案例二
- 发布时间:
- 2015-10-30 10:14:22
- 作者:
- admin
运作过程:先使用序列格式化工具,获取NAC019的反向互补序列,在使用blast工具把NAC019序列比对到小白菜转录组。
1.利用“序列格式化”工具获取NAC019的反向互补序列:
1)将fasta格式的NAC019核酸序列输入数据框中,或者上传序列文件,并勾选“获取反向互补序列”,开始格式化
2).查看并下载数据结果项目完成后到“我的项目”查看,并下载格式化后的fasta格式序列结果。
2.利用“Blast序列局部比对”将NAC019序列比对到小白菜转录组
①将刚才第一步fasta格式的反向互补结果输入数据框中,或上传序列文件。
②然后上传比对的subject序列,也就是小白菜转录组数据,注意必需是fasta格式。如果序列文件大小超过本地文件上传的限制(5M),就要先将序列文件上传到“我的文件”,然后再从云端文件选择.
③参数选择:
1)期望值(evalue):期望值越低,限制越严格,默认选择10;
2)输出格式:共有12种格式可供选择,每种格式的说明可在“案例演示”里查看;
3)程序:共有5种程序可选,选择某种程序后可在选择框的后面看到相应的说明,也可到“案例演示”里查看具体说明