楼主: 小圆

第19期在线交流cytoscape介绍与实操【视频】

  [复制链接]
  • TA的每日心情

    2016.9.10 08:09
  • 签到天数: 1 天

    连续签到: 1 天

    [LV.1]初来乍到

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    312
    积分
    7
    注册时间
    2016.9.10
    在线时间
    3 小时

    发表于 2016.9.10 22:50:43 | 显示全部楼层
    讲解的非常好,谢谢分享
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5753
    积分
    4915
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    505 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.9.14 14:39:43 | 显示全部楼层
    Bear 发表于 2016.7.28 17:01
    学习了!请问是否能实现对一个gene list在已知互作网络中判断是否为关键节点?谢谢啦~~ ...

    可以利用cytoscape 软件,统计各个节点的连通性。教程中,有这一步操作。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    2018.4.24 23:00
  • 签到天数: 362 天

    连续签到: 1 天

    [LV.8]以坛为家I

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    1
    奥币
    595
    积分
    356
    注册时间
    2016.8.1
    在线时间
    114 小时

    发表于 2016.9.15 17:38:56 | 显示全部楼层
    实用,给力,学习。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    no
    2019.3.21 11:36
  • 签到天数: 93 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    6
    奥币
    457
    积分
    603
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    100 小时

    发表于 2016.9.21 09:08:49 | 显示全部楼层
    不错不错太赞了
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    no
    2019.3.21 11:36
  • 签到天数: 93 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    6
    奥币
    457
    积分
    603
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    100 小时

    发表于 2016.9.21 09:09:38 | 显示全部楼层
    再赞一个
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.9.21 22:06
  • 签到天数: 1 天

    连续签到: 1 天

    [LV.1]初来乍到

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    302
    积分
    4
    注册时间
    2016.9.21
    在线时间
    0 小时

    发表于 2016.9.21 22:14:26 | 显示全部楼层
    如何从STRING导入作图数据分析?
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.9.21 22:06
  • 签到天数: 1 天

    连续签到: 1 天

    [LV.1]初来乍到

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    302
    积分
    4
    注册时间
    2016.9.21
    在线时间
    0 小时

    发表于 2016.9.21 22:21:20 | 显示全部楼层
    下一转角5210 发表于 2016.7.22 22:37
    老师,非常感谢您的讲解,我有个问题,我从STRING蛋白质互作数据库(http://string-db.org/)中的互作关系,  ...

    我想请教下如何导入STRING互作关系图数据?我下载的是html格式,怎么获得其他格式结果?谢谢!
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5753
    积分
    4915
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    505 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.9.22 20:45:23 | 显示全部楼层
    suyicheng 发表于 2016.9.21 22:21
    我想请教下如何导入STRING互作关系图数据?我下载的是html格式,怎么获得其他格式结果?谢谢! ...

    string搜索结果里,有图片,也有表格文件。在图片界面下,有个tables/Exprorts的按钮,可以打开一个表格界面。表格文件可以用于导入cytoscape。
    string 目前有 cytoscape的插件,可以直接联网导入。
    你看看在线交流 22期
    第22期Omicshare 课堂:cytoscape插件BinGO安装以及应用
    http://www.omicshare.com/forum/thread-1354-1-12.html
    (出处: OmicShare Forum)

    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.12.26 15:24
  • 签到天数: 16 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    3
    奥币
    1033
    积分
    286
    注册时间
    2016.3.16
    在线时间
    94 小时

    发表于 2016.9.29 19:23:05 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.9.22 20:45
    string搜索结果里,有图片,也有表格文件。在图片界面下,有个tables/Exprorts的按钮,可以打开一个表格界 ...

    周老师,我在STRING里找到了水稻的蛋白互作对应文件,但是蛋白基因之间的对应关系在哪里找啊,或者有没有合在一起的数据库?
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.4.4 21:12
  • 签到天数: 93 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    2
    奥币
    788
    积分
    130
    注册时间
    2016.9.29
    在线时间
    74 小时

    发表于 2016.9.30 09:17:20 | 显示全部楼层
    很有用,学习了。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.12.28 16:22
  • 签到天数: 15 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    277
    积分
    21
    注册时间
    2016.9.23
    在线时间
    7 小时

    发表于 2016.9.30 13:23:13 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.11.29 14:20
  • 签到天数: 11 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    263
    积分
    27
    注册时间
    2016.9.30
    在线时间
    7 小时

    发表于 2016.10.2 03:43:01 | 显示全部楼层
    好文
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.6.5 14:19
  • 签到天数: 3 天

    连续签到: 1 天

    [LV.2]偶尔看看I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    541
    积分
    58
    注册时间
    2016.2.26
    在线时间
    10 小时

    发表于 2016.10.6 22:48:25 | 显示全部楼层
    老师,您好,请问如何得到蛋白之间两两相互作用关系模式的那个文件?我在string数据库中输入我的基因,能看到蛋白之间相互作用的关系调控模式图,但是导出TXT文件之后,在文件中没有出现interaction type这一项

    点评

    string 不提供这个信息。  发表于 2016.12.23 09:29
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.1.23 23:11
  • 签到天数: 104 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    45
    奥币
    5753
    积分
    4915
    注册时间
    2015.12.5
    在线时间
    505 小时

    活跃会员论坛元老


    发表于 2016.10.8 11:32:56 | 显示全部楼层
    wangyanlq11 发表于 2016.10.6 22:48
    老师,您好,请问如何得到蛋白之间两两相互作用关系模式的那个文件?我在string数据库中输入我的基因,能看 ...

    输出文献都是有两两互作关系的基因了,以及相关关系的强度,直接导入cytoscape就可以画图。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    害羞
    2019.1.7 08:00
  • 签到天数: 148 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    0
    奥币
    480
    积分
    236
    注册时间
    2016.9.15
    在线时间
    44 小时

    发表于 2016.10.27 10:37:52 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.11.19 20:04
  • 签到天数: 1 天

    连续签到: 1 天

    [LV.1]初来乍到

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    257
    积分
    8
    注册时间
    2016.11.8
    在线时间
    2 小时

    发表于 2016.11.19 21:51:29 | 显示全部楼层
    非常好的课程
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    no
    2019.1.6 20:16
  • 签到天数: 1 天

    连续签到: 1 天

    [LV.1]初来乍到

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    252
    积分
    14
    注册时间
    2016.11.22
    在线时间
    10 小时

    发表于 2016.11.25 12:55:21 | 显示全部楼层
    超级棒!!!刚开始学习,请问一下3.4版edge的配置文件在哪里啊
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.1.17 11:37
  • 签到天数: 32 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    2
    奥币
    393
    积分
    67
    注册时间
    2016.11.11
    在线时间
    25 小时

    发表于 2016.11.25 14:45:18 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.12.15 13:21
  • 签到天数: 1 天

    连续签到: 1 天

    [LV.1]初来乍到

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    1
    奥币
    187
    积分
    26
    注册时间
    2016.11.30
    在线时间
    14 小时

    发表于 2016.11.30 11:39:23 | 显示全部楼层
    太给力了
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    2018.10.10 17:08
  • 签到天数: 40 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    5
    奥币
    396
    积分
    113
    注册时间
    2016.10.12
    在线时间
    26 小时

    发表于 2016.12.3 17:17:43 | 显示全部楼层
    太棒啦!点赞
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表