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[软件使用] LDdecay流程 + LDBlockShow

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帝王蝶

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发表于 2016.5.20 14:23:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 hewm2008 于 2020.9.8 11:19 编辑

下载地址见QQ群共享125293663:

相对之前的 1.02 现在更新了不少新功能,同时也提高了效率,具体如下
最新板本见3.40见 :https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay
本软件已经正式在 生物信息Bioinformatics杂志发表online,具体点击查看


另一LD的软件LDBlockShow(1.35):      heatmap + GWAS +GFF的软件   见站内这儿新贴     .
软件已经被文章已经正式被 briefings in bioinformatics  (影响分子8.99)的杂志接收,很快就会正式online了


1 新功能:  提供了把plink 转为genotype格式的perl,  即可以直接读
2 新功能:  对VCF格式,可以指定用某些样品构成子群体,只计算这一个子群体的LD Decay
3 新功能:  可以选择性  输出 具体位点比较的信息  如输出D'  LOD 和 R^2 等
4 效率   : 优化了计算效率,V3 V2相对V1的速度至少提高了5倍以上,计算时候又有了稍高的提高了。 画图程序也小修改了一下。5 新的功能:  可以算子群体的  LDdecay 担示了 参数,可以算vcf中群些样品的LDdecay
6  提共新的算法的选择: 添加了新的算法,在样品少时并群种是高连索水平时速度会更快,但内存可能也会多些
7  效率:   3.30的效率再次提高了一个新的leve水平
8 新的功能:  添加EHH Decay的功能 和 添加几种图画方法



PopLDdecay
PopLDdecay: A new simple and efficient software for Linkage Disequilibrium Decay analysis based Variant Call Format

1) Install
      
                    tar -zxvf  PopLDdecayXXX.tar.gz
                    cd PopLDdecayXXX;
                    cd src;
                    make ; make clean
                    ../bin/PopLDdecay

2) Example
  • 1) Calculate LD decay
           A) 对VCF格式,直接如下命令:
                 ./bin/PopLDdecay    -InVCF  SNP.vcf.gz  -OutStat LDdecay

           B)  对plink格式 [.ped .map], 首先把plink转为 genotype格式,然后再跑发。命令如下:
                  perl bin/mis/plink2genotype.pl    -inPED in.ped -inMAP in.map  -outGenotype out.genotype                  ./bin/PopLDdecay        -InGenotype out.genotype -OutStat LDdecay

           C)要计算VCF里面子群体的LDDecay,只要把子群体的name放进一个表列list就可。如下
                ./bin/PopLDdecay   -InVCF  <in.vcf.gz>  -OutStat <out.stat>   -SubPop    GroupA_sample.list

  • 2) draw the Figure
             perl  bin/Plot_LDDecay.pl  -inFile   LDeecay.stat.gz  -output  Fig
  • 3) you can see the result [LDeecay.stat.gz] and [Fig.png Fig.pdf

3) Introduction

Linkage disequilibrium (LD) decay[1]  is  见周老师之前的LDdeca一介绍

  • Parameter description
        
具体见运行的程序参数说明

4) Results
some LD decay images which I draw in the paper before.

5)Discussing
################swimming in the sky and flying in the sea ###########################



3) Introduction
高效  简单  直接读VCF格式

相对 "Haploview"  极大提高速度5倍   空间极大极大减小
内存极大极减小





































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Eric_Young + 16 + 8
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基迪奥-周煌凯 + 15 + 10 牛逼啊!做生信的同学可以都试试,比JAVA效.

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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.6.23 16:41:55 | 显示全部楼层
本帖最后由 hewm2008 于 2017.8.18 13:37 编辑

相对之前的 1.02 现在更新了不少新功能,同时也提高了效率,具体如下
最新板本见3.30 见 :https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay   

1 新功能:  提供了把plink 转为genotype格式的perl,  即可以直接读
2 新功能:  对VCF格式,可以指定用某些样品构成子群体,只计算这一个子群体的LD Decay
3 新功能:  可以选择性  输出 具体位点比较的信息  如输出D'  LOD 和 R^2 等
4 效率   : 优化了计算效率,计算时候又有了稍高的提高了。 画图程序也小修改了一下。   3.30 速度大大提高了一个leve水平 5 新的功能: 可以算子群体的  输入list即可
6 欢迎交流和建议




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迅猛龙

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发表于 2016.5.21 08:48:49 | 显示全部楼层
好帖,我得试试,谢谢分享
早上好!
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迅猛龙

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发表于 2016.5.21 12:34:07 | 显示全部楼层
表示看不懂。。。主要是干嘛用的啊?
新的一天加油!
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活跃会员论坛元老


发表于 2016.5.21 13:07:32 | 显示全部楼层
XMU-WXW 发表于 2016.5.21 12:34
表示看不懂。。。主要是干嘛用的啊?

看我们公司下周的微信文章就知道了。
新的一天加油!
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功夫熊猫

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灌水之王


发表于 2016.5.21 14:03:55 来自手机 | 显示全部楼层
学习。学习
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迅猛龙

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发表于 2016.5.21 14:52:34 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.5.21 13:07
看我们公司下周的微信文章就知道了。

好的!到时候看看!~
新的一天加油!
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钵水母

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发表于 2016.5.29 01:38:36 来自手机 | 显示全部楼层
这软件引用率高吗?
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帝王蝶

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发表于 2016.5.31 22:26:11 | 显示全部楼层
不错,以后这样的帖子还是多发,共同学习学习
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帝王蝶

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发表于 2016.5.31 22:30:58 | 显示全部楼层
这个软件怎么下载不来啊,可以提供一下吗@楼主
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发表于 2016.6.2 14:48:46 | 显示全部楼层
雪纷飞712 发表于 2016.5.31 22:30
这个软件怎么下载不来啊,可以提供一下吗@楼主

楼主是给下载链接了:https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay
具体下载路径是:
https://raw.githubusercontent.co ... LDdecayV1.02.tar.gz

寻找步骤:
1)在页面点击:PopLDdecayV1.02.tar.gz 的超链接。
2)然后点击:“View Raw”这个超链接即可下载。
新的一天加油!
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帝王蝶

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发表于 2016.6.3 16:56:40 | 显示全部楼层
恩,下载好了,在用了,谢谢周老师
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.6.29 09:44:50 | 显示全部楼层
雪纷飞712 发表于 2016.5.31 22:30
这个软件怎么下载不来啊,可以提供一下吗@楼主

除了周老师的方法,linux平台 界面可以用如下命令下载 最新板本:
git clone  https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git
(目前2016-06-29 是V1.23,功能和效率都有质的提高)  
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帝王蝶

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发表于 2016.6.30 09:49:57 | 显示全部楼层
膜拜一下大神
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迅猛龙

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最佳新人


发表于 2016.7.8 21:58:51 | 显示全部楼层
厉害
签到
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帝王蝶

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发表于 2016.7.11 15:56:54 | 显示全部楼层
表示想做,然后还没有看懂
加油呀
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迅猛龙

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发表于 2016.7.30 10:07:49 来自手机 | 显示全部楼层
学习来着
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迅猛龙

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发表于 2016.7.30 10:08:22 来自手机 | 显示全部楼层
谢周董。
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草履虫

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发表于 2016.9.20 11:35:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 fpwm0831 于 2016.9.20 11:37 编辑

学习了!谢谢分享教学
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钵水母

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发表于 2016.11.3 22:29:18 | 显示全部楼层
您好,我看了LDdecay流程那期的帖子,受益匪浅。但是,我有些不太明白,有一个问题想请教一下,如果在作图的时候想改变一下横坐标的衰减距离,怎么操作?
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