常见的微生物组学研究方法有16S多样性测序、宏基因组测序和宏转录组测序等。那么，16S的物种分析准确还是宏基因组的物种分析准确呢？为什么在宏转录组对功能分析都这么全面的情况下还要辅助以宏基因组呢？只是利用宏基因组技术，又是否可以获得单菌落的功能信息呢？本期视频将解答这些疑问。

在16S、18S或者ITS等多样性分析中，我们常常会看到PCA，PCoA，NMDS，CCA等多种beta多样性分析方式。这一期的Omicshare课堂中，我们将会深入浅出的讲解多种微生物beta多样性分析工具的原理、差别和应用，以协助大家厘清这些分析方法的适用范围，更好的挖掘自己的数据。

差异分析一直是高通量测序数据分析中的核心部分。在实验设计时候，我们往往需要进行有重复样本之间的两两或者多组差异比较。在微生物群落中，由于影响群落的因素复杂，多组样本设计几乎成为主流需求。涉及到组间比较的常见分析手段有PCoA、NMDS等，但这类型的方法只偏向于确定不同组之间是否存在差异，并不足以解答更多细节问题。

关于微生物基因组研究，我们往往只知道可应用的测序技术有2代和3代，也知道基因组的分析会有组分分析、功能注释和进化分析等。但实际项目中，会有很多不知道如何利用基因组测序结果来构建一篇文章。本次微生物基因组研究专题中，我们主要分为两期，以细菌、真菌为切入点，重点介绍微生物基因组测序之后，如何进行分析以及如何整理发文章思路。

直播时间：2017年6月29日下午16：00

微生物基因组研究，总体来说可分为两种类型，一种是只关注基因组本身的序列信息的单一层面研究；另一种是以基因组信息为指导，结合多个组学研究基因功能信息。相比于前者，后者更关注于基因功能，基因的表达调控，基因的功能执行方式等。微生物由于其物种特性，在分子实验验证上具有极大优势。因此，当发现新物种之后，通过基因组测序和其他下游组学的结合发现物种的基因功能的同时，结合下游验证，往往是一条通往高分文章的使用途径。本周在线课堂，我们就微生物基因组的多组学研究进行讨论。

直播时间：2017年11月16日下午16：00

多样性测序、宏基因组测序是现阶段微生物群落研究的核心技术。如果说16S/ITS这些多样性测序是相对简单的入门技术，那宏基因组研究就是更为复杂的“高端”技术。宏基因组的这种高端，主要体现在三大方面：研究成本高、分析过程难、结果内容多。宏基因组组装在实际操作过程中，还会存在各种各样的特有问题，例如物种间重复序列的影响，宿主污染，硬件要求等等。了解这些问题，对宏基因组的技术应用会有很大帮助，我们将会在这一期的在线课堂中深入探讨其中的奥秘。

直播时间：2018年01月28日 下午16：00

宏基因组主要研究微生物群落的组成及功能情况，简单来说，就是群落有什么微生物以及它们能做什么。物种注释是实现这些研究的关键分析步骤。不同的注释方法会影响物种注释率、分类水平高低、注释准确率等关键指标，同时对分析流程来说，不同分析方法还会关系到其分析时间、资源消耗、系统兼容性等多种问题。

本次在线课堂将为您介绍不同宏基因组物种注释方法的特点以及如何选择最佳的物种注释方法。

现阶段大多数基于扩增子的多样性研究，还主要停留在物种组成、α多样性、β多样性的“三部曲”阶段。这种高度雷同的研究思路，不但缺乏创新性、降低研究价值，更致命的是文章内容过度重叠，容易造成发文困难。实际上，多样性研究除了关注群落结构本身变化之外，还可以更多探讨群落的其他方面，丰富文章思路。

微生物与人、动植物有着千丝万缕的联系，这种联系影响着宿主的方方面面，涉及宿主的生长状态、环境适应、物种进化等。因此，破译微生物-宿主互作的关联机制对人类健康、食品生产、生态保护……有重要意义。

介绍微生物组学概述及研究进展，主要研究手段，群落样本采集方法及分析内容，常见文章研究思路讨论

包含α多样性分析意义；各类α多样性指数、稀释曲线算法、含义；β多样性分析意义；各类β多样性距离指数、聚类树、降维分析（PCoA、NMDS）原理、含义等。

介绍指示物种的研究价值及意义，三种指示物种筛选方式：单一统计检验、特殊统计方法以及组合统计检验。

回顾总览微生物测序分析的主要研究内容、各类型组学分析流程、组学特色；
分析不同组学结合的应用情境、分析目标；
介绍不同类型组学关联的思路和对应分析方法；
组学关联的案例应用详解

