差异分析一直是高通量测序数据分析中的核心部分。在实验设计时候，我们往往需要进行有重复样本之间的两两或者多组差异比较。在微生物群落中，由于影响群落的因素复杂，多组样本设计几乎成为主流需求。涉及到组间比较的常见分析手段有PCoA、NMDS等，但这类型的方法只偏向于确定不同组之间是否存在差异，并不足以解答更多细节问题。