案例二

现有小白菜的转录组数据，想通过同源比对寻找与拟南芥NAC019同源的基因，并且拿到的NAC019序列是antisense的，需要先获取其反向互补序列。
运作过程：先使用序列格式化工具，获取NAC019的反向互补序列，在使用blast工具把NAC019序列比对到小白菜转录组。

①源文件： 文件一     文件二
②文件说明： 文件一是fasta格式的NAC019核酸序列,并且是antisense的，序列格式化工具的输入文件，获取NAC019的反向互补序列。
文件二是比对的subject序列，也就是小白菜转录组数据，注意必需是fasta格式
③使用工具： 序列格式化     Blast

1.利用“序列格式化”工具获取NAC019的反向互补序列：

1）将fasta格式的NAC019核酸序列输入数据框中，或者上传序列文件，并勾选“获取反向互补序列”，开始格式化

2).查看并下载数据结果

项目完成后到“我的项目”查看，并下载格式化后的fasta格式序列结果。

2.利用“Blast序列局部比对”将NAC019序列比对到小白菜转录组

①将刚才第一步fasta格式的反向互补结果输入数据框中，或上传序列文件。

②然后上传比对的subject序列，也就是小白菜转录组数据，注意必需是fasta格式。如果序列文件大小超过本地文件上传的限制（5M），就要先将序列文件上传到“我的文件”，然后再从云端文件选择.

③参数选择：
1）期望值（evalue）：期望值越低，限制越严格，默认选择10；
2）输出格式：共有12种格式可供选择，每种格式的说明可在“案例演示”里查看；
3）程序：共有5种程序可选，选择某种程序后可在选择框的后面看到相应的说明，也可到“案例演示”里查看具体说明

3.点击“开始比对”，程序将开始运行，完成后到“我的项目”查看并下载，结果如下