不同于动物肠道微生物，土壤微生物群落与土壤中的各类理化因子之间存在着密不可分的互作关系，该如何全面、严谨地开展土壤微生物的群落研究？本周四，我们将以一篇文献作为案例，解析当前土壤微生物群落研究的分析思路，利用在线平台工具快速、高效重现文章中的数据挖掘工作，欢迎大家准时参加。

物种分析作为微生物群落研究的核心，决定了文章最终是否能够揭示分组差异的微生物响应/驱动机制。那么，除了传统的Lefse分析、STAMP分析，你还会哪些物种分析方法呢？本期在线课堂，我们将跟大家分享一篇非常有特色的物种分析案例，详细介绍文章使用的多种高级分析方法。

2020.11.04 B站直播 16S/ITS引物选择经验分享

不管是作为微生物领域入门的初步探索，还是后续进阶的补充验证法宝，一般都少不了简单又不简单的“meta扩增子测序分析”。说简单，因为经济成本低，分析门槛低，新手小白也可以分分钟上手发文章。说不简单，因为想要更专业、文章更好，细节、理论、模型繁多又复杂，着实不易。

这不易的第一关，便是引物选择，直接影响文章的关键结论和研究成果。很多时候，公司提供的引物，不一定是最适合的，大家一定要勤加筛选哦

今天我们先大家为梳理扩增子测序的基础理论，并汇总主流的16S/ITS引物对，讨论已有文献的研究和使用情况，更多项目经验分享，尽在11月4日（周三）下午3点的B站直播。

主要内容：

16S/ITS初见

PCR前世今生

引物选择策略

21.03.10 B站直播课程 基于三代全长16S的微生物多样性分析

完整的16S其实有9个可变区，全长1500bp左右，常规的扩增子研究大多针对其中的2个可变区，最长约450bp左右。显而易见，我们挑选16S作为物种分类的参考，常规二代测序其实只测了很小的一个片段。对于两个同属不同种的物种，全基因组的差异可能也只有90%，在400bp的片段上，就只有几十个碱基差异，在数据库注释时，一条序列有可能同时比对上非常多的种，即没有区分度，就变成了“unclassified”。 

但是从另一类文章来看很多研究都重点开展了属、种水平的物种机制分析。本次课程就来讨论一下关于三代16S的测序技术讲解、文章研究思路、常见疑难解答、注意事项等。

21.07.15 B站直播课程 16S+ITS关联分析策略汇总解读

一位来自西北农林科技大学的伙伴，基于16S+ITS两组学，使用Omicsmart在线报告，在半年内接连发表了3篇5分+的SCI文章。这样又快又好的文章产出着实厉害了，本期在线课堂将分享的是16S+ITS关联分析策略和案例解析，一起来看看我们的合作伙伴如何实现5分+的SCI三连发的。

21.08.11 直播课程 微生物三代全长16s测序技术及多组学关联策略

过往的微生物群落研究过程中二代16s测序辅助我们了解样本中微生物的组成、多样性特征等。然而二代16s受限于技术本身，属、种水平微生物鉴定效果差强人意，对于需要从菌株等精细层面的研究显得十分无力。三代16s测序是新一代微生物群落研究技术，它的登场弥补了二代16s精细层面分辨率不足的缺陷，为菌种层面的群落物种分析提供了基础。

本节交流课程将详细介绍三代16s测序技术的原理及16s+代谢组、16s+宏基因组等多组学关联研究思路，并结合具体文章案例为大家介绍近年来此类文章的应用。我们还将为大家介绍如果使用在线平台omicsmart高效率处理三代16s数据，挖掘文章所需的关键信息。

介绍微生物组学概述及研究进展，主要研究手段，群落样本采集方法及分析内容，常见文章研究思路讨论

包含α多样性分析意义；各类α多样性指数、稀释曲线算法、含义；β多样性分析意义；各类β多样性距离指数、聚类树、降维分析（PCoA、NMDS）原理、含义等。

介绍指示物种的研究价值及意义，三种指示物种筛选方式：单一统计检验、特殊统计方法以及组合统计检验。

21.09.23 直播课程 宏基因组-高阶的微生物群落研究策略

以往微生物群落多样性研究的主流技术是16S，但随着科研材料的复杂性以及文章深度的不断提高，16S已无法满足高质量文章要求，而宏基因组作为技术的升级，不但能弥补16S属、种水平物种研究的限制，还具有强大的功能分析能力，可以代替二代16在微生物研究中的作用，是现阶段性价比更高的研究策略。

本次在线课堂交流，将从常规的群落多样性、物种、功能研究，结合特色Reporter score功能富集，再到高级“单菌”Binning分析等多种研究方法，层层递进，介绍宏基因组的研究思路，构建清晰的文章脉络，助力大家发高水平文章。

