如何对网络图进行模块分析？

基迪奥-Jt桃 · 发表于 2022.6.13 10:12:34

在之前的文章《网络图分析工具Cytoscape及其插件的安装》和《网络图分析工具Cytoscape快速上手》已为大家介绍过Cytoscape软件的使用和插件的安装方法。在此基础上，接下来继续为大家介绍Cytoscape插件的使用。

首先，为大家介绍MCODE (Molecular Complex Detection)插件的使用。MCODE主要用于网络的module analysis，也就是查找网络中密集连接的区域（Densely connected regions），多用于寻找hub gene，如下图。下面就看下MCODE的使用方法吧。

（Chen J H, et al.，2021）

导入网络图

双击软件图标打开Cytoscape软件，初始的界面如下。点击Sample sessions中的网络图，可以直接打开软件自带的第1个范例网络图。

当然，对于自己构建的网络，可以直接通过File/Import/Network from File导入到Cytoscape软件中进行可视化。具体方法可参考《网络图分析工具Cytoscape快速上手》一文。导入范例网络后的效果如下图。

样式调整

导入网络后，在左侧style属性选项栏中，可对网络图的节点进行样式调整。比如，可以点击Shape对应的按钮（对应 Map. 列方形按钮）修改节点（Node）的形状，如下。注意这里主要修改protein对应节点的形状，将其由矩形改为椭圆。

同样的方法，将protein对应节点的Height改为与width相同，如这里的65，这样就可以是圆形的节点了。

插件使用

打开App菜单，如下图，点击MCODE插件。MCODE插件的安装方法可参考《网络图分析工具Cytoscape及其插件的安装》一文。

在弹出的参数选择窗口中，Find Clusters这里选择In Whole Network。如果想对网络图的部分节点进行分析，可选择From Selection，即对选中的节点进行分析。点击Analyze Current Network按钮开始分析，其他的参数保持默认即可。

分析结果如下，选中感兴趣的子网络，可查看其在整个网络中的位置。

选中感兴趣的子网络后，点击左侧导航栏MCODE窗口中的“三道杠”按钮，可打开MCODE的命令菜单，点击Create Cluster Network命令可创建新的子网络。

新创建（提取）的子网络如下图。

通过Export as Network命令(点击下图黄色标记出的按钮)，可将当前的网络进行导出。

比如，我们可以导出为sif格式或Cytoscape.js格式的网络文件，之后还可以直接导入到Cytoscape软件中进行美化。

通过Export Network as Image命令，可将当前的网络以图片的形式（除了JPG、PNG格式的位图，也支持PDF、SVG格式的矢量图）进行导出。

好啦，本次的分享就到这里了！

参考文献
Chen J H, Wang L L, Tao L, et al. Identification of MYH6 as the potential gene for human ischaemic cardiomyopathy[J]. Journal of cellular and molecular medicine, 2021, 25(22): 10736-10746.

本文作者：基迪奥-莫北