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[软件使用] 如何对网络图进行模块分析?

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发表于 2022.6.13 10:12:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
在之前的文章《网络图分析工具Cytoscape及其插件的安装》《网络图分析工具Cytoscape快速上手》已为大家介绍过Cytoscape软件的使用和插件的安装方法。在此基础上,接下来继续为大家介绍Cytoscape插件的使用。

首先,为大家介绍MCODE (Molecular Complex Detection)插件的使用。MCODE主要用于网络的module analysis,也就是查找网络中密集连接的区域(Densely connected regions),多用于寻找hub gene,如下图。下面就看下MCODE的使用方法吧。

(Chen J H, et al.,2021)

导入网络图

双击软件图标打开Cytoscape软件,初始的界面如下。点击Sample sessions中的网络图,可以直接打开软件自带的第1个范例网络图。


当然,对于自己构建的网络,可以直接通过File/Import/Network from File导入到Cytoscape软件中进行可视化。具体方法可参考《网络图分析工具Cytoscape快速上手》一文。导入范例网络后的效果如下图。


样式调整

导入网络后,在左侧style属性选项栏中,可对网络图的节点进行样式调整。比如,可以点击Shape对应的按钮(对应 Map. 列方形按钮)修改节点(Node)的形状,如下。注意这里主要修改protein对应节点的形状,将其由矩形改为椭圆。


同样的方法,将protein对应节点的Height改为与width相同,如这里的65,这样就可以是圆形的节点了。


插件使用

打开App菜单,如下图,点击MCODE插件。MCODE插件的安装方法可参考《网络图分析工具Cytoscape及其插件的安装》一文。


在弹出的参数选择窗口中,Find Clusters这里选择In Whole Network。如果想对网络图的部分节点进行分析,可选择From Selection,即对选中的节点进行分析。点击Analyze Current Network按钮开始分析,其他的参数保持默认即可。


分析结果如下,选中感兴趣的子网络,可查看其在整个网络中的位置。


选中感兴趣的子网络后,点击左侧导航栏MCODE窗口中的“三道杠”按钮,可打开MCODE的命令菜单,点击Create Cluster Network命令可创建新的子网络。


新创建(提取)的子网络如下图。


通过Export as Network命令(点击下图黄色标记出的按钮),可将当前的网络进行导出。


比如,我们可以导出为sif格式或Cytoscape.js格式的网络文件,之后还可以直接导入到Cytoscape软件中进行美化。


通过Export Network as Image命令,可将当前的网络以图片的形式(除了JPG、PNG格式的位图,也支持PDF、SVG格式的矢量图)进行导出。


好啦,本次的分享就到这里了!

参考文献
Chen J H, Wang L L, Tao L, et al. Identification of MYH6 as the potential gene for human ischaemic cardiomyopathy[J]. Journal of cellular and molecular medicine, 2021, 25(22): 10736-10746.



本文作者:基迪奥-莫北

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