou. 2024. “OmicShare tools: a Zero‐Code Interactive Online Platform for Biological Data Analysis and Visualization.” iMeta e228. https://doi.org/10.1002/imt2.228案例1：
发表期刊：Journal of Cardiovascular Development and Disease
影响因子：2.4
发表时间：2022
Figure 3. (B,D) are the proportions of each immune cell in the carotid and femoral arteries, respectively.
引用方式：The analysis of single and double pie charts was performed using the OmicShare tools, a free online platform for data analysis (https://www.omicshare.com/tools (accessed on 12 October 2022)).
参考文献：
Wang P, Zheng L, Qiao M, et al. A Single-Cell Atlas of the Atherosclerotic Plaque in the Femoral Artery and the Heterogeneity in Macrophage Subtypes between Carotid and Femoral Atherosclerosis[J]. Journal of Cardiovascular Development and Disease, 2022, 9(12): 465.
案例2：
发表期刊：bioRxiv
发表时间：2023
Figure 1 Classification of single-cell transcriptomes and cellular heterogeneity in pea (P. sativum) shoot apices. (c) Pie chart showing cell types, the numbers of cells, and their proportions.
引用方式：Visualization tools mainly used included Adobe Illustrator, R software, and OmicShare tools (https://www.omicshare.com/tools) (Gene Denovo Biotech. Co., Guangzhou, China).
参考文献：
Chen X, Ru Y, Takahashi H, et al. Single-cell transcriptomic analysis of pea shoot development and cell-type-specific responses to boron deficiency[J]. bioRxiv, 2023: 2023.06. 14.545017.