【案例分析】以差异倍数绘制单列热图代码

基迪奥—黄陆浩

直接贴代码，希望对大家绘制热图有帮助！！
library("pheatmap")

# setwd("G:/Heatmap")  # 改变工作路径
data<- read.table("test.txt",head = T,sep="\t",row.names=1)
pheatmap(data,
         treeheight_row=40,
         treeheight_col=40,
#       scale="row",                   #本处无需归一化
         cluster_cols=FALSE,
         cluster_rows=FALSE,
         display_numbers=FALSE,    # 是否在热图中显示数值
         number_format="%.4f",     #保留四位小数
         fontsize_row=8,               
         fontsize_col=8,
         cellwidth = 40, cellheight = 30,    # 确定每个格子的高度和宽度
         show_colnames=TRUE,
         color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"),bias=0.6)(300) ,   # 定义颜色变化范围,bias控制颜色偏向
         filename = "test.pdf"      # 保存图片
)#备注：由于数据只有单列，有时候上调的基因数量和下调基因数量差异很大，所以0未必为白色。bias参数可以控制颜色的渐变偏向。
#备注bias=1，则没有任何偏好。
#如果bias< 1，则相对bia=1时，图例中0点会向向值大的一方移动；

#如果bias> 1，则相对bia=1时，图例中0点会偏向值小的一方移动；

#这个需要大家根据实际情况尝试，摸索最优参数。

效果图：

      bias=1（没有校正）                                            bias=0.6（0点朝数值大的一方移动）

                                                     

小瑶

数据已经重新上传，请见一楼。

基迪奥小师妹

纠错一个，scale="row",（无需聚类） 这里应该是“无需归一化”

这个代码也适用于其他无需归一化的热图数据~~{:8_419:}

魔性盖拉多

漂亮的热图，不解释

小瑶

魔性盖拉多 发表于 2015-12-15 10:49
漂亮的热图，不解释

这是用楼主的代码画出来的吗？？

esther

魔性盖拉多 发表于 2015-12-15 10:49
漂亮的热图，不解释

真的好漂亮啊 是怎么做到的~

基迪奥—黄陆浩

基迪奥小师妹 发表于 2015-12-15 10:09
纠错一个，scale="row",（无需聚类） 这里应该是“无需归一化”

这个代码也适用于其他无需归一化的热图数 ...

没错

基迪奥—黄陆浩

Yvonne 发表于 2015-12-15 15:55
这是用楼主的代码画出来的吗？？

不是的，代码画 出来的只有一列的

屌丝王大锤

楼主解释一下，每一行代码的含义啊。。。

taojun7054602

如何，这个GO分析图

小圆

taojun7054602 发表于 2015.12.29 19:14
如何，这个GO分析图

哇塞，这个牛

ras

一直出现这种错误 请问怎么回事？

小瑶

ras 发表于 2016.1.12 21:28
一直出现这种错误 请问怎么回事？

输入文件格式是不是有错啊？可以把文件发过来看看呀

小瑶

正确的文件格式：第一列跟第二列之间要有一个table键分隔哦

ras

Yvonne 发表于 2016.1.13 17:03
正确的文件格式：第一列跟第二列之间要有一个table键分隔哦

已解决 非常感谢

zhouyulu

楼主，做好能附上数据（可以改动，以确保原数据），这样，我们初学者可以先画出原图，然后在这个基础上改动，效率更高

小瑶

zhouyulu 发表于 2016.1.20 11:36
楼主，做好能附上数据（可以改动，以确保原数据），这样，我们初学者可以先画出原图，然后在这个基础上改动 ...

已经上传数据囖

hufans417

Error in seq.default(min(x, na.rm = T), max(x, na.rm = T), length.out = n +  :
  'from' cannot be NA, NaN or infinite

请问楼主，用你上传的数据报错了是怎么回事啊？

dabaouc

单样本中的多基因比较

青城

hufans417 发表于 2016.3.17 17:22
Error in seq.default(min(x, na.rm = T), max(x, na.rm = T), length.out = n +  :
  'from' cannot be N ...

这个情况要怎么解决呢