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更快!更省!更简!让文章火速出圈的图表快拿捏住~

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发表于 2022.5.30 10:55:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
高质量数据展示图是高分期刊的“标配”,清晰直观而又高颜值的图表,无疑在分析时可以更轻松地发现关键点,也让文章更出圈。

下载安装软件绘图、参数修改、绘图调整等步骤常比较耗时耗力。为了能让广大科研小伙伴摆脱烦恼,基迪奥生物OmicShare云平台无需下载、无需编程语言基础,提交整理好的文件即可完成分析、绘图,还可以在线调整个性化的参数。

OmicShare还对部分工具进行了整合、优化,简化了操作步骤,花费更少的时间精力金钱,获得更人性化、更丰富酷炫的图形!

工具介绍
‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍
KEGG富集分析高级版 | GO富集分析高级版

KEGG富集分析及GO富集分析工具是OmicShare上使用及引用频次最高的两个工具,本次在原有功能合并的基础上,还增加了“选择前15/20/25/30个通路作图”的功能,供大家自由选择。


KEGG富集分析高级版不但支持基因的功能富集分析,还支持代谢组数据的功能富集分析。默认输出KEGG网络图、pathway map、B级分类的统计图以及统计表。


通过点击“我的项目”里的“小眼睛”预览,可以对kegg网络图进行样式、颜色等调整,亦可选择前N个通路进行绘制。


GO富集分析高级版默认输出二级分类统计图、统计表及有向无环网络图。


除了上述默认输出的图表外,KEGG/GO富集分析高级版 还提供自由勾选输出富集气泡图、富集条形图、富集圈图、z-score气泡图(富集差异气泡图)。




DO富集分析 | Reactome富集分析

DO(Disease Ontology)是描述基因功能与疾病相关的数据库,适用于人的数据库。DO富集分析可选用“人”的基因集作为背景基因集,当人也可以输入自己整理好的背景文件。

Reactome是开源的关系数据库,它记录了信号和代谢分子及其组成生物途径和过程的关系。Reactome富集分析以Reactome Pathway为单位,应用超几何检验,找出与整个基因组背景相比,在差异表达基因中显著性富集的Pathway。

此次优化也提供了自由选择前N个通路作图、及自由选择绘制的图形。


GSEA工具 | GSEA动态工具

此次优化将原有的GSEA点阵图功能合并在GSEA两个工具中,进行GSEA富集分析时,可选择“是否绘制GSEA点阵图”


选择“是”,则同时输出GSEA点阵图。将基因集合中的所有基因都标注在ES结果图上,可以说是更直观的GSEA分析图形,有利于快速筛选目标基因。无需重复修改、提交文件,操作更加简便!


PCA工具 | 动态PCA

PCA工具适用于多样本多变量的数据聚类,如基因表达量、蛋白定量、16S多样性分析、各个菌落丰度、SNP的基因型值等。


此次优化PCA和三维PCA工具进行合并,上传文件,即可勾选绘制2D/3D PCA图,无需反复切换工具,即可get两个图形结果!常用的二维PCA图、酷炫的三维图都拿下!!


动态PCA更归一化处理的功能,选择“是”则利用z-score进行数据归一化,可消除表达量异常高低基因的影响。


动态PCA在运行后,同样输出2D及3D PCA图,还可以动态对图形进行调整,添加置信圈等。


动态PCoA

PCoA主坐标分析的分析思路与PCA分析基本一致, 都是通过降维方式寻找复杂样本中的主要样本差异距离。与PCA不同的是,PCoA主要利用Unifrac、Bray-Curtis等样本距离信息进行计算以及降维图形展示,因此结果更集中于体现样本间的相异性距离。 使用动态PCoA工具,即可输出2D及3D PCoA图,并分别对2D、3D图进行个性化调整。


相信这些贴心、实用的功能会让大家获得更好的作图体验~

如何使用OmicShare工具?

注册成为基迪奥omicshare新用户,即可获得2次免费使用工具的机会!
充值成为omicshare年会员,还可畅享大部分工具、无限次免费提交绘图分析~

更多会员权限:
https://www.omicshare.com/vip/

普通用户也可以通过充值奥币使用。
注:1元=10奥币

   

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迅猛龙

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钵水母

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迅猛龙

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钵水母

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