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如何绘制好看的进化树与热图组合图?

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近,有小伙伴问:如何用R语言绘制进化树加热图这样的组合图?看到使用R语言做这样非常个性化的组合图,想想就头大。但如果换一下图形组合工具,就变得非常简单了,在之前的《进化树+热图:组合图的绘制》一文介绍过使用EvolView完成绘制。

其实,还有更简单的工具,那就是使用Ai(Adobe illustrator)进行组合,组合效果如下。


当然,热图还可以是这样的:


闲言少叙,下面就看看如何绘制这样的组合图吧。

进化树绘制

进化树的构建这里使用最新的MEGA11,详细的构建方法可参考《你还在用MEGA6建树吗?全新的MEGAX来啦!》一文。得到的进化树可做一些美化,为了后面与热图进行组合,可以对分支做一些翻转,使整个树图看起来“均衡”一些,如下图。


调整完成后,导出PDF或SVG格式的矢量图。


热图绘制

关于热图的绘制,这里用到的是OmicShare的动态热图工具。所用的范例数据如下,为相应基因在不同样本的表达量(标准化后的)。需要注意的是,在整理数据的时候,基因的顺序要与进化树基因标签顺序保持一致。


打开动态热图工具的页面,点选择文件按钮,先上传热图的数据,然后点提交按钮,分组文件这里空着即可。然后到我的任务页面可以查看任务状态,大约10秒左右刷新任务状态即可,然后点跳转查看。


工具链接:https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportheatmap.html

点“齿轮”按钮对热图进行个性化设置,这里将归一化方式设为“行”,将聚类设为“无”。在图形设置选项下,修改渐变色,对方格描边并将颜色设为白色,如下。


当然也可以将格子的形状改为“圆形”,效果如下。


满意后下载图形,注意保存成svg格式的矢量图。


组合图绘制

接下来需要在Ai(Adobe illustrator)中做后面的组合操作,先用Ai打开进化树图,然后用画板工具调整画板的宽度,使画板的宽度适合并排放入两个热图,如下。


打开图层面板,锁定进化树所在的图层,点加号小按钮新建一个图层。


接着,通过文件菜单的置入功能,将svg格式的热图文件“置入”到新建的图层中。


通过快捷键“Ctrl+R”调出标尺,使用小黑工具从标尺上拖出参考线,使用参考线大致明确一下两个边界基因的中线位置。按住Shift键用小黑工具等比例调整热图的大小,使之与进化树相对应。


接下来,解锁进化树所在的图层,将字体的大小统一设为16pt,删除热图的基因标签,并移动图例的位置。


使用矩形工具为进化树的Cluster添加渐变色块,详细的教程可阅读《如何绘制漂亮的进化树?》一文。


接着使用小黑工具选中热图的圆形和颜色条,使用重新着色图稿功能对配色进行进一步调整,如下。


调整后的效果如下,让整体配色看起来更和谐一些。


最终的效果如下:


当然,对于方格子的热图,组合后也很好看。


效果如下:


好啦,今天就分享到这里啦,更多Ai相关的课程可以到OmicShare观看视频教程。

视频链接:https://www.omicshare.com/class/home/index/series?id=79

本文作者:基迪奥-莫北

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草履虫

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迅猛龙

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ggtree不香嘛
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钵水母

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学到了
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钵水母

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真厉害
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钵水母

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真厉害啊
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钵水母

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
又学到了,刚好用的上,很赞
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钵水母

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
想知道帖子怎么收藏呢
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迅猛龙

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钵水母

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