主要内容

1.宏基因组的简介和应用方向；

2.从研究意义、数据输入、结果解读全面剖析宏基因组微生物群落研究的分析方法；

3.结合具体文章案例分析发文思路。

21.10.13 直播课程 三代全长16S+宏基因组关联分析策略

得益于三代Pacbio测序技术的升级，科研小伙伴们终于能打破二代测序短片段的瓶颈，充分发挥全长16S rDNA作为微生物“指纹”的科学价值。以三代全长16S测序为中心的微生物群落研究迅速兴起，并逐步形成“三代16S+”的多组学趋势。

那么，“三代16S+宏基因组” 有何特色？如何开展关联提升文章研究深度？与“二代16S+宏基因组”有何不同？本期在线课堂将为您介绍。

主要内容：

1. 从成本、分析内容、特色等多角度对比三代16S和宏基因组技术

2. 汇总经典文章的研究思路，分享三代16S+宏基因组的关联策略

3. 以经典案例展示关联分析策略的具体应用

11月8日 上午 微生物培训班录播 

【概述简介】

微生物群落研究概述与进展

R语言入门

11月8日 下午 微生物培训班录播

【微生物群落研究基础理论实操】

R语言入门

α/β多样性分析与作图

物种组成分析与作图

11月09日 微生物培训班 回放

【16S进阶理论实操】

指示物种分析与作图 (STAMP软件实操)

功能预测与作图

11月11日 微生物培训班回放

微生物多组学进阶：

微生物群落多组学研究思路

多组学关联分析操作

21.12.01直播课程 宏基因组数据挖掘与实战操作

宏基因组因其物种的高分辨率特征和功能的高准确性优势而被广泛应用于医学、环境生态、食品安全等多种研究领域，是目前性价比最高的微生物群落组学技术。在以往宏基因组专题课中，我们对宏基因组拼接组装等技术原理、分析策略、多组学关联研究思路进行了详细介绍，为前期科学研究方案设计奠定理论基础。

那么，本次课程从原始数据的梳理、结果呈现继续出发，探讨微生物多样性研究本质。通过实践操作兼顾案例应用，助力大家解决数据库、统计检验模型、工具该如何选择等困扰已久的问题。

主要内容：

1.   宏基因组测序流程和常见分析方法简介；

2.   结合文章案例，根据实验目的对表格数据进行多角度挖掘；

3.   如何基于表格数据，挑选合适可视化工具进行图形绘制，以及后期个性化参数调整。

直播课程 宏基因组多组学关联应用策略

22.03.10直播课程

本次课堂将从宏基因组多组学经典关联思路（互补型   、互证型、关联预测型）、分析方法（Pearson/Spearman/kendall/sparCC相关系数、O2PLS，CCA等模型）、以及相应的关联应用案例，层层递进，全面助力大家打开微生物群落多组学关联的“任督二脉”。

主要内容：

1.宏基因组多组学关联背景及关联思路介绍；

2.近年来，经典文章中关联模型（分析方法）详解；

3.结合高分案例，解析关联思路的具体应用。

22.05.18 直播课程 宏基因组与转录组多组学关联应用策略

宏基因组用于微生物群落大家都不陌生，而转录组在以往的了解中，其大多是用于单一有机体的生命活性解析。有赖于微生物的特殊性（体内具有从DNA-RNA-Pro完整的中心法则），转录组同样可用于微生物的群体研究，一般称为“宏转录组”。宏转录组和宏基因组一样可以得到菌群信息和功能特征，不同在于，宏基因组仅能给出群落微生物能够做什么（预测的功能），而宏转录组能确确实实解答环境中所有微生物正在做什么（真实的功能）的更深层次生物学问题。

既然，宏基因组和宏转录组都能得到菌群信息和功能特征，那为何还要进行关联，以及该如何进行关联分析？本期在线课堂将给出答案。从组学关联背景、两种关联策略（微生物与宿主功能、微生物的宏基因组与宏转录组）进行讲解，并结合经典案例，为大家剖析多组学分析思路的具体应用情景。

22.07.13 直播课程 16s+代谢组应用案例分享

代谢组学，作为基因组、转录组、蛋白组的最下游，往往更能反映生命体最真实的状态，可以说是最接近表型的一个组学。通过代谢物的表达差异，可以发现潜在标志物，指导疾病早期诊断。近几年也发展迅速，是比较热门的一个研究方向。

最近，肝肠轴、脑肠轴等众多模型的成功建立，使微生物群落研究推向菌群+代谢物的跨组学热潮。通过16S+代谢组策略，可以对微生物与代谢物之间的相互关系进行研究，揭示疾病诊断、治疗的微生物作用机制，动植物营养健康与有益/有害微生物的关联等。

