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[软件使用] 如何鉴定互作网络中的Hub基因?

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
在之前的文章《网络图分析工具Cytoscape及其插件的安装》《如何对网络图进行模块分析?》已为大家介绍过Cytoscape插件的安装和MCODE插件的用法。

接下来,继续为大家介绍cytoHubba插件的使用方法。cytoHubba插件主要用于鉴定网络中的核心nodes,例如常见的蛋白互作网络中的Hub基因。闲言少叙,下面就看下cytoHubba的使用方法吧。

导入网络

双击软件图标打开Cytoscape软件,点击Sample sessions中的网络图,以软件自带的第1个范例网络图为例进行下面的演示。


打开范例网络后的效果如下图,当然,对于自己构建的网络,可以直接通过File/Import/Network from File 导入到Cytoscape软件中进行可视化。具体方法可参考《网络图分析工具Cytoscape快速上手》一文。


样式调整

导入网络后,在左侧style属性选项栏中,可对网络图的节点进行简单的样式调整(仅仅为了暂时看着舒服,也可不做调整)。将protein对应节点的Height改为与width相同,如这里改为65,这样就可以改为正方形的节点了。


同样,也可以点击Shape对应的按钮(对应 Map. 列方形按钮)修改节点(Node)的形状,如下。注意这里主要修改protein对应节点的形状,将其由矩形改为椭圆。


插件使用

打开Cytoscape软件左侧导航栏中的cytoHubba插件窗口,如下图,点击Calculate按钮,计算Node Scores。cytoHubba插件的安装方法可参考《网络图分析工具Cytoscape及其插件的安装》一文。


在cytoHubba插件窗口的Select nodes选项区,选择node scores排名前10的节点(颜色越深,排名越靠前,拓扑算法这里保持默认的MCC法)。点击Submit按钮展示网络图,其他的参数保持默认即可,得到的结果如下图。


Display options选项区,如果勾选 Check thefirst-stage nodes 可得到下图这样的只与Hub nodes有1个node相连的网络图。


当然,也可以尝试将Display the shortest path和Display the expanded subnetwork也勾选上,得到下图这样的效果。


我们也可以使用其他拓扑算法(详细算法请查阅文末的参考文献)得到的Score值获取排名靠前的Hub nodes,比如可以使用最常用也最好理解的Degree值得到Hub nodes。


最后,我们可以调整网络图的样式,比如节点的形状、颜色、透明度等,导出图片(推荐保存为pdf格式的矢量图)用于文章展示。点击Unassigned Tables,还可以下载12种算法对应的node score值表格和Hub nodes排名表,如下图。


好啦,本次的分享就到这里了!

参考文献
Chin C H, Chen S H, Wu H H, et al. cytoHubba: identifying hub objects and sub-networks from complex interactome[J]. BMC systems biology, 2014, 8(4): 1-7.

本文作者:基迪奥-莫北         

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