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清晰展示差异显著性的火山图,get!

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火山图(Volcano plot)广泛应用于转录组、蛋白组等组间差异分析结果的展示。

OmicShare云平台绘制火山图,通过对差异显著、非差异显著的点赋予不同颜色,显示两组样品间的差异显著性。还可以单独标注关注的基因,看出感兴趣的基因为上调还是下调。


工具链接:https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportvolcano.html


绘制之前,我们先来了解常见问题,以便更好地使用工具。

常见问题

Q:绘制火山图需要什么数据?

A:工具的示例文件为基迪奥结题报告中的数据,含有表达量值。
但火山图及动态火山图工具一般只需基因名称、差异倍数FC或log2(FC)、P值或FDR值即可出图。
*注意:表格中需要加上列名(即第一行表头)


Q:为什么提示x轴y轴数据不能来自同一列?



A:在提交分析前,需要选择log2(FC)、P值或FDR值所在列。没有填写所在列则会如上提示。


Q:为什么任务出错?

A:如果数据文件没有问题,可以检查是否log2(FC)、P值或FDR值所在列选错。

注意:“第_列作为x/y轴的值”这里需要填写阿拉伯数字!

例:比如在我的数据中,log2(FC)在2列,P value在3列,这里相应填上2、3就可以了,而切勿输入B列、C列!


Q:如何对火山图进行调整(文字/图形样式调整)?

A:使用动态火山图工具,在任务完成后,点击“跳转查看”小图标即可跳转界面修改。


进入动态交互界面后,即可进行文字、图形样式、配色等修改。除了平台提供的配色方案,还可以自定义颜色代码。


Q:如何在火山图中标注基因?

A:图中标注基因的功能需要使用动态火山图工具

在动态调整窗口下拉,可以看到结果输入表,①选择需要搜索的列;②在筛选框中输入需要标注的基因名,即可将基因在火山图中标注显示。



Q:如何在图中标注多个基因?

A:标注多个基因,只需要在搜索列中输入GENE ID,多个ID间使用英文逗号分隔;



也可以选择其他筛选列,填入相关数值,工具将自动标注出相关数值的数据。


Q:表格为什么无法勾选?

A:在筛选栏中有多个数据,勾选栏才会变成蓝色可选状态。此时,可以通过勾选或取消勾选,选择图中是否显示该基因。

不可勾选状态


筛选多个基因后 可勾选状态


Q:为什么图中没有显示我标注的数据?

A:如果筛选的数据不在区域内,则需要把“区域外散点”按钮打开,才能在图上显示。具体操作:动态调整窗口——图形设置——图形参数——区域外散点


结果展示

输入数据‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍文件,选择好相关数据所在列,即可出图。动态火山图工具在个性化调整后可以下载png、svg、pdf格式。


展示数据差异显著性、突出显示关键的基因,不妨尝试绘制火山图!

工具链接:https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/getsoft

登入云平台搜索“火山图”即可查找工具成为OmicShare年会员即可无限次免费使用上述工具;
普通用户可以通过奥币使用工具;
如果您是新注册用户,工具有2次免费试用的机会,欢迎体验!
   


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