由于代谢物不含序列信息无法与物种建立关系，因此需要借助一些生物信息分析模型，如相关系数模型（Pearson/Spearman）、O2PLS模型、CCA模型等，想知道各模型的原理以及适用范围吗？本期在线课堂将给出答案。从组学关联背景、关联策略进行讲解，并结合经典案例，为大家剖析16S+代谢组关联各种模型的具体应用情景。

22.09.21 直播课程 16s与ITs：探讨细菌与真菌之间的关系

16S与ITS测序两组学关联分析主要有两种思路，数据对比验证与数据关联，本期我们就16S与ITS的关联研究，介绍：

①16S+ITS组学关联的意义；

②16S+ITS关联的文章框架与分析内容；

③结合案例阐述如何应用多组学研究  

10月24日微生物培训班回放

微生物群落研究概述与进展

R语言入门

10月24日微生物培训回放

α/β多样性分析与作图

物种组成分析与作图

10月25日 微生物培训班回放

指示物种分析与作图

功能预测与作图

10月26日微生物培训回放

功能分析与作图

宏基因组“单菌”研究

环境因子分析与作图

22.10.28 直播课程 微生物群体功能研究策略

从扩增子功能预测（PICRUSt、FAPROTAX、Tax4Fun、BugBase、FUNGuild）和宏基因组功能分析（KEGG、eggNOG、CARD、VFDB、PHI、CAZy）两个角度进行解析，助力大家尽快掌握群落功能分析的技巧。

 主要内容：

1.宏基因组和扩增子功能分析背景介绍；

2.扩增子功能预测和宏基因组功能分析方法解析；

3.结合案例，解析功能分析的具体应用。

10月27日微生物培训班回放

10月28日 微生物培训回放

基于omicsmart数据挖掘

AI图形美化

微生物培训拓展

微生物培训视频拓展

基于功能丰度表格，绘制多组的柱形图；单比较组、多比较组、含注释轨道的circos图；含分组图例的热图。可应用于物种丰度、功能丰度的可视化。

基于物种和环境因子丰度表格，使用R语言进行CCA/RDA、mantel test、VPA分析，绘制散点图、维恩图。

22.11.16 直播课程 扩增子测序原理与分析内容介绍

本期在线课堂，我们将对扩增子的测序原理以及分析点进行深入的学习讨论。内容安排如下：

1.扩增子测序的原理介绍

2.扩增子常见分析点讲解

3.案例讲解扩增子发文与数据挖掘思路

23.03.02 直播课程 微生物群落文章写作技巧介绍

针对微生物群落的研究内容逐步完善，从最初基于扩增子的物种层面研究（α/β多样性、物种组成、差异分析）；发展到基于宏基因组的物种、功能平行研究；再到目前比较火爆的“微生物+”多组学关联研究。微生物一直在往前迈进。

然而如此多的组学技术+研究内容，该如何进行合理的归类，进而转化为文章的写作思路呢？本期的在线课堂中，我们将文章框架拆解为采样策略、研究方向、研究思路、研究内容四个部分，以此剖析相对应的群落文章写作套路。

主要内容：

群落组学技术介绍；

群落分析内容介绍；

四种写作思路解析；

群落应用案例讲解。

20230713 微生物与代谢组学关联分析

分享微生物组学和代谢组学常用的数据关联分析方法及图形，进一步了解它们的应用

20230817

1.宏基因组大样本研究背景

2.研究思路与核心分析点深度剖析

3.大样本核心分析点应用案例解读

20231020

1.宏基因组进阶分析主要方法与思路
2.宏基因组物种分析方法比较与Binning技术原理
3.进阶Binning分析方案与案例解析
4.宏基因组与多组学研究思路解读
5.多组学分析方案与案例解析

20231123

1.  微生物多组学研究背景
2.  微生物组与代谢组关联研究方法、思路
3.  微生物组与代谢组关联研究主要分析点
4.  微生物组与代谢组关联研究的应用

20240408

1.宏基因组研究概况

2.各宏基因组数据库分析的应用情景

3.各宏基因组数据库的主要分析策略

4.各宏基因组数据库分析的可视化展示

5.宏基因组数据库分析的应用

20240711

1.宏基因组应用简介

2.宏基因组研究方法

3.宏基因组应用案例

20241024

1.宏基因组产品简介

2.宏基因组研究方法

3.群落分析方案解读应用

4.Binning分析方案解读应用

5.大样本分析方案解读应用

20241205

1、两组学关联应用简介

2、关联分析方法详解

3、关联分析案例解读

20250314

1. 宏基因组多组学应用简介

2. 宏基因组多组学关联应用策略及分析方法

3. 基迪奥宏基因组多组学方案应用案例剖析