楼主: 小圆

第19期在线交流cytoscape介绍与实操【视频】

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    发表于 2016.9.21 09:08:49 | 显示全部楼层
    不错不错太赞了
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.9.21 09:09:38 | 显示全部楼层
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    发表于 2016.9.21 22:14:26 | 显示全部楼层
    如何从STRING导入作图数据分析?
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    发表于 2016.9.21 22:21:20 | 显示全部楼层
    下一转角5210 发表于 2016.7.22 22:37
    老师,非常感谢您的讲解,我有个问题,我从STRING蛋白质互作数据库(http://string-db.org/)中的互作关系,  ...

    我想请教下如何导入STRING互作关系图数据?我下载的是html格式,怎么获得其他格式结果?谢谢!
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    发表于 2016.9.22 20:45:23 | 显示全部楼层
    suyicheng 发表于 2016.9.21 22:21
    我想请教下如何导入STRING互作关系图数据?我下载的是html格式,怎么获得其他格式结果?谢谢! ...

    string搜索结果里,有图片,也有表格文件。在图片界面下,有个tables/Exprorts的按钮,可以打开一个表格界面。表格文件可以用于导入cytoscape。
    string 目前有 cytoscape的插件,可以直接联网导入。
    你看看在线交流 22期
    第22期Omicshare 课堂:cytoscape插件BinGO安装以及应用
    http://www.omicshare.com/forum/thread-1354-1-12.html
    (出处: OmicShare Forum)

    新的一天加油!
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  • TA的每日心情

    2016.12.26 15:24
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    发表于 2016.9.29 19:23:05 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.9.22 20:45
    string搜索结果里,有图片,也有表格文件。在图片界面下,有个tables/Exprorts的按钮,可以打开一个表格界 ...

    周老师,我在STRING里找到了水稻的蛋白互作对应文件,但是蛋白基因之间的对应关系在哪里找啊,或者有没有合在一起的数据库?
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.9.30 09:17:20 | 显示全部楼层
    很有用,学习了。
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    发表于 2016.10.2 03:43:01 | 显示全部楼层
    好文
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    发表于 2016.10.6 22:48:25 | 显示全部楼层
    老师,您好,请问如何得到蛋白之间两两相互作用关系模式的那个文件?我在string数据库中输入我的基因,能看到蛋白之间相互作用的关系调控模式图,但是导出TXT文件之后,在文件中没有出现interaction type这一项

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    string 不提供这个信息。  发表于 2016.12.23 09:29
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    发表于 2016.10.8 11:32:56 | 显示全部楼层
    wangyanlq11 发表于 2016.10.6 22:48
    老师,您好,请问如何得到蛋白之间两两相互作用关系模式的那个文件?我在string数据库中输入我的基因,能看 ...

    输出文献都是有两两互作关系的基因了,以及相关关系的强度,直接导入cytoscape就可以画图。
    新的一天加油!
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    发表于 2016.10.27 10:37:52 | 显示全部楼层
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    发表于 2016.11.19 21:51:29 | 显示全部楼层
    非常好的课程
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    发表于 2016.11.25 12:55:21 | 显示全部楼层
    超级棒!!!刚开始学习,请问一下3.4版edge的配置文件在哪里啊
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    2017.1.17 11:37
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    发表于 2016.11.25 14:45:18 | 显示全部楼层
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    发表于 2016.11.30 11:39:23 | 显示全部楼层
    太给力了
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    发表于 2016.12.3 17:17:43 | 显示全部楼层
    太棒啦!点赞
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    发表于 2016.12.9 17:06:43 | 显示全部楼层
    老师你好   我用WGCNA分析生成的数据到cytoscape可视化网络  模块里面有58个基因  每个基因的degree都很大   我不知道接下来该如何处理
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  • TA的每日心情

    2016.12.19 10:30
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    发表于 2016.12.19 10:41:35 | 显示全部楼层
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    发表于 2016.12.22 15:53:17 | 显示全部楼层
    请问,我的数据量较大,得到20多个module,共5个block图,需要把这几个block图合在一起吗?该怎么操作,没弄懂。还有该怎么找每个模块的hub-gene??谢谢
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